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- PDB-3t1d: The mutant structure of human Siderocalin W79A, R81A, Y106F bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t1d
タイトルThe mutant structure of human Siderocalin W79A, R81A, Y106F bound to Enterobactin
要素Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / beta-barrel / siderocalin / W79A / R81A / Y106F
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / enterobactin binding / iron ion sequestering activity / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding ...siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / enterobactin binding / iron ion sequestering activity / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding / innate immune response / apoptotic process / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3-DIHYDROXY-BENZOIC ACID / Chem-DBS / Chem-TD1 / Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / Direct phasing from previous structure / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: J Struct Biol X / 年: 2019
タイトル: Parsing the functional specificity of Siderocalin/Lipocalin 2/NGAL for siderophores and related small-molecule ligands.
著者: Clifton, M.C. / Rupert, P.B. / Hoette, T.M. / Raymond, K.N. / Abergel, R.J. / Strong, R.K.
履歴
登録2011年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title
改定 1.52023年7月26日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年9月13日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.72024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,85818
ポリマ－67,1423
非ポリマー1,71615
水4,666259
1
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,18410
ポリマ－22,3811
非ポリマー8039
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9605
ポリマ－22,3811
非ポリマー5804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7143
ポリマ－22,3811
非ポリマー3332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.749, 114.749, 119.065
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / p25


分子量: 22380.715 Da / 分子数: 3 / 変異: W79A, R81A, Y106 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2, HNL, NGAL / プラスミド: pGEX-4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P80188

-
非ポリマー , 7種, 274分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-TD1 / O-[(2S)-2-amino-3-hydroxypropanoyl]-N-(2,3-dihydroxybenzoyl)-L-serine


分子量: 328.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H16N2O8
#5: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: 化合物 ChemComp-DBS / 2-(2,3-DIHYDROXY-BENZOYLAMINO)-3-HYDROXY-PROPIONIC ACID / 2,3,-DIHYDROXYBENZOYLSERINE / N-(2,3-ジヒドロキシベンゾイル)-L-セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 241.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H11NO6
#7: 化合物 ChemComp-DBH / 2,3-DIHYDROXY-BENZOIC ACID / 2,3-ジヒドロキシ安息香酸


分子量: 154.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHORS STATE C87S IS A MUTATION IN ALL SIDEROCALIN STRUCTURES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 1.3M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 50mM sodium chloride, 0.1M sodium acetate. Protein 10 mg/ml, Cryoprotection 15% glycerol. Target DB: HosaA.18070.a, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 1.3M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 50mM sodium chloride, 0.1M sodium acetate. Protein 10 mg/ml, Cryoprotection 15% glycerol. Target DB: HosaA.18070.a, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月3日
放射モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 34877 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.344.80.52417500.977199.1
2.34-2.385.10.45917330.977199
2.38-2.435.50.42217420.947198.6
2.43-2.485.80.38517301.001198.5
2.48-2.535.80.34217491.011198.4
2.53-2.595.90.31217401.014198.4
2.59-2.665.80.27617361198.1
2.66-2.735.90.23317411.008197.6
2.73-2.815.90.18717371.002197.7
2.81-2.95.90.16617411.035198.1
2.9-35.90.12217441.057197.5
3-3.125.90.09417391.036197
3.12-3.265.90.07817321.067197.1
3.26-3.445.90.06217431.045197
3.44-3.655.90.04717291.001196.4
3.65-3.935.90.04117451.048195.6
3.93-4.335.90.03217230.912195.5
4.33-4.955.90.02617451.059194.5
4.95-6.245.90.0317550.984193.9
6.24-505.60.02518230.866191.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: Direct phasing from previous structure
開始モデル: 1L6M

1l6m


解像度: 2.3→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.2278 / WRfactor Rwork: 0.1885 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8598 / SU B: 9.893 / SU ML: 0.126 / SU R Cruickshank DPI: 0.2663 / SU Rfree: 0.2087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2279 3323 9.6 %RANDOM
Rwork0.1885 ---
obs0.1923 34690 96.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 146.92 Å2 / Biso mean: 32.1301 Å2 / Biso min: 10.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20 Å2
2--0.18 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4130 0 114 259 4503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.024391
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.9825966
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8743.0027267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5285535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.28724.874199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.30415709
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.161515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2655
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214846
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02884
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 232 -
Rwork0.249 2134 -
all-2366 -
obs--98.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0941-1.2328-0.08981.57320.27892.3377-0.0498-0.02630.0071-0.0556-0.021-0.05590.13250.07810.07080.06940.00180.02960.01160.02130.069249.172249.903644.8719
20.52050.21240.55632.7150.76733.5841-0.06060.1328-0.2754-0.18350.0082-0.0980.2560.13530.05240.086-0.0390.0530.0936-0.04770.201241.570140.630337.2333
31.5818-0.11040.06451.0502-0.68781.69380.01380.0174-0.0606-0.0918-0.02650.00770.13110.02180.01270.0399-0.01280.00090.0262-0.010.034647.47747.459945.563
44.98381.95192.88742.48120.96073.1147-0.13330.3950.2948-0.2287-0.12090.02420.03130.15920.25410.08810.01560.03820.08210.0350.04352.02549.434233.8845
55.3075-0.6689-0.52712.3144-0.07191.6358-0.1292-0.0874-0.0620.11020.14660.00070.07970.0548-0.01740.07950.0475-0.00770.0477-0.02380.025376.204428.137265.2454
61.5238-1.3667-0.07592.0265-1.05183.04510.04270.2530.0947-0.06790.0087-0.06730.01080.0234-0.05140.05540.0081-0.00370.20460.00340.10969.607434.6254.2463
72.466-0.5517-0.20372.0218-0.00370.905-0.06480.0479-0.06320.0360.0902-0.0310.06960.0479-0.02540.05610.04580.0010.04940.00530.023774.92626.852462.3688
85.1128-2.78272.07222.8615-0.75122.4877-0.2391-0.20040.56270.21380.1996-0.2784-0.1388-0.03250.03950.03910.0167-0.00150.0569-0.03940.106279.653438.385263.6813
95.3981.6559-6.24792.9799-0.689311.9490.198-0.61770.45850.21670.00390.2165-0.44050.664-0.20190.13940.05830.00470.1586-0.04390.065480.13152.714573.5286
103.27451.18370.67782.39171.19951.4789-0.20410.2855-0.1566-0.38460.09480.05190.0871-0.28980.10930.2629-0.06840.0070.1895-0.05450.023371.5915-5.539357.5365
114.9093-1.9305-2.37024.46011.55033.9155-0.0159-0.13070.1415-0.07310.01970.144-0.03420.0093-0.00370.0993-0.0029-0.01590.02680.00070.018273.73934.277363.9017
123.02560.68880.33092.16880.89223.6447-0.0562-0.1348-0.62540.05320.1138-0.17390.55030.2711-0.05760.17980.09620.01930.0620.030.130278.2834-11.174567.0153
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 42
2X-RAY DIFFRACTION2A43 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3A80 - 153
4X-RAY DIFFRACTION4A154 - 177
5X-RAY DIFFRACTION5B5 - 43
6X-RAY DIFFRACTION6B44 - 79
7X-RAY DIFFRACTION7B80 - 153
8X-RAY DIFFRACTION8B154 - 178
9X-RAY DIFFRACTION9C5 - 20
10X-RAY DIFFRACTION10C21 - 81
11X-RAY DIFFRACTION11C82 - 131
12X-RAY DIFFRACTION12C132 - 177

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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