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万見
- PDB-3u23: Atomic resolution crystal structure of the 2nd SH3 domain from hu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3u23
タイトルAtomic resolution crystal structure of the 2nd SH3 domain from human CD2AP (CMS) in complex with a proline-rich peptide from human RIN3
要素
  • CD2-associated protein
  • Ras and Rab interactor 3
キーワードPROTEIN BINDING / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Beta-barrel / Adaptor protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mast cell chemotaxis / response to glial cell derived neurotrophic factor / transforming growth factor beta1 production / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / localization of cell / Rab protein signal transduction / negative regulation of transforming growth factor beta1 production / slit diaphragm / response to transforming growth factor beta / podocyte differentiation ...negative regulation of mast cell chemotaxis / response to glial cell derived neurotrophic factor / transforming growth factor beta1 production / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / localization of cell / Rab protein signal transduction / negative regulation of transforming growth factor beta1 production / slit diaphragm / response to transforming growth factor beta / podocyte differentiation / regulation of vesicle size / immunological synapse formation / endothelium development / nerve growth factor signaling pathway / protein heterooligomerization / collateral sprouting / renal albumin absorption / substrate-dependent cell migration, cell extension / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / cell-cell adhesion mediated by cadherin / filopodium assembly / membrane organization / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / cell-cell junction organization / negative regulation of receptor internalization / Nephrin family interactions / podosome / clathrin binding / maintenance of blood-brain barrier / nuclear envelope lumen / D-glucose import / cell leading edge / filamentous actin / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / protein secretion / endocytic vesicle / adipose tissue development / lymph node development / stress-activated MAPK cascade / ruffle / actin filament polymerization / ERK1 and ERK2 cascade / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / liver development / actin filament organization / trans-Golgi network membrane / positive regulation of protein secretion / regulation of actin cytoskeleton organization / response to insulin / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein catabolic process / synapse organization / neuromuscular junction / regulation of synaptic plasticity / response to virus / small GTPase binding / SH3 domain binding / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of protein localization to nucleus / lipid metabolic process / response to wounding / centriolar satellite / fibrillar center / endocytosis / male gonad development / actin filament binding / late endosome / cell migration / actin cytoskeleton / T cell receptor signaling pathway / growth cone / protein-containing complex assembly / cytoplasmic vesicle / vesicle / negative regulation of neuron apoptotic process / response to oxidative stress / early endosome / cell population proliferation / cadherin binding / inflammatory response / axon / cell division / neuronal cell body / apoptotic process / dendrite / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ras and Rab interactor 3, SH2 domain / RIN1-like domain / CD2-associated protein, first SH3 domain / CD2-associated protein, second SH3 domain / CD2-associated protein, third SH3 domain / Vacuolar protein sorting-associated protein 9-like / VPS9 domain / VPS9 domain superfamily / Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain / VPS9 domain profile. ...Ras and Rab interactor 3, SH2 domain / RIN1-like domain / CD2-associated protein, first SH3 domain / CD2-associated protein, second SH3 domain / CD2-associated protein, third SH3 domain / Vacuolar protein sorting-associated protein 9-like / VPS9 domain / VPS9 domain superfamily / Vacuolar sorting protein 9 (VPS9) domain / VPS9 domain profile. / Domain present in VPS9 / : / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras and Rab interactor 3 / CD2-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.11 Å
データ登録者Simister, P.C. / Rouka, E. / Janning, M. / Muniz, J.R.C. / Kirsch, K.H. / Knapp, S. / von Delft, F. / Filippakopoulos, P. / Arrowsmith, C.H. / Krojer, T. ...Simister, P.C. / Rouka, E. / Janning, M. / Muniz, J.R.C. / Kirsch, K.H. / Knapp, S. / von Delft, F. / Filippakopoulos, P. / Arrowsmith, C.H. / Krojer, T. / Edwards, A.M. / Weigelt, J. / Bountra, C. / Feller, S.M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Differential Recognition Preferences of the Three Src Homology 3 (SH3) Domains from the Adaptor CD2-associated Protein (CD2AP) and Direct Association with Ras and Rab Interactor 3 (RIN3).
著者: Rouka, E. / Simister, P.C. / Janning, M. / Kumbrink, J. / Konstantinou, T. / Muniz, J.R. / Joshi, D. / O'Reilly, N. / Volkmer, R. / Ritter, B. / Knapp, S. / von Delft, F. / Kirsch, K.H. / Feller, S.M.
履歴
登録2011年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Other
改定 1.22016年3月9日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD2-associated protein
B: Ras and Rab interactor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3103
ポリマ－9,2482
非ポリマー621
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area4690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.130, 32.040, 39.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CD2-associated protein / Adapter protein CMS / Cas ligand with multiple SH3 domains


分子量: 7444.361 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 109-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD2AP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5K6
#2: タンパク質・ペプチド Ras and Rab interactor 3 / Ras interaction/interference protein 3


分子量: 1803.201 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 452-467 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesised peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8TB24
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.4 M tri-sodium citrate dihydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月13日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.11→27.43 Å / Num. all: 26161 / Num. obs: 24275 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 13.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 14.98
反射 シェル解像度: 1.11→1.14 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.521 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / % possible all: 59.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entries 2G6F, 1OEB, 2AK5, 2FEI, 3IQL

2g6f

1oeb

2ak5

2fei

3iql


解像度: 1.11→27.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / SU B: 1.332 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16663 1217 5 %RANDOM
Rwork0.15071 ---
obs0.15151 23056 92.79 %-
all-26161 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å2-0 Å2-0.17 Å2
2---0.91 Å2-0 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.11→27.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数562 0 4 86 652
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.022622
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02454
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2712.015852
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.58631130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.383579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.62125.86229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.37915122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.098154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021677
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02108
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5191.5369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7941.5140
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.852612
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.2233253
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.1984.5233
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.11231076
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.11→1.139 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 57 -
Rwork0.337 1075 -
obs--59.36 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.401 Å / Origin y: 5.769 Å / Origin z: 2.544 Å
111213212223313233
T0.2759 Å20.0174 Å2-0.0457 Å2-0.1028 Å2-0.0153 Å2--0.1118 Å2
L0.5881 °20.1086 °2-0.6112 °2-1.8449 °2-0.9909 °2--1.062 °2
S0.1267 Å °0.0452 Å °0.0037 Å °-0.1484 Å °-0.0572 Å °0.1937 Å °-0.0333 Å °-0.0027 Å °-0.0694 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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