[日本語] English
万見
- PDB-3u67: Crystal structure of the N-terminal domain of Hsp90 from Leishman... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u67
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of Hsp90 from Leishmania major(LmjF33.0312)in complex with ADP
要素Heat shock protein 83-1
キーワードCHAPERONE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / ATPase / ATP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / cellular response to heat / protein stabilization / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding ...ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / cellular response to heat / protein stabilization / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases ...Heat shock protein Hsp90, conserved site / Heat shock hsp90 proteins family signature. / HSP90, C-terminal domain / Heat shock protein Hsp90, N-terminal / Heat shock protein Hsp90 family / Hsp90 protein / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Heat shock protein 83-1
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Pizarro, J.C. / Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Mackenzie, F. / Fairlamb, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Ferguson, M.A.J. ...Pizarro, J.C. / Wernimont, A.K. / Hutchinson, A. / Mackenzie, F. / Fairlamb, A. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / Ferguson, M.A.J. / Hui, R. / Hills, T. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2013
タイトル: Exploring the Trypanosoma brucei Hsp83 potential as a target for structure guided drug design.
著者: Pizarro, J.C. / Hills, T. / Senisterra, G. / Wernimont, A.K. / Mackenzie, C. / Norcross, N.R. / Ferguson, M.A. / Wyatt, P.G. / Gilbert, I.H. / Hui, R.
履歴
登録2011年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein 83-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7486
ポリマ－26,1101
非ポリマー6385
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Heat shock protein 83-1
ヘテロ分子

A: Heat shock protein 83-1
ヘテロ分子


  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 53.5 kDa, 2 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,49612
ポリマ－52,2212
非ポリマー1,27510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.865, 42.991, 51.253
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Heat shock protein 83-1


分子量: 26110.465 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain, residues 1-213 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
株: FRIEDLIN
遺伝子: HSP83, HSP83-10, HSP83-11, HSP83-12, HSP83-13, HSP83-14, HSP83-15, HSP83-16, HSP83-17, HSP83-2, HSP83-3, HSP83-5, HSP83-6, HSP83-7, HSP83-9, LMJF_33_0312, LMJF_33_0314, LMJF_33_0316, LMJF_ ...遺伝子: HSP83, HSP83-10, HSP83-11, HSP83-12, HSP83-13, HSP83-14, HSP83-15, HSP83-16, HSP83-17, HSP83-2, HSP83-3, HSP83-5, HSP83-6, HSP83-7, HSP83-9, LMJF_33_0312, LMJF_33_0314, LMJF_33_0316, LMJF_33_0320, LMJF_33_0323, LMJF_33_0326, LMJF_33_0333, LMJF_33_0336, LMJF_33_0340, LMJF_33_0343, LMJF_33_0346, LMJF_33_0350, LMJF_33_0355, LMJF_33_0360, LMJF_33_0365
プラスミド: pET15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4Q4I6
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG3350, 0.1M NH4SO4, 0.1M bis-tris, 4.15mM ADP, 5mM MgCl2 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 158 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月13日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 26898 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 31.55 Å2 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 1.77→1.83 Å / 冗長度: 5.8 % / Num. unique all: 2586 / Rsym value: 0.492 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3H80

3h80


解像度: 1.77→32.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9293 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2396 1349 5.02 %RANDOM
Rwork0.2024 ---
obs0.2042 26855 --
all-26898 --
原子変位パラメータBiso mean: 36.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.2869 Å20 Å20 Å2
2--7.3168 Å20 Å2
3----14.6037 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.217 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→32.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1664 0 40 187 1891
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011800HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.052446HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d661SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes49HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes272HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1800HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.67
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion4HARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion248SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2268SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.84 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 136 4.87 %
Rwork0.2252 2656 -
all0.2263 2792 -

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る