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- PDB-3khc: Crystal Structure of Escherichia coli AlkB in complex with ssDNA ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3khc | ||||||
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Title | Crystal Structure of Escherichia coli AlkB in complex with ssDNA containing a 1-methylguanine lesion | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | oxidoreductase/DNA / oxidoreductase / 1-methylguanine / AlkB / 2-oxoglutarate / Dioxygenase / DNA damage / DNA repair / Iron / Metal-binding / oxidoreductase-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() response to methyl methanesulfonate / DNA oxidative demethylase / : / oxidative RNA demethylation / : / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair ...response to methyl methanesulfonate / DNA oxidative demethylase / : / oxidative RNA demethylation / : / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding / DNA repair / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hollis, T. / Holland, P.J. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and mutational analysis of Escherichia coli AlkB provides insight into substrate specificity and DNA damage searching. Authors: Holland, P.J. / Hollis, T. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 115.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 87 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 485.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 30.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3khbC ![]() 2fd8S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 24351.805 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D135A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P05050, Oxidoreductases; Acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen; With 2-oxoglutarate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen into each donor |
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-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
#2: DNA chain | Mass: 2431.630 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
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#3: DNA chain | Mass: 1190.830 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
-Non-polymers , 3 types, 273 molecules ![](data/chem/img/CO.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/AKG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.15 Å3/Da / Density % sol: 42.75 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 Details: 10-20% PEG 8000, 0.1M MES, 0.1M sodium chloride, 0.1M magnesium chloride, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 92 / Detector: CCD / Date: May 12, 2009 |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→42.69 Å / Num. all: 22909 / Num. obs: 21726 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 6.94 % / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 9.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.23 Å / Redundancy: 6.27 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / Num. unique all: 1661 / % possible all: 99.94 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2FD8 Resolution: 2.2→23.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 15.38 / SU ML: 0.191 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.372 / ESU R Free: 0.258 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.165 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→23.74 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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