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- PDB-3u2s: Crystal Structure of PG9 Fab in Complex with V1V2 Region from HIV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u2s
タイトルCrystal Structure of PG9 Fab in Complex with V1V2 Region from HIV-1 strain ZM109
要素
  • Envelope glycoprotein gp120
  • PG9 heavy chain
  • PG9 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / greek key / immunoglobulin / immune recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Ubiquitin-like (UB roll) / Immunoglobulins / Roll ...Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Ubiquitin-like (UB roll) / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R,R)-2,3-BUTANEDIOL / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.797 Å
データ登録者McLellan, J.S. / Pancera, M. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Structure of HIV-1 gp120 V1/V2 domain with broadly neutralizing antibody PG9.
著者: McLellan, J.S. / Pancera, M. / Carrico, C. / Gorman, J. / Julien, J.P. / Khayat, R. / Louder, R. / Pejchal, R. / Sastry, M. / Dai, K. / O'Dell, S. / Patel, N. / Shahzad-Ul-Hussan, S. / Yang, ...著者: McLellan, J.S. / Pancera, M. / Carrico, C. / Gorman, J. / Julien, J.P. / Khayat, R. / Louder, R. / Pejchal, R. / Sastry, M. / Dai, K. / O'Dell, S. / Patel, N. / Shahzad-Ul-Hussan, S. / Yang, Y. / Zhang, B. / Zhou, T. / Zhu, J. / Boyington, J.C. / Chuang, G.Y. / Diwanji, D. / Georgiev, I. / Do Kwon, Y. / Lee, D. / Louder, M.K. / Moquin, S. / Schmidt, S.D. / Yang, Z.Y. / Bonsignori, M. / Crump, J.A. / Kapiga, S.H. / Sam, N.E. / Haynes, B.F. / Burton, D.R. / Koff, W.C. / Walker, L.M. / Phogat, S. / Wyatt, R. / Orwenyo, J. / Wang, L.X. / Arthos, J. / Bewley, C.A. / Mascola, J.R. / Nabel, G.J. / Schief, W.R. / Ward, A.B. / Wilson, I.A. / Kwong, P.D.
履歴
登録2011年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月21日Group: Database references
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: PG9 heavy chain
L: PG9 light chain
G: Envelope glycoprotein gp120
A: PG9 heavy chain
B: PG9 light chain
C: Envelope glycoprotein gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,61417
ポリマ－127,0416
非ポリマー3,57311
水15,259847
1
H: PG9 heavy chain
L: PG9 light chain
G: Envelope glycoprotein gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2598
ポリマ－63,5203
非ポリマー1,7395
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: PG9 heavy chain
B: PG9 light chain
C: Envelope glycoprotein gp120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3559
ポリマ－63,5203
非ポリマー1,8356
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.465, 86.565, 94.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 GC

#3: タンパク質 Envelope glycoprotein gp120


分子量: 13489.955 Da / 分子数: 2 / 断片: V1V2 region / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: ZM109 / 遺伝子: env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6TCP8*PLUS

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抗体 , 2種, 4分子 HALB

#1: 抗体 PG9 heavy chain


分子量: 27193.172 Da / 分子数: 2 / 断片: antigen-binding fragment / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 PG9 light chain


分子量: 22837.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 4分子

#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 854分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 847 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 8% (w/v) PEG 3350, 5% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 90 mM lithium sulfate, 45 mM imidazole pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月11日
放射モノクロメーター: Si220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 134186 / Num. obs: 122378 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 4342 / % possible all: 64.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_755)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3LRS

3lrs


解像度: 1.797→41.581 Å / SU ML: 0.5 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 6166 5.04 %random
Rwork0.1779 ---
obs0.1792 122322 90.97 %-
all-134464 --
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.501 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5021 Å2-0 Å2-7.885 Å2
2---7.0101 Å20 Å2
3---1.5079 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.797→41.581 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8082 0 231 847 9160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0711606
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4353078
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1021339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041439
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7974-1.81780.31721200.27772510X-RAY DIFFRACTION59
1.8178-1.83920.26851510.25092889X-RAY DIFFRACTION68
1.8392-1.86170.26941450.22973008X-RAY DIFFRACTION70
1.8617-1.88520.24261620.21443089X-RAY DIFFRACTION73
1.8852-1.910.21521690.21533210X-RAY DIFFRACTION76
1.91-1.93620.22781760.21763340X-RAY DIFFRACTION79
1.9362-1.96390.21721860.20753485X-RAY DIFFRACTION83
1.9639-1.99320.24452050.20073623X-RAY DIFFRACTION86
1.9932-2.02430.23072080.19433798X-RAY DIFFRACTION89
2.0243-2.05750.23482200.19323898X-RAY DIFFRACTION92
2.0575-2.0930.21912030.18633979X-RAY DIFFRACTION94
2.093-2.1310.2282300.17684023X-RAY DIFFRACTION95
2.131-2.1720.19852260.17064064X-RAY DIFFRACTION96
2.172-2.21640.1882220.16814112X-RAY DIFFRACTION97
2.2164-2.26450.21491840.17284168X-RAY DIFFRACTION97
2.2645-2.31720.20542390.17744092X-RAY DIFFRACTION97
2.3172-2.37520.20662460.16764116X-RAY DIFFRACTION97
2.3752-2.43940.18942090.17484154X-RAY DIFFRACTION98
2.4394-2.51110.20442500.17524133X-RAY DIFFRACTION98
2.5111-2.59220.21192110.18844166X-RAY DIFFRACTION98
2.5922-2.68480.22012380.17424151X-RAY DIFFRACTION98
2.6848-2.79230.19162210.17644212X-RAY DIFFRACTION98
2.7923-2.91930.2022180.17474164X-RAY DIFFRACTION98
2.9193-3.07320.22732070.17964229X-RAY DIFFRACTION98
3.0732-3.26570.21151880.18114218X-RAY DIFFRACTION99
3.2657-3.51770.22332340.18244228X-RAY DIFFRACTION99
3.5177-3.87150.19042310.1714218X-RAY DIFFRACTION99
3.8715-4.43110.17392250.14674269X-RAY DIFFRACTION99
4.4311-5.58060.17172350.15164267X-RAY DIFFRACTION99
5.5806-41.5920.2142070.20364343X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9896-1.02760.66182.1265-0.09151.38340.0024-0.1213-0.17380.01390.03180.31990.0261-0.2336-0.03550.1501-0.02150.03180.16740.02110.163127.29651.9461.2314
22.21960.77981.29372.46211.64015.4918-0.0495-0.12920.07340.53010.3225-0.4325-0.01290.5166-0.30410.39160.0958-0.09780.3149-0.10610.344561.24443.472722.224
32.31040.14441.29052.71330.92192.46620.02210.03120.0860.0774-0.02180.0507-0.1113-0.0340.01470.18830.02090.02030.12570.00560.14234.429640.9631.7156
46.9248-2.25220.71917.0208-0.61456.447-0.0486-0.31220.2186-0.1691-0.0563-1.2951-0.08221.02990.10950.50540.0132-0.05330.5176-0.09350.696970.016338.884255.5934
52.43741.63181.63253.68721.39281.9972-0.0673-0.03870.1055-0.0995-0.02380.1663-0.1454-0.04930.06810.15480.0190.03530.15750.00790.137633.735621.91561.7035
66.0173-2.47730.89867.5036-0.05093.4434-0.2110.1257-0.0719-0.05450.2651-0.71520.01450.3895-0.03360.26840.0021-0.01620.3137-0.05630.38566.915814.717311.3162
73.1585-1.38441.55274.5619-0.87031.7150.1149-0.0175-0.240.11120.04630.1470.22260.0459-0.13520.2876-0.0034-0.01150.13590.00910.154937.302121.597138.4678
82.51710.96781.46195.16222.97515.4812-0.009-0.10040.08290.39260.1817-0.4093-0.07330.0712-0.16740.61550.0315-0.10650.3583-0.06780.394657.658629.224462.0787
93.9849-0.59572.42160.8016-0.48311.7755-0.05140.1263-0.2854-0.2786-0.04320.3723-0.05960.1268-0.10430.278-0.0412-0.05720.4987-0.06060.63841.32144.6481-14.7634
102.38611.7851.381.80150.60791.21830.2504-0.58240.31450.4883-0.57760.77010.0821-0.55210.13290.3593-0.1367-0.25090.2638-0.36190.9184-15.655613.4799-15.8558
112.07730.12761.92021.03030.16792.34970.1626-0.0704-0.44870.0763-0.06460.64740.058-0.413-0.08010.32610.0907-0.05070.39740.0090.54866.010638.305318.5872
122.7184-1.20972.22873.05430.78175.07260.82550.8294-0.7984-0.4545-0.4583-0.60731.09150.7715-0.33240.77570.1548-0.220.7551-0.06451.0819-2.15530.0494.6473
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain H and resid 1:135
2X-RAY DIFFRACTION2chain H and resid 136:231
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 1:135
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 136:231
5X-RAY DIFFRACTION5chain L and resid 1:110
6X-RAY DIFFRACTION6chain L and resid 111:210
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resid 1:110
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resid 111:210
9X-RAY DIFFRACTION9chain G and resid 1:195
10X-RAY DIFFRACTION10chain G and resid 196:239
11X-RAY DIFFRACTION11chain C and resid 1:195
12X-RAY DIFFRACTION12chain C and resid 196:250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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