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- PDB-3tny: Structure of YfiY from Bacillus cereus bound to the siderophore i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tny
タイトルStructure of YfiY from Bacillus cereus bound to the siderophore iron (III) schizokinen
要素YfiY (ABC transport system substrate-binding protein)
キーワードMETAL TRANSPORT / schizokinen / bacillus cereus / nutrient binding protein / ABC transporter
機能・相同性Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Chem-SKZ / :
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Clifton, M.C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Parsing the functional specificity of Siderocalin / Lipocalin 2 / NGAL for siderophores and related small-molecule ligands
著者: Clifton, M.C. / Rupert, P.B. / Hoette, T.M. / Raymond, K.N. / Abergel, R.J. / Strong, R.K.
履歴
登録2011年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年9月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YfiY (ABC transport system substrate-binding protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9302
ポリマ－34,4601
非ポリマー4701
水6,738374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.796, 47.328, 64.981
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 YfiY (ABC transport system substrate-binding protein)


分子量: 34460.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: yfiY / プラスミド: pET101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C2Y5Z3
#2: 化合物 ChemComp-SKZ / [2-(hydroxy-kappaO)-4-[(3-{(hydroxy-kappaO)[1-(hydroxy-kappaO)ethenyl]amino}propyl)amino]-2-{2-[(3-{(hydroxy-kappaO)[1- (hydroxy-kappaO)ethenyl]amino}propyl)amino]-2-oxoethyl}-4-oxobutanoato(6-)-kappaO]iron / Schizokinen


分子量: 470.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H22FeN4O9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化温度: 312 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein 10-20 mg/ml, 0.1M HEPES 7.0, 30% Jeffamine ED-2001. Direct cryoprotection. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 312K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月1日
放射モノクロメーター: Liquid Nitrogen cooled Dual Crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 46458 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Χ2: 0.949 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / Χ2: 1.001

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / WRfactor Rfree: 0.2085 / WRfactor Rwork: 0.1868 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8909 / SU B: 1.21 / SU ML: 0.044 / SU R Cruickshank DPI: 0.0758 / SU Rfree: 0.0727 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1891 2344 5 %RANDOM
Rwork0.1723 ---
obs0.1731 44098 98.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 56.47 Å2 / Biso mean: 21.1498 Å2 / Biso min: 12.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0.13 Å2
2--0.51 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2170 0 30 374 2574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222270
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021547
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1091.9723077
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82333802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4885291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.51225.05297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.8415405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3611510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022533
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02439
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4371.51404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0761.5578
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8622271
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4653866
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.484.5800
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 160 -
Rwork0.221 3130 -
all-3290 -
obs--94.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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