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- PDB-3tzs: Crystal structure of Neutrophil gelatinase-associated lipocalin N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tzs
タイトルCrystal structure of Neutrophil gelatinase-associated lipocalin NGAL (C87S mutant) in complex with fragment 1026, phenylurea
要素Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
キーワードAPOPTOSIS / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / iron trafficking / lipocalin / siderocalin / fragment based drug design / FBDD / Fragments of Life / EBSI-01644
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / enterobactin binding / iron ion sequestering activity / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding ...siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / enterobactin binding / iron ion sequestering activity / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding / innate immune response / apoptotic process / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-phenylurea / Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Parsing the functional specificity of Siderocalin / Lipocalin 2 / NGAL for siderophores and related small-molecule ligands
著者: Clifton, M.C. / Rupert, P.B. / Hoette, T.M. / Raymond, K.N. / Abergel, R.J. / Strong, R.K.
履歴
登録2011年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,80621
ポリマ－63,1263
非ポリマー1,68018
水2,846158
1
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6047
ポリマ－21,0421
非ポリマー5626
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4065
ポリマ－21,0421
非ポリマー3644
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7969
ポリマ－21,0421
非ポリマー7548
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.350, 115.350, 119.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / p25


分子量: 21041.971 Da / 分子数: 3 / 変異: C87S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HNL, LCN2, NGAL, Oncogene 24p3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80188

-
非ポリマー , 5種, 176分子

#2: 化合物
ChemComp-PHU / 1-phenylurea / Phenylurea / フェニル尿素


分子量: 136.151 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2O
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: HosaA.18070.a protein at 10 mg/mL against 1.3M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 50mM sodium chloride, 0.1M sodium acetate with 15% glycerol as cryo-protectant, crystal tracking ID ...詳細: HosaA.18070.a protein at 10 mg/mL against 1.3M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 50mM sodium chloride, 0.1M sodium acetate with 15% glycerol as cryo-protectant, crystal tracking ID 224571a10, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03322 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03322 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. all: 30343 / Num. obs: 30248 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 37.733 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 11.49
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
2.45-2.516.40.5433.64141262193218999.8
2.51-2.580.4644.24137772141100
2.58-2.660.4044.7813414208799.7
2.66-2.740.345.6113035204599.9
2.74-2.830.2776.6912462194899.8
2.83-2.930.2347.5912346193299.9
2.93-3.040.1849.4311580182599.8
3.04-3.160.15510.6211340179299.9
3.16-3.30.13112.1510589169799.7
3.3-3.460.11213.8410214165199.8
3.46-3.650.09915.969551155299.7
3.65-3.870.09316.469066148699.7
3.87-4.140.08518.088451140099.8
4.14-4.470.0819.27818129999.7
4.47-4.90.07620.267277121799.8
4.9-5.480.07819.616578111399.9
5.48-6.330.08118.7577598499.4
6.33-7.750.07819.02484683499.4
7.75-10.960.07120.64377666998.7
10.960.0719.95201738793.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3TF6

3tf6


解像度: 2.45→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.2252 / WRfactor Rwork: 0.1859 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8533 / SU B: 12.681 / SU ML: 0.146 / SU R Cruickshank DPI: 0.2902 / SU Rfree: 0.2184 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2247 1532 5.1 %RANDOM
Rwork0.1872 ---
obs0.1891 30248 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.53 Å2 / Biso mean: 31.3309 Å2 / Biso min: 13.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.12 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4067 0 101 158 4326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.024302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.9755859
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4015527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03124.162185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.05715662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1631517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213298
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 109 -
Rwork0.241 1882 -
all-1991 -
obs--99.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1324-0.5351-0.2413.691.00881.35060.1195-0.04210.0197-0.2066-0.0429-0.2455-0.1458-0.0479-0.07660.03490.02470.01790.03910.01040.017829.512877.605655.5509
21.9363-0.75580.76911.4960.34640.66270.0112-0.1654-0.0420.26220.001-0.03950.1301-0.1079-0.01220.09320.0025-0.0350.03060.00750.084133.0767.887665.5201
30.7951-0.37810.01162.08160.20840.75990.13090.1080.009-0.0344-0.084-0.1033-0.1131-0.0789-0.0470.06420.03890.0170.0352-0.00070.039729.549776.35257.2111
40.9810.23090.14252.47841.51913.87760.146-0.00950.00830.1251-0.22340.30250.1849-0.27320.07740.0328-0.02350.0170.0515-0.04150.060253.773395.407736.0987
53.7324-3.7001-0.15613.89190.71191.4170.17690.27750.2235-0.2926-0.2683-0.1967-0.3647-0.06910.09140.23650.0845-0.05180.1069-0.01190.117751.8764105.868625.947
61.09230.09210.4331.31030.13682.60450.1511-0.07610.03630.086-0.15670.0360.1487-0.14730.00570.0298-0.02280.00150.0419-0.02530.042154.227697.065135.5333
72.8396-1.2689-0.55281.92660.27441.5024-0.02150.15830.1923-0.1361-0.0655-0.12920.0303-0.03320.08710.03190.0140.01650.0250.02120.03349.620749.676242.9026
80.47850.04540.61251.30140.73621.50340.0492-0.0428-0.1363-0.0022-0.095-0.00590.0389-0.35820.04580.0413-0.0197-0.02170.1911-0.11160.166838.752240.716640.061
91.0249-0.11120.08530.5358-0.42760.98210.01790.05740.0504-0.0249-0.0616-0.06440.05830.05890.04370.0350.0107-0.00180.04330.02780.047848.561947.691643.2504
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2A48 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3A80 - 177
4X-RAY DIFFRACTION4B5 - 48
5X-RAY DIFFRACTION5B49 - 81
6X-RAY DIFFRACTION6B82 - 177
7X-RAY DIFFRACTION7C5 - 48
8X-RAY DIFFRACTION8C49 - 79
9X-RAY DIFFRACTION9C80 - 177

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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