[日本語] English
万見
- PDB-3u7y: Structure of NIH45-46 Fab in complex with gp120 of 93TH057 HIV -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u7y
タイトルStructure of NIH45-46 Fab in complex with gp120 of 93TH057 HIV
要素
  • Envelope glycoprotein gp160
  • NIH45-46 heavy chain, Ig gamma-1 chain C region
  • NIH45-46 light chain, Ig kappa chain C region
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Ig fold / gp120 / anti HIV / Glycosylation / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / membrane fusion involved in viral entry into host cell / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling ...IgD immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / Fc-gamma receptor I complex binding / membrane fusion involved in viral entry into host cell / CD22 mediated BCR regulation / complement-dependent cytotoxicity / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin mediated immune response / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / complement activation, classical pathway / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / host cell endosome membrane / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / B cell receptor signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / blood microparticle / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / viral protein processing / immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / : / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / clade A/E 93TH057 HIV-1 gp120 core / Immunoglobulin kappa constant / Immunoglobulin heavy constant gamma 1 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4478 Å
データ登録者Diskin, R. / Bjorkman, P.J.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Increasing the Potency and Breadth of an HIV Antibody by Using Structure-Based Rational Design.
著者: Diskin, R. / Scheid, J.F. / Marcovecchio, P.M. / West, A.P. / Klein, F. / Gao, H. / Gnanapragasam, P.N. / Abadir, A. / Seaman, M.S. / Nussenzweig, M.C. / Bjorkman, P.J.
履歴
登録2011年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月21日Group: Database references
改定 1.22017年8月2日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / software / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: NIH45-46 heavy chain, Ig gamma-1 chain C region
G: Envelope glycoprotein gp160
L: NIH45-46 light chain, Ig kappa chain C region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,59512
ポリマ－88,2943
非ポリマー2,3009
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9220 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area34960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.130, 70.500, 217.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 G

#2: タンパク質 Envelope glycoprotein gp160


分子量: 40204.512 Da / 分子数: 1
Fragment: gp120 core (UNP RESIDUES 43-122, 201-303, 325-486)
Mutation: V65C, S115C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: 93TH057 / 遺伝子: Env, pol
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q0ED31, UniProt: A0A0M3KKW9*PLUS

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 NIH45-46 heavy chain, Ig gamma-1 chain C region


分子量: 25089.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 細胞株 (発現宿主): HEK 2936E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01857
#3: 抗体 NIH45-46 light chain, Ig kappa chain C region


分子量: 23000.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGKC / 細胞株 (発現宿主): HEK 2936E / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01834

-
糖 , 2種, 7分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 69分子

#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 12% isopropanol, 10% polyethylene glycol 10,000, 0.1 M sodium citrate pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月18日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4478→37.05 Å / Num. all: 39608 / Num. obs: 39062 / % possible obs: 98.6 %
反射 シェル解像度: 2.4478→2.51 Å / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Web-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_805)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3U7W AND 3NGB

3u7w

3ngb


解像度: 2.4478→37.05 Å / SU ML: 0.94 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2556 2112 5.42 %5.5%
Rwork0.2068 ---
obs0.2095 38987 97.1 %-
all-39608 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.203 Å2 / ksol: 0.297 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.9262 Å20 Å2-0 Å2
2--5.4197 Å20 Å2
3----18.346 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4478→37.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5978 0 148 67 6193
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046299
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7548549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2922273
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051962
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031091
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4478-2.50480.4151120.36311949X-RAY DIFFRACTION78
2.5048-2.56740.41171460.37822434X-RAY DIFFRACTION98
2.5674-2.63680.39591390.33292439X-RAY DIFFRACTION98
2.6368-2.71440.39971370.3192471X-RAY DIFFRACTION98
2.7144-2.80190.36731360.29612429X-RAY DIFFRACTION98
2.8019-2.90210.35461400.27082480X-RAY DIFFRACTION99
2.9021-3.01820.31861470.24652459X-RAY DIFFRACTION99
3.0182-3.15550.31961460.24322486X-RAY DIFFRACTION99
3.1555-3.32180.29421410.24392502X-RAY DIFFRACTION99
3.3218-3.52970.26961290.22662464X-RAY DIFFRACTION97
3.5297-3.8020.26911470.20492495X-RAY DIFFRACTION99
3.802-4.18410.22631390.1742526X-RAY DIFFRACTION99
4.1841-4.78850.18591470.14052496X-RAY DIFFRACTION98
4.7885-6.02880.18981510.16282578X-RAY DIFFRACTION99
6.0288-37.05390.24711550.20562667X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.47480.3594-0.11153.27970.19425.9784-0.00950.0005-0.03130.2006-0.24680.2097-0.1425-0.43730.26250.5595-0.04480.03370.3108-0.06790.2368-4.8932-26.2415-28.1055
25.08180.3862-1.94475.72821.74046.976-0.234-0.01720.006-0.05620.29440.52910.2443-1.0257-0.05380.5048-0.04350.03110.5880.14880.5114-25.2451-45.332-1.0862
33.71081.48421.2054.88523.35992.40280.08830.00640.16690.3601-0.20360.0450.81010.83530.15920.639-0.04330.05170.57540.11450.450310.1185.1187-52.2695
45.00722.84922.85365.7013-0.01446.08920.1667-0.17430.18950.5909-0.3202-0.3264-0.57740.43310.06270.7061-0.01940.1110.45030.09430.390213.74521.9892-43.3423
51.30951.294-0.07764.2094-0.76064.4762-0.17890.11130.35650.3151-0.2742-0.1283-0.94070.60030.30570.45010.08760.01470.30910.13170.324610.4997-3.6873-47.798
62.7818-0.4389-1.41294.4909-0.61085.05610.09970.3146-0.048-0.2935-0.3222-0.68340.14450.69110.18060.33510.12160.0880.65710.20860.514319.6258-20.4307-46.1101
76.3308-1.52513.5834.9286-2.53275.141-0.1326-0.29750.2868-0.254-0.3921-0.45350.49860.48340.5310.64570.17330.09610.47230.06420.447910.9223-25.1703-47.3345
80.88571.0492-0.39831.3279-0.24391.258-0.22760.9236-0.816-0.514-0.3374-0.5040.96820.81690.26790.95570.30640.26660.79480.10460.53313.041-28.695-53.24
92.81540.81450.30291.540.47983.52950.08310.77750.5764-0.7049-0.30410.00450.3758-0.06270.2350.54890.0804-0.01670.58340.12070.38196.0724-17.704-54.3821
103.6972-4.2193-5.26895.17286.27887.7077-0.4166-0.08950.907-0.1749-0.6445-1.14531.7171.13050.79380.6317-0.020.00220.69420.09210.677413.3528-27.7233-31.7243
114.58433.47732.95426.80494.55926.49770.5921-0.5905-0.49891.1326-0.8184-0.9418-0.2777-0.06150.33750.7958-0.0966-0.07340.5240.20350.404913.9789-1.037-39.5534
128.9454-1.683-5.75842.83382.04586.519-0.3129-1.1254-0.21550.8670.00910.01170.10591.0350.14011.2798-0.2308-0.03570.61740.06460.41493.1918-22.9971-1.5575
135.6569-2.37325.05135.63250.32547.4135-0.3425-0.15020.9130.39180.0427-0.3153-0.5363-0.41090.10310.9619-0.27090.12380.4398-0.08170.283-0.595-19.5912-12.8393
145.3321-2.45560.11191.72920.17998.5651-0.3548-1.03360.73681.27260.0074-0.2597-0.75680.12480.15861.2307-0.26610.02150.478-0.09550.56763.7669-12.1999-7.5302
150.7623-0.4735-0.35270.4912-1.34461.76410.2515-0.31670.05290.6698-0.20920.1251-0.73820.1103-0.22040.9288-0.16650.1040.4803-0.05450.2209-8.4619-33.1915-0.6015
162.7178-0.615-0.60147.44426.22748.57620.0356-0.6494-0.1707-0.28520.0811-0.8287-0.44360.5353-0.01620.6075-0.08880.11190.68380.13460.4528-10.2605-45.21758.737
172.7339-0.5107-1.91595.98874.17035.04050.16-0.2717-0.1584-0.4934-0.237-0.4404-0.27820.15460.02710.6255-0.01850.03620.49840.13180.4387-11.3367-48.29554.5487
184.42182.52953.34219.59545.21289.50770.3021-1.1367-0.77960.6253-0.2705-0.30750.0164-0.70830.09960.72880.11220.07750.89520.20290.6949-11.0494-53.469914.5256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resseq 2:115)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resseq 116:218)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'G' and (resseq 44:73)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'G' and (resseq 74:115)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'G' and (resseq 116:258)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'G' and (resseq 259:353)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'G' and (resseq 354:392)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'G' and (resseq 393:425)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'G' and (resseq 426:456)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'G' and (resseq 457:474)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'G' and (resseq 475:492)
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resseq 3:24)
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'L' and (resseq 25:46)
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resseq 47:73)
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resseq 74:124)
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resseq 125:146)
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resseq 147:184)
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resseq 185:210)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る