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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3khb | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Escherichia coli AlkB with Co(II) and 2-OG | ||||||
Components | Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / AlkB / 2-oxoglutarate / DNA alkylation repair / Dioxygenase / DNA damage / DNA repair / Iron / Metal-binding | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationresponse to methyl methanesulfonate / oxidative RNA demethylation / DNA oxidative demethylase / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / oxidative RNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding ...response to methyl methanesulfonate / oxidative RNA demethylation / DNA oxidative demethylase / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / oxidative RNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding / DNA repair / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Hollis, T. / Holland, P.J. | ||||||
Citation | Journal: Plos One / Year: 2010Title: Structural and mutational analysis of Escherichia coli AlkB provides insight into substrate specificity and DNA damage searching. Authors: Holland, P.J. / Hollis, T. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 3khb.cif.gz | 96.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3khb.ent.gz | 74.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3khb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3khb_validation.pdf.gz | 454.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3khb_full_validation.pdf.gz | 459.5 KB | Display | |
| Data in XML | 3khb_validation.xml.gz | 17.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 3khb_validation.cif.gz | 22.8 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/3khb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/3khb | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3khcC ![]() 2fd8S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 24395.814 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: P05050, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With 2-oxoglutarate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into each donor #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.66 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 10-20% PEG 8000, 0.1M MES, 0.1M sodium chloride, 0.1M magnesium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.1 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.9→30.02 Å / Num. all: 10013 / Num. obs: 9374 / % possible obs: 93.61 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.21 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 6.8 |
| Reflection shell | Resolution: 2.9→2.975 Å / Redundancy: 4.43 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique all: 594 / % possible all: 76.74 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB ENTRY 2FD8 Resolution: 2.9→30.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 52.338 / SU ML: 0.449 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.544 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 26.22 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→30.02 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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