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- PDB-3iql: Crystal structure of the rat endophilin-A1 SH3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iql
タイトルCrystal structure of the rat endophilin-A1 SH3 domain
要素Endophilin-A1
キーワードPROTEIN BINDING / SH3 / endophilin / Coiled coil / Cytoplasm / Endocytosis / Lipid-binding / Membrane / Phosphoprotein / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Negative regulation of MET activity / membrane bending / EGFR downregulation / positive regulation of membrane tubulation / lipid tube assembly / membrane tubulation / postsynaptic actin cytoskeleton organization / vesicle scission / regulation of clathrin-dependent endocytosis / basal dendrite ...Negative regulation of MET activity / membrane bending / EGFR downregulation / positive regulation of membrane tubulation / lipid tube assembly / membrane tubulation / postsynaptic actin cytoskeleton organization / vesicle scission / regulation of clathrin-dependent endocytosis / basal dendrite / Retrograde neurotrophin signalling / negative regulation of blood-brain barrier permeability / Lysosome Vesicle Biogenesis / dendrite extension / regulation of receptor internalization / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / MHC class II antigen presentation / photoreceptor ribbon synapse / Recycling pathway of L1 / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / synaptic vesicle endocytosis / presynaptic cytosol / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / Schaffer collateral - CA1 synapse / synaptic vesicle membrane / neuron projection development / presynapse / transmembrane transporter binding / early endosome / postsynapse / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / synapse / lipid binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Endophilin-A, SH3 domain / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / : / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains ...Endophilin-A, SH3 domain / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / : / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Trempe, J.F. / Kozlov, G. / Camacho, E.M. / Gehring, K.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: SH3 domains from a subset of BAR proteins define a Ubl-binding domain and implicate parkin in synaptic ubiquitination.
著者: Trempe, J.F. / Chen, C.X. / Grenier, K. / Camacho, E.M. / Kozlov, G. / McPherson, P.S. / Gehring, K. / Fon, E.A.
履歴
登録2009年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endophilin-A1
B: Endophilin-A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0344
ポリマ－15,9642
非ポリマー712
水3,459192
1
A: Endophilin-A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0172
ポリマ－7,9821
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Endophilin-A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0172
ポリマ－7,9821
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.338, 34.156, 62.729
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.79, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-9-

HOH

21A-195-

HOH

31B-120-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Endophilin-A1 / Endophilin-1 / SH3 domain-containing GRB2-like protein 2 / SH3 domain protein 2A / SH3p4


分子量: 7981.790 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Sh3d2a, Sh3gl2, Sh3p4 / プラスミド: pGEX-2TK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 BL21 DE3 / 参照: UniProt: O35179
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.16 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 20% methyl-2,4-pentanediol, 0.1M sodium acetate, 0.05M calcium chloride, 10mM 2-mercaptoethanol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9772 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9772 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→30 Å / Num. all: 24510 / Num. obs: 23667 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 8.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Mean I/σ(I) obs: 11.1 / Num. unique all: 4701 / % possible all: 85.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1GCQ, chain A, Non-conserved residue pruned to CB atom using CHAINSAW

1gcq


解像度: 1.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.467 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15358 1234 5 %RANDOM
Rwork0.12702 ---
obs0.12837 23667 96.56 %-
all-24901 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.739 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å20 Å20.14 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3----0.65 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.151 Å / Luzzati d res low obs: 1.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1174 0 2 192 1368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4021.9611702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3115170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.76926.52872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.00415196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.324152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021025
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3220.2849
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4051.5751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.00421206
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6973534
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9084.5478
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.43331285
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.1163194
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.73431174
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.173 64 -
Rwork0.09 1284 -
obs--72.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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