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- PDB-3tmg: Crystal structure of Glycine betaine, L-proline ABC transporter, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tmg
タイトルCrystal structure of Glycine betaine, L-proline ABC transporter, glycine/betaine/L-proline-binding protein (ProX) from Borrelia burgdorferi
要素Glycine betaine, L-proline ABC transporter, glycine/betaine/L-proline-binding protein (ProX)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


amine transmembrane transporter activity / carnitine transmembrane transporter activity / glycine betaine transport / choline transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex
類似検索 - 分子機能
Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 / ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIMETHYL GLYCINE / Unknown ligand / Glycine betaine, L-proline ABC transporter, glycine/betaine/L-proline-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Glycine betaine, L-proline ABC transporter, glycine/betaine/L-proline-binding protein (ProX) from Borrelia burgdorferi
著者: SSGCID / Gardberg, A. / Fox, D. / Staker, B. / Stewart, L.
履歴
登録2011年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycine betaine, L-proline ABC transporter, glycine/betaine/L-proline-binding protein (ProX)
B: Glycine betaine, L-proline ABC transporter, glycine/betaine/L-proline-binding protein (ProX)
C: Glycine betaine, L-proline ABC transporter, glycine/betaine/L-proline-binding protein (ProX)
D: Glycine betaine, L-proline ABC transporter, glycine/betaine/L-proline-binding protein (ProX)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,74111
ポリマ－127,1444
非ポリマー5977
水14,772820
1
A: Glycine betaine, L-proline ABC transporter, glycine/betaine/L-proline-binding protein (ProX)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9663
ポリマ－31,7861
非ポリマー1802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycine betaine, L-proline ABC transporter, glycine/betaine/L-proline-binding protein (ProX)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9042
ポリマ－31,7861
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Glycine betaine, L-proline ABC transporter, glycine/betaine/L-proline-binding protein (ProX)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9663
ポリマ－31,7861
非ポリマー1802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Glycine betaine, L-proline ABC transporter, glycine/betaine/L-proline-binding protein (ProX)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9043
ポリマ－31,7861
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.400, 56.750, 107.060
Angle α, β, γ (deg.)92.300, 102.400, 105.250
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Glycine betaine, L-proline ABC transporter, glycine/betaine/L-proline-binding protein (ProX)


分子量: 31786.119 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア)
遺伝子: BB_0144 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O51169
#2: 化合物
ChemComp-BET / TRIMETHYL GLYCINE / ベタイン


分子量: 118.154 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12NO2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 820 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.27 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: EBS internal tracking number 220361B9.PACT B9: 0.2 M LiCl, 0.1 M MES pH 6, 20% PEG 6000. BobuA.17327.a.A2 PW31644 at 26 mg/mL, vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月7日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.16 Å / Num. all: 91173 / Num. obs: 88358 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 26.791 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 17.74
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.9-1.953.90.4473.625415651295.7
1.95-20.3415.124349624996
2-2.060.294623858614596.1
2.06-2.120.267.323302598396.2
2.12-2.190.214922758584496.4
2.19-2.270.20410.521925561496.7
2.27-2.360.17212.121059540296.7
2.36-2.450.1461420358522997
2.45-2.560.12515.819522503197.1
2.56-2.690.10818.218782482997.1
2.69-2.830.12320.918057457697.6
2.83-30.11323.917345438097.4
3-3.210.0927.816029405597.6
3.21-3.470.06732.615103383297.9
3.47-3.80.05236.213738350597.8
3.8-4.250.03639.512221316197.8
4.25-4.910.03240.910769280698.2
4.91-6.010.03539.59071238298.6
6.01-8.50.03439.56872184098.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Translation2.5 Å49.16 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MD2データ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→49.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.83 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 4426 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.177 88358 96.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.682 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20.37 Å2-0.85 Å2
2---0.32 Å2-0.92 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8366 0 41 820 9227
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.028702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5691.95611870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.40351089
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.02825380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.58151392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.511515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.21301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216639
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 302 -
Rwork0.241 6182 -
all-6484 -
obs--95.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5587-0.03020.55361.05580.05681.6511-0.15730.0144-0.0038-0.09940.0252-0.1006-0.0591-0.06270.13210.05910.00820.02390.0174-0.01240.03621.18112.142-39.116
20.78910.3091-0.00980.51360.08781.27290.0323-0.05490.0166-0.0364-0.03960.0084-0.03430.0550.00720.03070.0358-0.01270.0688-0.03240.05881.93220.995-12.115
31.18190.0777-0.09780.62690.40841.24270.08710.04340.03390.0192-0.1410.0443-0.004-0.09090.05390.04070.01820.00410.0618-0.01930.01248.60746.56638.394
41.1039-0.3984-0.3710.86480.6061.3319-0.00550.01770.07020.02820.0987-0.08520.1832-0.0146-0.09320.0808-0.0210.00820.0251-0.01010.02071.61533.4314.007
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A25 - 290
2X-RAY DIFFRACTION2B26 - 290
3X-RAY DIFFRACTION3C26 - 290
4X-RAY DIFFRACTION4D26 - 290

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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