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- PDB-3u4e: Crystal Structure of PG9 Fab in Complex with V1V2 Region from HIV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u4e
タイトルCrystal Structure of PG9 Fab in Complex with V1V2 Region from HIV-1 strain CAP45
要素
  • PG9 Heavy Chain
  • PG9 Light Chain
  • V1V2 region of HIV-1 on 1FD6 scaffold
キーワードIMMUNE SYSTEM / NEUTRALIZING ANTIBODIES / LONG CDRH3 / HIV-1
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Immunoglobulins ...Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.185 Å
データ登録者Gorman, J. / McLellan, J. / Pancera, M. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure of HIV-1 gp120 V1/V2 domain with broadly neutralizing antibody PG9.
著者: McLellan, J.S. / Pancera, M. / Carrico, C. / Gorman, J. / Julien, J.P. / Khayat, R. / Louder, R. / Pejchal, R. / Sastry, M. / Dai, K. / O'Dell, S. / Patel, N. / Shahzad-Ul-Hussan, S. / Yang, ...著者: McLellan, J.S. / Pancera, M. / Carrico, C. / Gorman, J. / Julien, J.P. / Khayat, R. / Louder, R. / Pejchal, R. / Sastry, M. / Dai, K. / O'Dell, S. / Patel, N. / Shahzad-Ul-Hussan, S. / Yang, Y. / Zhang, B. / Zhou, T. / Zhu, J. / Boyington, J.C. / Chuang, G.Y. / Diwanji, D. / Georgiev, I. / Do Kwon, Y. / Lee, D. / Louder, M.K. / Moquin, S. / Schmidt, S.D. / Yang, Z.Y. / Bonsignori, M. / Crump, J.A. / Kapiga, S.H. / Sam, N.E. / Haynes, B.F. / Burton, D.R. / Koff, W.C. / Walker, L.M. / Phogat, S. / Wyatt, R. / Orwenyo, J. / Wang, L.X. / Arthos, J. / Bewley, C.A. / Mascola, J.R. / Nabel, G.J. / Schief, W.R. / Ward, A.B. / Wilson, I.A. / Kwong, P.D.
履歴
登録2011年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月21日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 3.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: V1V2 region of HIV-1 on 1FD6 scaffold
J: V1V2 region of HIV-1 on 1FD6 scaffold
H: PG9 Heavy Chain
L: PG9 Light Chain
A: PG9 Heavy Chain
B: PG9 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,96823
ポリマ－127,5056
非ポリマー5,46317
水8,755486
1
G: V1V2 region of HIV-1 on 1FD6 scaffold
H: PG9 Heavy Chain
L: PG9 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,82913
ポリマ－63,7533
非ポリマー3,07710
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
J: V1V2 region of HIV-1 on 1FD6 scaffold
A: PG9 Heavy Chain
B: PG9 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,13910
ポリマ－63,7533
非ポリマー2,3867
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.026, 103.545, 186.373
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 GJ

#1: タンパク質 V1V2 region of HIV-1 on 1FD6 scaffold


分子量: 13722.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
プラスミド: PVRC8400 / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q1PHM9*PLUS

-
抗体 , 2種, 4分子 HALB

#2: 抗体 PG9 Heavy Chain


分子量: 27193.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293f / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 PG9 Light Chain


分子量: 22837.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293S GnTI- / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト)

-
糖 , 4種, 5分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 2種, 498分子

#8: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 486 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 13% (w/v) PEG 3350, 11% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月14日
放射モノクロメーター: double crystal - liquid nitrogen cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→50 Å / Num. all: 73822 / Num. obs: 67917 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 %
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.19-2.242.40.3392.4168.7
2.24-2.32.70.342.6173.4
2.3-2.362.90.342.7177.5
2.36-2.4330.3222.4182.1
2.43-2.513.20.3322.4187.1
2.51-2.63.30.3072.1193.1
2.6-2.73.70.3212.3198.1
2.7-2.824.30.2912.3199.9
2.82-2.974.90.2493.91100
2.97-3.1650.1944.51100
3.16-3.450.13710.51100
3.4-3.7450.106121100
3.74-4.2950.09213.81100
4.29-5.450.08214.41100
5.4-504.70.05418.7199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.2_869)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U2S

3u2s


解像度: 2.185→27.693 Å / SU ML: 0.71 / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 25.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2336 3442 5.09 %Random
Rwork0.1818 ---
obs0.1845 67657 91.49 %-
all-73950 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.7 Å2 / ksol: 0.304 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.8889 Å2-0 Å20 Å2
2---6.6663 Å2-0 Å2
3---0.7774 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.185→27.693 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8478 0 348 486 9312
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09412297
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1623254
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761425
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051517
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1851-2.2150.3096870.23051655X-RAY DIFFRACTION59
2.215-2.24660.31991020.21451960X-RAY DIFFRACTION71
2.2466-2.28010.2507900.21922048X-RAY DIFFRACTION74
2.2801-2.31570.29711070.21972102X-RAY DIFFRACTION76
2.3157-2.35370.30941070.22512201X-RAY DIFFRACTION78
2.3537-2.39430.33731170.222219X-RAY DIFFRACTION81
2.3943-2.43780.29831220.22632324X-RAY DIFFRACTION83
2.4378-2.48460.32721230.23442427X-RAY DIFFRACTION87
2.4846-2.53530.29481390.24192503X-RAY DIFFRACTION90
2.5353-2.59040.29381430.25452590X-RAY DIFFRACTION94
2.5904-2.65060.26841430.24212683X-RAY DIFFRACTION97
2.6506-2.71680.30341340.23412776X-RAY DIFFRACTION99
2.7168-2.79020.32711480.23312759X-RAY DIFFRACTION99
2.7902-2.87230.28141740.21072755X-RAY DIFFRACTION100
2.8723-2.96490.29261660.20092779X-RAY DIFFRACTION100
2.9649-3.07070.26781540.19612765X-RAY DIFFRACTION99
3.0707-3.19350.26531440.19192801X-RAY DIFFRACTION100
3.1935-3.33860.24471430.1862838X-RAY DIFFRACTION100
3.3386-3.51430.23581560.17872806X-RAY DIFFRACTION100
3.5143-3.7340.19981490.16782813X-RAY DIFFRACTION100
3.734-4.02150.2051550.15362823X-RAY DIFFRACTION100
4.0215-4.42470.17521520.13492831X-RAY DIFFRACTION100
4.4247-5.06160.16351640.12352859X-RAY DIFFRACTION100
5.0616-6.36430.19231500.16012901X-RAY DIFFRACTION100
6.3643-27.69490.21341730.18832997X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98790.6039-0.23021.2306-0.8293.0382-0.2318-0.0773-0.05440.20630.0305-0.30920.1773-0.0491-0.00370.27060.0360.07020.33460.04520.11632.43663.1945-52.0311
22.1511-1.24750.28752.1069-0.7881.3168-0.1039-0.0840.13290.07380.0659-0.08630.0322-0.0480.01280.2435-0.00330.02370.38650.07090.276726.227916.8322-59.3482
31.378-0.27510.27582.0566-0.83772.8649-0.3696-0.24610.1418-0.25560.0716-0.1963-0.16910.0913-0.01010.324-0.0132-0.06650.3237-0.01680.1961-3.934-2.074830.063
42.44061.2938-0.87552.0572-0.81191.6731-0.189-0.3622-0.2734-0.08680.00120.05350.0224-0.07240.01440.36330.00170.02590.48890.03240.354-11.0251-16.64136.8024
50.4329-0.00520.33250.6616-0.08591.6546-0.07810.0330.12330.00120.0231-0.2177-0.1589-0.0790.00820.1857-0.0274-0.04430.1537-0.00320.249434.27975.172-9.7873
61.0296-0.01360.08471.9629-0.93141.73460.03170.1104-0.0104-0.11110.0218-0.03970.0436-0.01790.01050.1594-0.01470.02440.1725-0.00230.110626.8926-9.2622-24.3788
71.4797-0.0265-0.08411.52410.26332.4230.0146-0.2241-0.0240.055-0.0241-0.0316-0.09290.1504-0.00090.1834-0.00080.00420.2292-0.0070.217133.9546-23.10514.6357
80.62030.3721-0.22332.0331-0.55821.5120.1076-0.04280.02390.0624-0.0348-0.1013-0.0641-0.0449-0.02410.1464-0.0014-0.02650.1611-0.00620.2168-9.098511.65653.4673
91.4623-0.06560.06911.50580.26222.31720.25410.3929-0.0302-0.0877-0.17920.3177-0.4051-0.0048-0.0330.48160.14130.0160.43370.02310.3838-0.457728.3794-36.1017
100.60720.2258-0.37570.7278-0.24121.36610.00110.087-0.0764-0.10240.0302-0.17280.1359-0.0525-0.02140.22210.0020.03110.167-0.00340.3288-2.4236-2.2375-12.2117
111.62760.40560.01783.0157-0.31461.4928-0.11270.07570.31830.29060.1223-0.0904-0.21370.0931-0.01210.35570.0255-0.01280.30040.0410.373211.559918.2773-30.2527
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'G' and (resseq 1:180)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'G' and (resseq 190:244)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'J' and (resseq 1:180)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'J' and (resseq 190:245)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resseq 1:116)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resseq 1:113)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resseq 114:216)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 1:113)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 114:216)
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resseq 2:116)
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resseq 117:209)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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