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- PDB-5kic: Long-sought stabilization of berkelium(IV) in solution: An anomal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5kic
タイトルLong-sought stabilization of berkelium(IV) in solution: An anomaly within the heavy actinide series
要素Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Siderophore-Binding / NGAL
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of cell projection organization / Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / response to kainic acid / response to mycotoxin / cellular response to increased oxygen levels ...positive regulation of iron ion import across plasma membrane / positive regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of endothelial tube morphogenesis / negative regulation of hippocampal neuron apoptotic process / positive regulation of cell projection organization / Metal sequestration by antimicrobial proteins / siderophore transport / response to kainic acid / response to mycotoxin / cellular response to increased oxygen levels / response to blue light / response to fructose / cellular response to X-ray / short-term memory / cellular response to interleukin-6 / enterobactin binding / iron ion sequestering activity / response to herbicide / response to iron(II) ion / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to interleukin-1 / long-term memory / cellular response to nutrient levels / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / positive regulation of endothelial cell migration / acute-phase response / Iron uptake and transport / cellular response to nerve growth factor stimulus / response to virus / specific granule lumen / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to amyloid-beta / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cellular response to hypoxia / defense response to bacterium / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / innate immune response / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Neutrophil gelatinase-associated lipocalin/epididymal-specific lipocalin-12 / Lipocalin / Lipocalin family conserved site / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Lipocalin signature. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4OL / CALIFORNIUM ION / Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Rupert, P.B. / Strong, R.K.
引用ジャーナル: Nat Chem / 年: 2017
タイトル: Chelation and stabilization of berkelium in oxidation state +IV.
著者: Deblonde, G.J. / Sturzbecher-Hoehne, M. / Rupert, P.B. / An, D.D. / Illy, M.C. / Ralston, C.Y. / Brabec, J. / de Jong, W.A. / Strong, R.K. / Abergel, R.J.
履歴
登録2016年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,50115
ポリマ－62,1023
非ポリマー3,40012
水72140
1
A: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7384
ポリマ－20,7011
非ポリマー1,0373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7384
ポリマ－20,7011
非ポリマー1,0373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Neutrophil gelatinase-associated lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0267
ポリマ－20,7011
非ポリマー1,3256
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.574, 119.574, 108.839
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 177 / Label seq-ID: 5 - 179

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1BB
2CC

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Neutrophil gelatinase-associated lipocalin / NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / ...NGAL / 25 kDa alpha-2-microglobulin-related subunit of MMP-9 / Lipocalin-2 / Oncogene 24p3 / Siderocalin LCN2 / p25


分子量: 20700.564 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN2, HNL, NGAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P80188

-
非ポリマー , 5種, 52分子

#2: 化合物 ChemComp-CF / CALIFORNIUM ION


分子量: 251.000 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cf
#3: 化合物 ChemComp-4OL / N,N'-butane-1,4-diylbis[1-hydroxy-N-(3-{[(1-hydroxy-6-oxo-1,6-dihydropyridin-2-yl)carbonyl]amino}propyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridine-2-carboxamide] / HOPO


分子量: 750.712 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H38N8O12
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: NaCl, Li2SO4,Acetate, Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 24695 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 42.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.723 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1L6M

1l6m


解像度: 2.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 23.496 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.651 / ESU R Free: 0.306 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24199 1076 4.9 %RANDOM
Rwork0.20547 ---
obs0.20727 20852 98.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 60.415 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.34 Å20 Å20 Å2
2---1.34 Å20 Å2
3---2.68 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4159 0 183 40 4382
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.024456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.024099
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6832.0026064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.38139421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4225520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.98924.293191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.48715696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0521517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2642
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0215031
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021060
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6553.2782089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6553.2782088
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7644.9142606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7644.9142607
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6674.0782367
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6394.0512356
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2365.9373441
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.24630.3384675
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.24630.3464675
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 19480 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1B
2C
LS精密化 シェル解像度: 2.704→2.774 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 78 -
Rwork0.31 1469 -
obs--96.57 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.58-1.78380.81226.97960.44533.28730.2313-0.10560.08210.21580.0752-0.3181-0.29970.0752-0.30640.1551-0.02790.0470.10910.01230.079331.58975.96751.296
24.5002-0.41131.40153.17760.93124.40910.07210.13710.33160.2012-0.30140.3775-0.0251-0.26860.22930.1638-0.05990.05180.2988-0.02760.080158.044100.03235.519
35.6898-1.51391.11133.25480.37753.33720.19220.5434-0.028-0.3232-0.2113-0.1881-0.02810.27210.01910.1151-0.0507-0.00810.13330.02980.023347.62846.51536.843
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 177
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 177
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 177

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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