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- PDB-2knb: Solution NMR structure of the parkin Ubl domain in complex with t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2knb
タイトルSolution NMR structure of the parkin Ubl domain in complex with the endophilin-A1 SH3 domain
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase parkin
  • Endophilin-A1
キーワードPROTEIN BINDING / Ubl / SH3 / parkin / endophilin / Cell junction / Cell membrane / Cell projection / Endoplasmic reticulum / Ligase / Membrane / Metal-binding / Nucleus / Postsynaptic cell membrane / S-nitrosylation / Synapse / Ubl conjugation pathway / Zinc-finger / Endocytosis / Lipid-binding / Phosphoprotein / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Josephin domain DUBs / Negative regulation of MET activity / membrane bending / Regulation of necroptotic cell death / Aggrephagy / positive regulation of membrane tubulation / EGFR downregulation / lipid tube assembly / positive regulation of neurotransmitter uptake / regulation protein catabolic process at presynapse ...Josephin domain DUBs / Negative regulation of MET activity / membrane bending / Regulation of necroptotic cell death / Aggrephagy / positive regulation of membrane tubulation / EGFR downregulation / lipid tube assembly / positive regulation of neurotransmitter uptake / regulation protein catabolic process at presynapse / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / cellular response to L-glutamine / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of intralumenal vesicle formation / membrane tubulation / vesicle scission / negative regulation of glucokinase activity / mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport / negative regulation of exosomal secretion / basal dendrite / regulation of clathrin-dependent endocytosis / response to curcumin / positive regulation of mitochondrial fusion / parkin-mediated stimulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / Retrograde neurotrophin signalling / cellular response to hydrogen sulfide / Lysosome Vesicle Biogenesis / regulation of receptor internalization / Parkin-FBXW7-Cul1 ubiquitin ligase complex / negative regulation of blood-brain barrier permeability / negative regulation of mitochondrial fusion / free ubiquitin chain polymerization / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of actin filament bundle assembly / dendrite extension / positive regulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / MHC class II antigen presentation / RBR-type E3 ubiquitin transferase / positive regulation of protein linear polyubiquitination / F-box domain binding / negative regulation by host of viral genome replication / mitochondrion localization / positive regulation of mitophagy / cellular response to toxic substance / synaptic vesicle uncoating / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / postsynaptic actin cytoskeleton organization / Recycling pathway of L1 / regulation of cellular response to oxidative stress / regulation of dopamine metabolic process / dopaminergic synapse / negative regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of neurotransmitter secretion / cellular response to L-glutamate / autophagy of mitochondrion / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / photoreceptor ribbon synapse / positive regulation of dendrite extension / protein K6-linked ubiquitination / norepinephrine metabolic process / positive regulation of proteasomal protein catabolic process / protein localization to mitochondrion / negative regulation of JNK cascade / positive regulation of protein localization to membrane / negative regulation of synaptic transmission, glutamatergic / protein K11-linked ubiquitination / protein metabolic process / negative regulation of oxidative stress-induced neuron intrinsic apoptotic signaling pathway / synaptic transmission, dopaminergic / positive regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / presynaptic cytosol / mitochondrial fission / aggresome assembly / ubiquitin conjugating enzyme binding / regulation of mitochondrion organization / aggresome / response to muscle activity / positive regulation of mitochondrial membrane potential / regulation of reactive oxygen species metabolic process / regulation of synaptic vesicle endocytosis / dopamine uptake involved in synaptic transmission / positive regulation of mitochondrial fission / response to corticosterone / dopamine metabolic process / intracellular vesicle / positive regulation of ATP biosynthetic process / ubiquitin-specific protease binding / startle response / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / protein monoubiquitination / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cullin family protein binding / phospholipase binding / protein K63-linked ubiquitination / mitophagy
類似検索 - 分子機能
Endophilin-A, SH3 domain / : / : / : / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / E3 ubiquitin ligase RBR family ...Endophilin-A, SH3 domain / : / : / : / E3 ubiquitin-protein ligase parkin / RING/Ubox-like zinc-binding domain / Parkin, RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / RING/Ubox like zinc-binding domain / E3 ubiquitin ligase RBR family / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / BAR domain / IBR domain / In Between Ring fingers / TRIAD supradomain / TRIAD supradomain profile. / AH/BAR domain superfamily / SH3 Domains / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / Ubiquitin-like (UB roll) / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endophilin-A1 / E3 ubiquitin-protein ligase parkin
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Trempe, J. / Guennadi, K. / Edna, C.M. / Kalle, G.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: SH3 domains from a subset of BAR proteins define a Ubl-binding domain and implicate parkin in synaptic ubiquitination.
著者: Trempe, J.F. / Chen, C.X. / Grenier, K. / Camacho, E.M. / Kozlov, G. / McPherson, P.S. / Gehring, K. / Fon, E.A.
履歴
登録2009年8月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase parkin
B: Endophilin-A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1312
ポリマ－17,1312
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase parkin


分子量: 9149.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Park2, Prkn / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / Variant (発現宿主): BL21 DE3
参照: UniProt: Q9JK66, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質 Endophilin-A1 / Endophilin-1 / SH3 domain-containing GRB2-like protein 2 / SH3 domain protein 2A / SH3p4


分子量: 7981.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Sh3gl2, Sh3d2a, Sh3p4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / Variant (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O35179

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1133D CBCA(CO)NH
1233D HN(CA)CB
1343D CBCA(CO)NH
1443D HN(CA)CB
1532D 1H-15N HSQC
1642D 1H-15N HSQC
1713D (H)CCH-COSY
1823D (H)CCH-COSY
1913D 1H-13C NOESY
11023D 1H-13C NOESY
11112D 1H-13C HSQC
11222D 1H-13C HSQC
11352D 1H-15N IPAP-HSQC
11462D 1H-15N IPAP-HSQC
11552D 1H-15N IPAP-HSQC
11662D 1H-15N IPAP-HSQC
11713D 1H-13C NOESY coupled
11823D 1H-13C NOESY coupled

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Ubl, 1.2 mM SH3, 100% D2O100% D2O
21.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SH3, 1.2 mM Ubl, 100% D2O100% D2O
30.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Ubl, 1.6 mM SH3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
40.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SH3, 1.6 mM Ubl, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
50.8 mM [U-99% 15N] Ubl, 1.6 mM SH3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
60.8 mM [U-99% 15N] SH3, 1.6 mM Ubl, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMUbl[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.2 mMSH31
1.2 mMSH3[U-99% 13C; U-99% 15N]2
1.2 mMUbl2
0.8 mMUbl[U-99% 13C; U-99% 15N]3
1.6 mMSH33
0.8 mMSH3[U-99% 13C; U-99% 15N]4
1.6 mMUbl4
0.8 mMUbl[U-99% 15N]5
1.6 mMSH35
0.8 mMSH3[U-99% 15N]6
1.6 mMUbl6
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.5Delaglio, F. et al.解析
Sparky3.115Goddard, T. et al.chemical shift assignment
Sparky3.115Goddard, T. et al.peak picking
CNS1.2Brunger, A. et al.構造決定
CNS1.2Brunger, A. et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: HADDOCK used to dock Ubl and SH3 crystal structures using intermolecular NOEs and RDCs
NMR constraintsNOE constraints total: 64 / NOE intraresidue total count: 6 / NOE long range total count: 36 / NOE medium range total count: 2 / NOE sequential total count: 20 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 1 / Protein phi angle constraints total count: 71 / Protein psi angle constraints total count: 71
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.5 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.02 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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