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- PDB-3thv: Crystal Structure of Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment Bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3thv
タイトルCrystal Structure of Bacillus DNA Polymerase I Large Fragment Bound to DNA and ddATP-dT in Closed Conformation
要素
  • 5'-D(*C*AP*TP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DA))-3'
  • DNA polymerase I
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA polymerase I / protein-DNA complex / TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich ...Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Taq DNA Polymerase; Chain T, domain 4 / Alpha-Beta Plaits - #370 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / DNA polymerase; domain 1 / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2',3'-dideoxyadenosine triphosphate / DNA / DNA (> 10) / :
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.611 Å
データ登録者Wang, W. / Beese, L.S.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural evidence for the rare tautomer hypothesis of spontaneous mutagenesis.
著者: Wang, W. / Hellinga, H.W. / Beese, L.S.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004
タイトル: Structures of mismatch replication errors observed in a DNA polymerase.
著者: Johnson, S.J. / Beese, L.S.
履歴
登録2011年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references
改定 1.22014年4月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase I
D: DNA polymerase I
B: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DA))-3'
C: 5'-D(*C*AP*TP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DA))-3'
F: 5'-D(*C*AP*TP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,60113
ポリマ－148,3136
非ポリマー1,2877
水30,5531696
1
A: DNA polymerase I
B: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DA))-3'
C: 5'-D(*C*AP*TP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7526
ポリマ－74,1573
非ポリマー5963
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6360 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area27440 Å2
手法PISA
2
D: DNA polymerase I
E: 5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DA))-3'
F: 5'-D(*C*AP*TP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8487
ポリマ－74,1573
非ポリマー6924
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6550 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area27350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.810, 109.270, 150.430
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 DNA polymerase I


分子量: 67490.289 Da / 分子数: 2 / 断片: Bacillus Fragment (UNP residues 285-876) / 変異: D598A/F710Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Geobacillus (バクテリア) / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: C9RTX7, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*TP*GP*AP*CP*TP*CP*(2DA))-3'


分子量: 2659.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Primer Strand
#3: DNA鎖 5'-D(*C*AP*TP*TP*TP*GP*AP*GP*TP*CP*AP*GP*G)-3'


分子量: 4006.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Template Strand

-
非ポリマー , 4種, 1703分子

#4: 化合物 ChemComp-DDS / 2',3'-dideoxyadenosine triphosphate / ddATP


分子量: 475.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O11P3
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THE GEOBACILLUS SP. STRAIN IS UNKNOWN BUT SIMILAR TO Y412MC61.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 45-50% saturated ammonium sulfate, 2.5% MPD, 10 mM magnesium sulfate, 100 mM MES, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97121 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月23日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97121 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→100 Å / Num. obs: 193977 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 14.23
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.61-1.710.4933.58191.4
1.71-1.830.2985.921100
1.83-1.970.2127.5194.9
1.97-2.160.11513.091100
2.16-2.420.08715.57194.8
2.42-2.790.06420.981100
2.79-3.420.0525.461100
3.42-4.830.04230.92199.2
4.83-1000.03337.26198.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2HVI

2hvi


解像度: 1.611→88.408 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU ML: 0.44 / σ(F): 2.35 / 位相誤差: 20.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2244 8426 4.55 %
Rwork0.1933 --
obs0.1947 185284 93.02 %
溶媒の処理減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.838 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3738 Å2-0 Å20 Å2
2---1.2769 Å2-0 Å2
3---0.9031 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.611→88.408 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9293 846 75 1696 11910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0110540
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26614445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5114082
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731611
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061723
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6111-1.62940.28771760.26453350X-RAY DIFFRACTION54
1.6294-1.64860.28042940.24455570X-RAY DIFFRACTION89
1.6486-1.66870.25632950.24475609X-RAY DIFFRACTION90
1.6687-1.68990.28292980.2325674X-RAY DIFFRACTION91
1.6899-1.71210.27093030.22045754X-RAY DIFFRACTION92
1.7121-1.73550.2563100.21745873X-RAY DIFFRACTION93
1.7355-1.76030.24633050.22145805X-RAY DIFFRACTION93
1.7603-1.78660.24893080.2245855X-RAY DIFFRACTION94
1.7866-1.81450.25413150.21185978X-RAY DIFFRACTION95
1.8145-1.84430.26023130.21115958X-RAY DIFFRACTION95
1.8443-1.87610.25413140.20945962X-RAY DIFFRACTION95
1.8761-1.91020.33352490.27314722X-RAY DIFFRACTION76
1.9102-1.9470.39322600.35794957X-RAY DIFFRACTION79
1.947-1.98670.24582990.20496015X-RAY DIFFRACTION96
1.9867-2.02990.21662180.18746258X-RAY DIFFRACTION98
2.0299-2.07710.20932180.1856227X-RAY DIFFRACTION98
2.0771-2.12910.22772570.18346328X-RAY DIFFRACTION99
2.1291-2.18660.20672370.17926321X-RAY DIFFRACTION99
2.1866-2.2510.29022750.25125289X-RAY DIFFRACTION85
2.251-2.32370.27061920.23265537X-RAY DIFFRACTION86
2.3237-2.40670.21252600.17446363X-RAY DIFFRACTION99
2.4067-2.50310.22272520.17666313X-RAY DIFFRACTION99
2.5031-2.6170.21042640.17556370X-RAY DIFFRACTION100
2.617-2.7550.20522750.17786338X-RAY DIFFRACTION99
2.755-2.92760.21892950.18396369X-RAY DIFFRACTION100
2.9276-3.15370.20743180.18356349X-RAY DIFFRACTION100
3.1537-3.4710.18933260.1716372X-RAY DIFFRACTION100
3.471-3.97330.18693200.16596267X-RAY DIFFRACTION98
3.9733-5.00590.18943370.15676473X-RAY DIFFRACTION100
5.0059-88.54130.21843430.20016602X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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