PDB-3u6f: Mouse TREX1 D200N mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u6f

タイトル

Mouse TREX1 D200N mutant

要素

5'-D(*GP*AP*CP*G)-3'
Three prime repair exonuclease 1

キーワード

HYDROLASE/DNA / RNase H fold / 3' exonuclease / HYDROLASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation ...immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / regulation of lysosome organization / regulation of fatty acid metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / DNA modification / WW domain binding / heart process / MutLalpha complex binding / regulation of protein complex stability / cellular response to hydroxyurea / lymphoid progenitor cell differentiation / regulation of type I interferon production / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / macrophage activation involved in immune response / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of cellular respiration / inflammatory response to antigenic stimulus / DNA catabolic process / regulation of immunoglobulin production / apoptotic cell clearance / regulation of T cell activation / regulation of glycolytic process / DNA duplex unwinding / DNA binding, bending / 3'-5'-DNA exonuclease activity / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / DNA metabolic process / : / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / blood vessel development / nuclear replication fork / cellular response to interferon-beta / heart morphogenesis / response to UV / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / negative regulation of innate immune response / 3'-5' exonuclease activity / DNA damage checkpoint signaling / generation of precursor metabolites and energy / kidney development / determination of adult lifespan / protein-DNA complex / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / cellular response to reactive oxygen species / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / defense response to virus / adaptive immune response / DNA replication / protein stabilization / inflammatory response / immune response / innate immune response / DNA damage response / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Bailey, S.L. / Harvey, S. / Perrino, F.W. / Hollis, T.

引用

ジャーナル: Dna Repair / 年: 2012
タイトル: Defects in DNA degradation revealed in crystal structures of TREX1 exonuclease mutations linked to autoimmune disease.
著者: Bailey, S.L. / Harvey, S. / Perrino, F.W. / Hollis, T.

履歴

登録	2011年10月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年4月18日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u6f.cif.gz	271.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u6f.ent.gz	222.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u6f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3u6f_validation.pdf.gz	467.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u6f_full_validation.pdf.gz	491.7 KB	表示
XML形式データ	3u6f_validation.xml.gz	23.1 KB	表示
CIF形式データ	3u6f_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/3u6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/3u6f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3u3yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ab9-3 2o4i-d 3u3y-d 3mxi-d 2p8o-3 8gch-3 1ggd-3 1eoa-d 4zo1-d 4u8f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Three prime repair exonuclease 1

A: Three prime repair exonuclease 1

C: 5'-D(*GP*AP*CP*G)-3'

D: 5'-D(*GP*AP*CP*G)-3'

ヘテロ分子

70.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.886, 56.644, 68.143
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Three prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1 分子量: 33709.406 Da / 分子数: 2 / 変異: D200N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trex1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91XB0, exodeoxyribonuclease III
#2: DNA鎖	5'-D(GPAPCPG)-3' 分子量: 1215.843 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 27.87 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M MES, 0.075M NaCl, 12% PEG 3350, 5% 1,4-butanediol, 2mM CaCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月25日
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→33 Å / Num. all: 21121 / Num. obs: 21073 / % possible obs: 99.77 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	最高解像度: 2.3 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→33.221 Å / SU ML: 0.72 / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2885	1082	5.13 %	random
R_work	0.2193	-	-	-
obs	0.2227	21073	99.77 %	-
all	-	21121	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.65 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 58.148 Å² / k_sol: 0.397 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-9.1132 Å²	0 Å²	-2.2616 Å²
2-	-	5.6214 Å²	-0 Å²
3-	-	-	3.4918 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.221 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3349	162	14	176	3701

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3625
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.273	4966
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.498	1355
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	564
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	616

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.4046	0.3901	135	0.2979	2474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4046-2.5314	0.3487	117	0.2765	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5314-2.6899	0.3824	143	0.2686	2481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6899-2.8975	0.3681	141	0.2724	2455	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8975-3.1889	0.3326	150	0.2513	2470	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1889-3.6498	0.2776	127	0.2314	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6498-4.5964	0.2477	136	0.1675	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5964-33.2242	0.22	133	0.1871	2542	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2293	-0.9001	-0.0174	1.8231	-0.1612	0.6103	0.0223	0.7623	-0.613	0.0234	-0.0802	0.1525	0.1616	-0.0702	0.0395	0.3088	-0.0444	-0.0318	0.6506	-0.25	0.3217	-7.8729	-16.6295	12.2956
2	2.2271	-1.2412	-1.3093	1.4399	1.1215	1.3727	0.2864	0.8702	-0.0739	-0.3008	-0.4101	0.2167	-0.1807	-0.2007	0.0372	0.2608	-0.0156	-0.0162	0.6713	-0.0445	0.1622	-6.3526	-7.6428	11.4149
3	3.9856	2.9372	1.0594	8.1399	-4.4809	4.9139	-0.5479	-0.4414	-0.9387	0.373	0.0033	-1.048	0.6959	-0.5864	0.5498	0.5026	-0.0123	-0.071	0.5432	-0.1597	0.7122	0.6544	-29.5476	17.6644
4	4.8689	2.7347	-2.0962	4.1358	-3.0064	2.1886	0.7261	0.7288	-0.2102	0.0004	-0.3774	-0.2957	-0.2782	-0.1188	-0.317	0.5471	-0.0277	-0.0448	0.4567	0.0883	0.374	-2.9011	-25.3826	34.8771
5	0.4925	1.6448	0.6065	7.4987	1.8499	0.7625	-0.1842	-1.1784	-0.4204	0.9931	0.6129	-0.3293	0.448	1.5922	-0.4454	0.4038	0.0736	-0.053	0.7106	0.1515	0.2906	3.148	-20.424	28.3803
6	0.983	0.326	-0.5467	0.3886	0.2577	0.9943	-0.0102	0.4657	0.1462	-0.053	0.1063	-0.0059	-0.0363	-0.1421	-0.1612	0.2522	0.0148	-0.0874	0.5234	-0.0048	0.1598	-0.8676	-4.9249	12.5347
7	1.6154	-0.5666	-1.149	3.6568	-2.4589	3.8092	-0.2559	1.2469	0.9562	-0.0576	-0.168	-0.4054	-0.5282	0.1738	0.3834	0.4187	-0.0418	-0.1191	0.59	0.1952	0.3786	-2.3337	6.0482	13.8758
8	3.149	3.901	-0.8248	5.1988	-1.7473	1.649	0.3442	1.6891	0.4052	-0.4131	-0.0997	0.0265	-0.1499	-0.1891	-0.1856	0.466	0.2957	-0.0278	1.2637	0.2959	0.3269	-1.6762	-1.2475	0.8036
9	2.0683	-1.3713	-0.18	3.0105	-1.8142	4.0471	0.3539	1.1857	-0.0999	-0.6988	-0.5122	0.0888	0.2066	-0.2356	0.0556	0.3267	0.2228	-0.015	1.0136	-0.1736	0.0868	2.1364	-12.7841	1.7896
10	7.1048	0.5449	-2.2149	0.0418	-0.1695	0.6904	-0.1245	1.888	-0.9627	-0.3832	0.0597	0.1033	-0.0404	-0.7563	-0.0273	0.3269	0.0996	-0.0048	0.843	-0.4552	0.5864	2.1592	-23.8291	5.8952
11	1.9374	-0.2125	2.171	2.3934	0.6809	3.0651	0.1595	0.647	-0.1971	-0.0334	-0.4993	0.2128	-0.0856	-0.5452	0.212	0.2092	0.0147	-0.046	0.6409	-0.1993	0.3454	-12.519	-12.7108	11.164
12	0.6423	-1.4722	0.6586	3.5705	-2.4067	4.8994	0.481	1.2812	0.2901	-0.5575	-0.3671	0.0566	-0.408	-1.0742	-0.0682	0.377	0.2501	0.0675	1.263	0.1059	0.3484	-9.4441	-5.1357	-0.466
13	2.9403	0.2267	-2.2305	3.9776	2.3743	4.4475	0.3339	1.3736	-0.2272	-0.733	-0.2757	0.1293	-0.3583	0.0307	-0.1041	0.3659	0.1302	-0.0121	1.1217	-0.3545	0.3808	-7.1806	-16.2726	0.3152
14	6.4754	2.921	0.0961	6.8258	-2.5956	4.2203	0.0629	0.1464	-0.6518	0.5638	-0.1459	-0.1716	0.0439	-0.193	0.0377	0.3257	-0.1347	0.1351	0.2936	-0.1242	0.5475	-15.2954	-21.3655	22.6986
15	5.6407	-0.5908	-3.0591	0.4002	0.9654	2.8879	-0.8382	-0.0919	-1.2954	0.5698	0.493	0.4542	1.2285	-0.4309	0.3354	0.6104	-0.1326	0.3938	0.5476	0.0583	0.5945	-18.2821	-16.7997	29.2669
16	3.4655	-3.3224	3.2952	3.8802	-2.6494	3.5093	-0.3048	-0.7362	-0.3236	0.8252	0.2629	0.4001	-0.3929	0.1138	0.058	0.4149	-0.0455	0.0735	0.4056	0.0466	0.186	-9.4512	-15.136	31.0457
17	7.3033	5.6082	-5.4434	6.3207	-5.7276	5.7626	0.2365	-0.5099	-0.1757	1.1659	-0.1837	-0.3111	-0.6006	0.0572	-0.0441	0.652	-0.0479	-0.067	0.6769	-0.0482	0.2226	-4.1348	-10.3284	32.1413
18	3.0212	1.4436	-0.8889	4.774	-5.2151	6.8286	0.0884	0.1421	-0.0032	1.0809	-0.194	0.2948	-0.5415	-0.1468	0.1038	0.2818	-0.0092	0.0672	0.3337	-0.0496	0.1725	-3.7523	-13.9472	23.3382
19	1.5185	0.2164	1.254	1.8619	2.3264	3.5553	0.1687	0.243	-0.5511	0.372	-0.4476	0.7835	0.5052	-0.5691	0.1825	0.3596	-0.1252	0.1113	0.5528	-0.4264	0.8343	-11.294	-27.3819	16.8419
20	3.7816	-1.7904	0.2456	3.6881	1.46	0.8924	0.5057	1.1291	-0.8683	-0.7748	-0.8501	1.1494	0.0694	-0.0874	0.418	0.3238	0.1338	-0.2253	0.8455	-0.3978	0.4934	-16.7787	-11.2398	3.8125
21	2.7264	1.7045	-0.4392	1.8876	-0.0566	3.0095	0.3788	0.675	1.404	-0.88	-0.2086	-0.8206	-0.5981	0.3069	-0.1156	0.6166	0.0182	0.2284	0.7548	0.4839	0.8315	18.1287	3.7024	7.9368
22	4.7604	-1.7467	1.9844	2.6361	-1.5578	1.9553	0.5703	1.2539	-0.1572	-0.3631	-0.6927	-0.1541	0.1061	0.1314	0.0594	0.2774	0.0401	-0.0136	0.595	0.048	0.1325	21.019	-15.9487	12.8863
23	2.3739	-0.6659	0.7551	1.7598	0.7863	4.175	-0.446	0.3589	1.7173	0.1185	0.2089	-0.2516	-0.3667	-0.1341	0.2529	0.5878	-0.0611	-0.3462	0.6525	0.3133	1.2409	11.819	8.9753	19.2807
24	4.7464	0.4267	1.7187	2.477	1.9429	1.9324	-0.2107	-0.4319	0.7243	-0.2495	0.2538	0.03	-0.3843	-0.5618	0.0361	0.3921	-0.0549	-0.2046	0.3187	0.0887	0.6846	12.0756	2.951	30.0072
25	4.7915	-0.0878	1.2265	0.0019	-0.0763	2.4452	-0.0035	1.2219	0.0815	-0.0494	0.1306	-0.3398	0.1033	0.393	0.0395	0.1821	-0.0421	-0.0054	0.6486	0.0651	0.152	11.3242	-13.5334	12.417
26	2.9474	-1.2945	2.4434	2.1446	-0.7501	2.1509	-0.3639	-0.0674	-0.3364	-0.1116	-0.0675	0.0294	-1.2563	0.3986	0.4464	0.3513	-0.0003	-0.0278	0.3379	-0.0045	0.2332	21.1357	-24.065	21.2164
27	5.5185	-3.8979	2.3028	5.1062	-0.5091	1.4899	0.5558	1.0949	-1.618	-0.3018	0.0136	0.3758	0.2386	0.6142	-0.4883	0.3994	0.001	-0.0367	0.6032	-0.4738	0.9744	11.392	-27.9614	12.3103
28	2.5721	-1.9119	0.5728	1.6086	0.3377	3.1993	0.7247	1.2791	0.0751	-0.5325	-0.6449	-0.0688	0.2589	0.0165	0.377	0.3365	0.2345	-0.1025	1.0959	0.1472	-0.0408	11.2066	-12.3089	1.7446
29	1.1219	-0.0759	-0.3376	0.5229	0.237	0.1915	0.0936	1.3872	1.0264	-0.3144	-0.1091	0.0117	-0.2253	-0.3467	0.1285	0.1767	0.079	-0.1144	0.8094	0.5363	0.6313	18.5925	-1.4847	9.1067
30	5.4012	-2.3527	-2.7947	4.4585	-3.0772	6.8233	0.3426	0.9856	0.9351	0.0319	-0.4273	-0.1968	-0.3704	0.5478	0.1248	0.2748	0.018	0.043	0.9236	0.2768	0.4372	26.9403	-10.6477	10.4055
31	4.1358	-0.5824	-1.0146	0.6939	-0.655	1.2912	0.0779	1.4268	0.0954	-0.2196	0.0033	0.17	0.0711	-0.1242	0.0028	0.3906	0.2131	0.0605	1.2544	0.1624	0.2988	22.644	-16.8504	0.9121
32	2.3316	1.003	-1.1942	1.6657	-1.4975	2.3074	-0.0348	1.383	0.3989	-0.5865	0.1226	0.1379	0.2216	-0.7618	-0.1618	0.4598	0.1037	0.1296	1.209	0.4801	0.4917	20.6137	-6.2771	1.3371
33	0.9947	1.0908	1.0145	1.5558	0.5738	1.8448	-0.31	0.0343	1.1844	0.2061	-0.236	-0.7515	-0.6112	0.6784	0.5717	0.3933	-0.2284	-0.1636	0.6628	0.2731	1.4034	28.9385	4.1234	22.2966
34	3.2523	-2.1808	-0.4481	3.1239	2.5096	5.3551	-0.3906	-0.3993	1.3794	0.6967	0.5392	-0.9081	0.0791	0.7514	-0.2585	0.5107	-0.0665	-0.3737	0.3151	-0.0683	0.7878	24.4705	-2.7977	29.8106
35	5.6976	0.3367	2.5224	4.2257	2.156	2.24	-0.081	-0.1271	0.4854	0.9775	-0.2536	-0.5368	0.0939	-0.1395	0.3668	0.6068	-0.0154	-0.1525	0.3098	0.0635	0.2267	15.6785	-11.5898	27.9848
36	2.49	-1.7244	1.7985	6.7366	-1.863	2.6504	-0.178	0.3067	0.8158	0.2067	-0.2933	-0.4189	-0.3468	0.5767	0.4374	0.271	-0.0725	-0.0874	0.2812	0.1666	0.386	16.0226	-5.3137	21.3062
37	4.9401	4.822	0.5371	4.7079	0.5241	0.0582	-0.3434	0.404	1.0327	0.2654	-0.371	-1.7341	-0.5358	0.7831	0.7683	0.6585	-0.0774	-0.3592	0.4198	0.3025	1.4796	19.3101	7.8115	23.0556
38	6.1387	0.09	-1.7489	2.0773	-2.638	3.7853	0.3026	0.9883	2.025	-0.2466	-0.3604	-0.5739	-0.3073	0.2405	0.0174	0.52	0.0738	0.274	0.9025	0.7629	1.9058	24.4908	8.0126	13.2216
39	1.5506	1.5372	0.1071	2.6624	-1.7695	3.0981	0.0944	1.5954	0.7537	-0.8291	-0.195	-0.705	0.0525	0.1731	0.0551	0.4452	0.1033	0.3131	1.1573	0.488	0.7508	27.7026	-4.2446	2.888
40	5.2363	2.7304	-0.8748	8.3905	-1.7844	1.6176	-0.2624	1.5699	-0.0185	-0.8599	0.7277	-0.0403	0.0322	-0.9214	-0.4221	0.4473	0.0486	0.0218	1.4774	0.2409	0.4252	29.9016	-18.5439	2.5914

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 7:25)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 26:40)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 41:45)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 46:55)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 56:61)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 62:79)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 80:97)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 98:102)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 103:113)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 114:118)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 119:136)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 137:141)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 142:152)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 153:164)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 165:178)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 179:187)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 188:194)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 195:210)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 211:225)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 226:234)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain B and resid 7:17)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain B and resid 18:39)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain B and resid 40:52)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain B and resid 53:61)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain B and resid 62:76)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain B and resid 77:87)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain B and resid 88:98)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain B and resid 99:114)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain B and resid 115:126)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain B and resid 127:134)
31	X-RAY DIFFRACTION	31	(chain B and resid 135:141)
32	X-RAY DIFFRACTION	32	(chain B and resid 142:154)
33	X-RAY DIFFRACTION	33	(chain B and resid 155:166)
34	X-RAY DIFFRACTION	34	(chain B and resid 175:188)
35	X-RAY DIFFRACTION	35	(chain B and resid 189:196)
36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain B and resid 197:208)
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain B and resid 209:214)
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain B and resid 215:222)
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain B and resid 223:230)
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain B and resid 231:236)

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)