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- PDB-3uf1: Crystal Structure of Vimentin (fragment 144-251) from Homo sapien... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3uf1
タイトルCrystal Structure of Vimentin (fragment 144-251) from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR4796B
要素Vimentin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / VIM / Intermediate filaments (IF) / filamentous cytoskeleton
機能・相同性
機能・相同性情報


keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / intermediate filament cytoskeleton / Striated Muscle Contraction / intermediate filament / RHOBTB1 GTPase cycle ...keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / intermediate filament cytoskeleton / Striated Muscle Contraction / intermediate filament / RHOBTB1 GTPase cycle / cell leading edge / Bergmann glial cell differentiation / microtubule organizing center / positive regulation of collagen biosynthetic process / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / phagocytic vesicle / regulation of mRNA stability / Late endosomal microautophagy / cellular response to type II interferon / structural constituent of cytoskeleton / nuclear matrix / Chaperone Mediated Autophagy / neuron projection development / Aggrephagy / peroxisome / double-stranded RNA binding / negative regulation of neuron projection development / cellular response to lipopolysaccharide / scaffold protein binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / molecular adaptor activity / cytoskeleton / protein domain specific binding / axon / focal adhesion / positive regulation of gene expression / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Intermediate filament head, DNA-binding domain / : / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Kuzin, A. / Abashidze, M. / Vorobiev, S.M. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Shastry, R. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Kuzin, A. / Abashidze, M. / Vorobiev, S.M. / Patel, P. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Shastry, R. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: The structure of vimentin linker 1 and rod 1B domains characterized by site-directed spin-labeling electron paramagnetic resonance (SDSL-EPR) and X-ray crystallography.
著者: Aziz, A. / Hess, J.F. / Budamagunta, M.S. / Voss, J.C. / Kuzin, A.P. / Huang, Y.J. / Xiao, R. / Montelione, G.T. / FitzGerald, P.G. / Hunt, J.F.
履歴
登録2011年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2011年11月30日ID: 3OL1
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月24日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vimentin
B: Vimentin
C: Vimentin
D: Vimentin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5544
ポリマ－58,5544
非ポリマー00
水00
1
A: Vimentin
B: Vimentin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2772
ポリマ－29,2772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5660 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area15320 Å2
手法PISA
2
C: Vimentin
D: Vimentin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2772
ポリマ－29,2772
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.017, 86.810, 114.927
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain B and (resseq 146:248 )
211chain D and (resseq 146:248 )
112chain A and (resseq 147:246 )
212chain C and (resseq 147:246 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Vimentin


分子量: 14638.472 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 144-255 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VIM / 参照: UniProt: P08670
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5). Reservoir solution:NH4SO4 0.15M, TRISHCL 0.1M, PEG3350 18%, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP,

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月10日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 28240 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 22.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.81→19.803 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.73 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2837 1496 9.85 %
Rwork0.2336 --
obs0.2387 15190 98.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.786 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-22.8175 Å20 Å2-0 Å2
2--4.0085 Å20 Å2
3----26.826 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.81→19.803 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3639 0 0 0 3639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093660
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0814888
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9991504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068533
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002670
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B867X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12D867X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.049
21A845X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C845X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8102-2.90060.39981500.34141069X-RAY DIFFRACTION89
2.9006-3.00390.3779750.31691287X-RAY DIFFRACTION99
3.0039-3.12380.37711500.31531216X-RAY DIFFRACTION99
3.1238-3.26530.35471490.28241223X-RAY DIFFRACTION100
3.2653-3.43670.31991500.28481223X-RAY DIFFRACTION100
3.4367-3.65070.32151500.26541242X-RAY DIFFRACTION100
3.6507-3.93060.2934750.22281319X-RAY DIFFRACTION100
3.9306-4.32240.21151500.18521237X-RAY DIFFRACTION100
4.3224-4.93940.25091490.18431257X-RAY DIFFRACTION100
4.9394-6.19140.29791480.24851277X-RAY DIFFRACTION99
6.1914-19.80320.23991500.19451344X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 82.9187 Å / Origin y: 81.7854 Å / Origin z: 119.7951 Å
111213212223313233
T0.1772 Å2-0.0899 Å20.0264 Å2-0.2717 Å2-0.0846 Å2--0.2643 Å2
L0.1229 °20.2607 °20.3901 °2-0.7412 °20.1622 °2--1.1224 °2
S0.0261 Å °0.0531 Å °-0.1414 Å °-0.1993 Å °0.1761 Å °-0.1016 Å °0.3326 Å °0.5859 Å °-0.0149 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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