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- PDB-3t4h: Crystal Structure of AlkB in complex with Fe(III) and N-Oxalyl-S-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t4h
タイトルCrystal Structure of AlkB in complex with Fe(III) and N-Oxalyl-S-(3-nitrobenzyl)-L-cysteine
要素Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Double-stranded beta-helix / Nucleic acid demethylase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methyl methanesulfonate / oxidative RNA demethylation / DNA oxidative demethylase / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / oxidative RNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding ...response to methyl methanesulfonate / oxidative RNA demethylation / DNA oxidative demethylase / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / oxidative RNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding / DNA repair / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alkylated DNA repair protein AlkB / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / N-(carboxycarbonyl)-S-(3-nitrobenzyl)-L-cysteine / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Ma, J. / Aik, W.S. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Dynamic combinatorial mass spectrometry leads to inhibitors of a 2-oxoglutarate-dependent nucleic Acid demethylase.
著者: Woon, E.C. / Demetriades, M. / Bagg, E.A. / Aik, W. / Krylova, S.M. / Ma, J.H. / Chan, M. / Walport, L.J. / Wegman, D.W. / Dack, K.N. / McDonough, M.A. / Krylov, S.N. / Schofield, C.J.
履歴
登録2011年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5684
ポリマ－22,9451
非ポリマー6223
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.661, 38.830, 40.274
Angle α, β, γ (deg.)77.640, 75.440, 66.420
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB / Alkylated DNA repair protein AlkB


分子量: 22945.236 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 12-216 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: aidD, alkB, b2212, JW2200 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P05050, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: P05050, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MD5 / N-(carboxycarbonyl)-S-(3-nitrobenzyl)-L-cysteine


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 328.298 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12N2O7S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES pH7.5, 2.2mM ammonium iron(II) sulfate, 5.7mM N-Oxalyl-S-(3-nitrobenzyl)-L-cysteine , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5412 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月7日 / 詳細: osmic HF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5412 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→21.14 Å / Num. all: 25781 / Num. obs: 24608 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 20.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Χ2: 1.04 / Net I/σ(I): 37.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.6-1.662.30.2264.4821611.23884
1.66-1.722.40.1725.18122551.09688.5
1.72-1.82.40.1386.12923901.05792.6
1.8-1.92.70.155.58924971.08696.6
1.9-2.023.20.1725.96625431.11599
2.02-2.173.60.1696.72425871.03799.8
2.17-2.394.20.1637.72625541.013100
2.39-2.745.10.14310.5225900.995100
2.74-3.455.20.08416.09425601.00999.6
3.451-50050.0522.24924711.00795.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 34.69 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å21.14 Å
Translation2.5 Å21.14 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.1位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→21.137 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / FOM work R set: 0.8835 / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 19.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1871 1124 4.94 %random
Rwork0.1585 ---
obs0.16 22754 96.73 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.37 Å2 / ksol: 0.393 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 71.98 Å2 / Biso mean: 26.3851 Å2 / Biso min: 11.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9215 Å23.577 Å21.5939 Å2
2---1.5283 Å2-0.1878 Å2
3----1.3932 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→21.137 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1565 0 38 192 1795
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011673
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.442280
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092237
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006300
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.541628
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.65-1.72510.23771210.198324692590259088
1.7251-1.8160.21811310.175826062737273793
1.816-1.92970.18851420.163627302872287297
1.9297-2.07860.21481450.156327462891289199
2.0786-2.28750.19671500.1619280229522952100
2.2875-2.6180.19481440.1605281129552955100
2.618-3.29640.17981510.1535276329142914100
3.2964-21.13880.17011400.153527032843284497
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.73650.83240.01294.75360.20431.8224-0.01390.0776-0.0706-0.08230.0005-0.00970.0916-0.00580.01240.06760.0004-0.03140.1194-0.00270.09320.5041-1.3566-5.3402
22.55470.50090.40835.13810.47862.00290.0358-0.114-0.22510.2893-0.0411-0.06780.20470.0283-0.01620.06210.0097-0.0140.115-0.01140.16387.7372-7.0071-0.1879
31.99860.06850.32962.04260.33892.2716-0.0214-0.1845-0.01930.24280.0664-0.00160.0372-0.0863-0.04440.12470.00440.00580.10790.00790.1102-2.66833.6421.5725
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resseq 13:65)B0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resseq 66:106)B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 107:214)B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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