PDB-3u40: Crystal structure of a purine nucleoside phosphorylase from Entam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3u40

タイトル

Crystal structure of a purine nucleoside phosphorylase from Entamoeba histolytica bound to adenosine

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / purine salvage / maltose binding protein / expression rescue / co-crystal

機能・相同性

機能・相同性情報

uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Edwards, T.E. / Gardberg, A.S. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Expression of proteins in Escherichia coli as fusions with maltose-binding protein to rescue non-expressed targets in a high-throughput protein-expression and purification pipeline.
著者: Hewitt, S.N. / Choi, R. / Kelley, A. / Crowther, G.J. / Napuli, A.J. / Van Voorhis, W.C.

履歴

登録	2011年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3u40.cif.gz	532.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3u40.ent.gz	436.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3u40.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3u40_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3u40_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	3u40_validation.xml.gz	55.8 KB	表示
CIF形式データ	3u40_validation.cif.gz	77.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/3u40 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/3u40	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sdsC 3tl6SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3tl6-d 4tti-d 2i4t-1 4d98-1 6kkt-d 6kku-d 6kkr-d 5mx8-1 4ts9-1 1z38-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: EnhiA.01033.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

B: Purine nucleoside phosphorylase

C: Purine nucleoside phosphorylase

D: Purine nucleoside phosphorylase

E: Purine nucleoside phosphorylase

F: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

162 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.277, 101.202, 167.264
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	A	A	1 - 238	5 - 242
2	1	LYS	LYS	B	B	1 - 238	5 - 242
1	2	LYS	LYS	A	A	1 - 238	5 - 242
2	2	LYS	LYS	C	C	1 - 238	5 - 242
1	3	ALA	ALA	A	A	1 - 237	5 - 241
2	3	ALA	ALA	D	D	1 - 237	5 - 241
1	4	LYS	LYS	A	A	1 - 238	5 - 242
2	4	LYS	LYS	E	E	1 - 238	5 - 242
1	5	LYS	LYS	A	A	1 - 238	5 - 242
2	5	LYS	LYS	F	F	1 - 238	5 - 242
1	6	LYS	LYS	B	B	1 - 238	5 - 242
2	6	LYS	LYS	C	C	1 - 238	5 - 242
1	7	ALA	ALA	B	B	1 - 237	5 - 241
2	7	ALA	ALA	D	D	1 - 237	5 - 241
1	8	LYS	LYS	B	B	1 - 238	5 - 242
2	8	LYS	LYS	E	E	1 - 238	5 - 242
1	9	LYS	LYS	B	B	1 - 238	5 - 242
2	9	LYS	LYS	F	F	1 - 238	5 - 242
1	10	LYS	LYS	C	C	1 - 238	5 - 242
2	10	LYS	LYS	D	D	1 - 238	5 - 242
1	11	LYS	LYS	C	C	1 - 238	5 - 242
2	11	LYS	LYS	E	E	1 - 238	5 - 242
1	12	LYS	LYS	C	C	1 - 238	5 - 242
2	12	LYS	LYS	F	F	1 - 238	5 - 242
1	13	LYS	LYS	D	D	1 - 238	5 - 242
2	13	LYS	LYS	E	E	1 - 238	5 - 242
1	14	LYS	LYS	D	D	1 - 238	5 - 242
2	14	LYS	LYS	F	F	1 - 238	5 - 242
1	15	LYS	LYS	E	E	1 - 238	5 - 242
2	15	LYS	LYS	F	F	1 - 238	5 - 242

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
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5
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15

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / PNPase 分子量: 26597.541 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EHI_130960 / プラスミド: pMBP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4LXG4, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.24 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: EnhiA.01033.a.MB1 PW30572 at 22 mg/mL with 10 mM adenosine against PACT screen condition E5: 0.2 M sodium nitrate, 20% PEG3350, cryoprotectant: 25% ethylene glycol, crystal tracking ID ...詳細: EnhiA.01033.a.MB1 PW30572 at 22 mg/mL with 10 mM adenosine against PACT screen condition E5: 0.2 M sodium nitrate, 20% PEG3350, cryoprotectant: 25% ethylene glycol, crystal tracking ID 225630e5, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.24 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: EnhiA.01033.a.MB1 PW30572 at 22 mg/mL with 10 mM adenosine against PACT screen condition E5: 0.2 M sodium nitrate, 20% PEG3350, cryoprotectant: 25% ethylene glycol, crystal tracking ID ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月29日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 90147 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.104 / Χ²: 1.004 / Net I/σ(I): 16

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.05-2.12	3.6	0.51	2.3	7631	0.905	84.4
2.12-2.21	5.6	0.429	3.8	8788	0.981	96.1
2.21-2.31	6.4	0.343	5.3	8950	0.981	98.7
2.31-2.43	6.7	0.273	7.1	9095	0.982	99.4
2.43-2.58	6.9	0.234	8.7	9117	1.01	99.8
2.58-2.78	7.1	0.172	12.5	9176	1.102	99.8
2.78-3.06	7.2	0.13	15.8	9195	1.064	100
3.06-3.51	7.3	0.084	22.6	9233	0.995	100
3.51-4.42	7.5	0.068	26.1	9312	0.99	100
4.42-50	7.3	0.049	33.1	9650	0.957	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	46.83 Å
Translation	3 Å	46.83 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MxDC		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TL6

3tl6

解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / WR_factor R_free: 0.2101 / WR_factor R_work: 0.1729 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8656 / SU B: 7.726 / SU ML: 0.107 / SU R Cruickshank DPI: 0.1986 / SU R_free: 0.1666 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2186	4521	5 %	RANDOM
R_work	0.1798	-	-	-
obs	0.1818	90061	97.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.87 Å² / B_iso mean: 24.9354 Å² / B_iso min: 9.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.36 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10461	0	147	570	11178

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	10865
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.522	1.974	14740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.118	5	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.407	23.364	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.444	15	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.854	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8306

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	302	X-RAY DIFFRACTION	0.08	0.05
1	2	B	302	X-RAY DIFFRACTION	0.08	0.05
2	1	A	294	X-RAY DIFFRACTION	0.08	0.05
2	2	C	294	X-RAY DIFFRACTION	0.08	0.05
3	1	A	305	X-RAY DIFFRACTION	0.05	0.05
3	2	D	305	X-RAY DIFFRACTION	0.05	0.05
4	1	A	296	X-RAY DIFFRACTION	0.06	0.05
4	2	E	296	X-RAY DIFFRACTION	0.06	0.05
5	1	A	295	X-RAY DIFFRACTION	0.04	0.05
5	2	F	295	X-RAY DIFFRACTION	0.04	0.05
6	1	B	289	X-RAY DIFFRACTION	0.07	0.05
6	2	C	289	X-RAY DIFFRACTION	0.07	0.05
7	1	B	299	X-RAY DIFFRACTION	0.08	0.05
7	2	D	299	X-RAY DIFFRACTION	0.08	0.05
8	1	B	294	X-RAY DIFFRACTION	0.08	0.05
8	2	E	294	X-RAY DIFFRACTION	0.08	0.05
9	1	B	285	X-RAY DIFFRACTION	0.08	0.05
9	2	F	285	X-RAY DIFFRACTION	0.08	0.05
10	1	C	292	X-RAY DIFFRACTION	0.09	0.05
10	2	D	292	X-RAY DIFFRACTION	0.09	0.05
11	1	C	291	X-RAY DIFFRACTION	0.09	0.05
11	2	E	291	X-RAY DIFFRACTION	0.09	0.05
12	1	C	288	X-RAY DIFFRACTION	0.08	0.05
12	2	F	288	X-RAY DIFFRACTION	0.08	0.05
13	1	D	298	X-RAY DIFFRACTION	0.05	0.05
13	2	E	298	X-RAY DIFFRACTION	0.05	0.05
14	1	D	284	X-RAY DIFFRACTION	0.04	0.05
14	2	F	284	X-RAY DIFFRACTION	0.04	0.05
15	1	E	281	X-RAY DIFFRACTION	0.02	0.05
15	2	F	281	X-RAY DIFFRACTION	0.02	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.106 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	241	-
R_work	0.232	5045	-
all	-	5286	-
obs	-	-	80.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3727	-0.4194	-0.0125	0.4017	0.0561	0.7572	-0.0381	-0.0975	0.0362	-0.0066	0.0076	0.0626	0.0074	-0.0365	0.0305	0.0492	-0.0158	0.0104	0.0721	-0.0274	0.1297	-12.339	26.0456	49.8358
2	0.91	0.2011	-0.3081	0.355	0.1262	0.2322	0.0137	0.0004	0.0922	-0.0072	-0.0074	0.0578	0.0012	0.0134	-0.0063	0.0801	-0.0083	-0.0028	0.0898	-0.0109	0.104	2.4862	33.2167	39.506
3	0.5925	0.0483	-0.2425	0.3448	-0.0927	1.0713	0.0118	0.1026	0.0401	-0.0688	-0.1059	0.0197	0.0277	-0.0181	0.0941	0.0965	0.0036	-0.0084	0.105	0.0163	0.0479	13.3593	26.7605	12.2142
4	0.3083	-0.0616	-0.4181	0.281	0.024	0.9565	-0.0182	0.092	-0.0245	-0.0221	-0.0786	0.0053	0.0613	-0.0707	0.0968	0.0945	-0.0111	-0.0054	0.102	-0.0262	0.0601	4.9964	19.5724	20.9616
5	0.4215	-0.0629	0.2929	0.1557	-0.0116	0.603	0.0243	0.0113	-0.0439	-0.0513	-0.0432	-0.0123	-0.0102	0.0173	0.0189	0.0987	-0.0104	0.0122	0.0863	-0.0119	0.0707	31.9178	9.6166	16.1193
6	0.566	1.5306	0.5029	4.7457	0.0056	3.4957	-0.1139	0.0458	0.0358	-0.3948	-0.0709	0.0136	0.043	0.4533	0.1847	0.1481	0.0613	0.0756	0.0999	0.0561	0.0582	41.8406	15.6835	10.6856
7	1.2588	-0.7074	-0.2665	1.037	0.4714	0.4981	-0.0278	-0.1022	-0.0921	0.036	0.0104	-0.1121	-0.0104	0.0823	0.0175	0.0381	0.0045	0.0002	0.0709	0.0198	0.1362	57.8959	3.3704	48.2394
8	0.4292	0.0786	0.2263	0.5021	-0.1277	0.1875	-0.003	-0.0583	-0.0427	-0.0523	0.0154	-0.0544	-0.0058	-0.0449	-0.0124	0.0616	-0.0054	0.0104	0.0937	0.0078	0.1047	41.9719	-0.2972	38.5172
9	0.5703	-0.1619	-0.1088	1.1718	-0.0958	0.4193	-0.0028	-0.1486	-0.1042	0.0187	-0.1169	-0.0292	0.0065	0.0773	0.1197	0.0708	0.0071	-0.0068	0.1132	0.0681	0.0696	36.7577	0.3329	64.8299
10	0.5011	-0.3425	-0.115	0.7449	-0.2572	0.4491	-0.0016	-0.0711	0.0408	0.0358	-0.0152	0.0097	-0.0166	0.0853	0.0168	0.0765	-0.0032	-0.0065	0.1197	0.0055	0.0528	32.6768	13.8697	64.8701
11	0.811	-0.6379	-0.0257	0.6811	0.2243	0.2479	-0.034	-0.0644	-0.0587	0.001	0.009	0.062	-0.0466	-0.0168	0.025	0.0833	0.0019	0.0181	0.1057	-0.0102	0.0751	9.486	23.0522	65.7685
12	11.7013	6.7605	3.151	9.5236	4.6918	2.3191	-1.3974	0.2494	0.1273	0.4088	0.7816	1.2602	0.2346	0.4242	0.6158	0.4585	0.029	0.2749	0.2689	0.0604	0.2862	3.6179	16.2243	75.0192

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 90
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	91 - 238
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	124 - 238
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 207
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	208 - 238
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	-2 - 64
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	65 - 238
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	1 - 124
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	125 - 238
11	X-RAY DIFFRACTION	11	F	1 - 207
12	X-RAY DIFFRACTION	12	F	208 - 238

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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