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- PDB-3tih: Crystal structure of unliganded HIV-1 clade C strain ZM109F.PB4 g... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tih
タイトルCrystal structure of unliganded HIV-1 clade C strain ZM109F.PB4 gp120 core
要素HIV-1 clade C ZM109F.PB4 gp120
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 gp120 / unliganded / clade C ZM109F.PB4
機能・相同性HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Beta Complex / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Kwon, Y.D. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Unliganded HIV-1 gp120 core structures assume the CD4-bound conformation with regulation by quaternary interactions and variable loops.
著者: Kwon, Y.D. / Finzi, A. / Wu, X. / Dogo-Isonagie, C. / Lee, L.K. / Moore, L.R. / Schmidt, S.D. / Stuckey, J. / Yang, Y. / Zhou, T. / Zhu, J. / Vicic, D.A. / Debnath, A.K. / Shapiro, L. / ...著者: Kwon, Y.D. / Finzi, A. / Wu, X. / Dogo-Isonagie, C. / Lee, L.K. / Moore, L.R. / Schmidt, S.D. / Stuckey, J. / Yang, Y. / Zhou, T. / Zhu, J. / Vicic, D.A. / Debnath, A.K. / Shapiro, L. / Bewley, C.A. / Mascola, J.R. / Sodroski, J.G. / Kwong, P.D.
履歴
登録2011年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 clade C ZM109F.PB4 gp120
B: HIV-1 clade C ZM109F.PB4 gp120
C: HIV-1 clade C ZM109F.PB4 gp120
D: HIV-1 clade C ZM109F.PB4 gp120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,1904
ポリマ－154,1904
非ポリマー00
水00
1
A: HIV-1 clade C ZM109F.PB4 gp120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5481
ポリマ－38,5481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HIV-1 clade C ZM109F.PB4 gp120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5481
ポリマ－38,5481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: HIV-1 clade C ZM109F.PB4 gp120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5481
ポリマ－38,5481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: HIV-1 clade C ZM109F.PB4 gp120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5481
ポリマ－38,5481
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.574, 197.208, 83.321
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.25, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
HIV-1 clade C ZM109F.PB4 gp120


分子量: 38547.570 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: HIV-1 env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10% PEG 3350, 10% iso-propanol, 0.2 M Ammonium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→50 Å / Num. all: 15241 / Num. obs: 12925 / % possible obs: 84.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
4-4.142.50.3452.10.292157.8
4.14-4.312.70.273.10.204166.1
4.31-4.52.90.253.40.206176.3
4.5-4.743.10.23740.185182.7
4.74-5.043.20.224.50.193187.3
5.04-5.433.30.2114.90.189190.2
5.43-5.973.30.2234.90.178191.2
5.97-6.843.50.2115.50.181196.2
6.84-8.63.80.12511.40.111100
8.6-503.70.061260.064199.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4→46.695 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 1.23 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3122 625 4.87 %
Rwork0.2829 --
obs0.2844 12826 84.63 %
all-15152 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 158.036 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-33.6059 Å2-0 Å2-11.8867 Å2
2---42.7126 Å2-0 Å2
3----16.6852 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→46.695 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10252 0 0 0 10252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310770
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60114548
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9333976
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471624
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031876
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
4.0001-4.40240.36651070.32252314X-RAY DIFFRACTION64
4.4024-5.03870.31661470.26413026X-RAY DIFFRACTION84
5.0387-6.34580.33011740.29663259X-RAY DIFFRACTION91
6.3458-46.69830.28641970.27173602X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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