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Yorodumi- PDB-3pec: Siderocalin Recognitin of Carboxymycobactins: Interference by the... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3pec | ||||||
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Title | Siderocalin Recognitin of Carboxymycobactins: Interference by the immune system in intracellular iron acquisition by Mycobacteria tuberculosis | ||||||
Components | Neutrophil gelatinase-associated lipocalin | ||||||
Keywords | ANTIMICROBIAL PROTEIN / 8-stranded anti-parallel beta barrel / Siderocalin / Siderophore binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding ...siderophore transport / Metal sequestration by antimicrobial proteins / iron ion sequestering activity / enterobactin binding / Iron uptake and transport / specific granule lumen / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to bacterium / iron ion binding / innate immune response / Neutrophil degranulation / apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Used previously-determined structure / Resolution: 2.19 Å | ||||||
Authors | Clifton, M.C. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Siderocalin Recognitin of Carboxymycobactins: Interference by the immune system in intracellular iron acquisition by Mycobacteria tuberculosis Authors: Hoette, T.M. / Clifton, M.C. / Zawadzka, A.M. / Holmes, M.A. / Strong, R.K. / Raymond, K.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3pec.cif.gz | 224.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3pec.ent.gz | 181.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3pec.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3pec_validation.pdf.gz | 937.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3pec_full_validation.pdf.gz | 951.2 KB | Display | |
Data in XML | 3pec_validation.xml.gz | 25.1 KB | Display | |
Data in CIF | 3pec_validation.cif.gz | 35.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/3pec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pe/3pec | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3pedC 1l6mS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 20556.438 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: UNP residues 21 to 198 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: LCN2, HNL, NGAL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P80188 |
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-Non-polymers , 6 types, 244 molecules
#2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-FE / | #5: Chemical | ChemComp-NA / #6: Chemical | ChemComp-ZYG / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.15 Å3/Da / Density % sol: 61 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 1.3M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 50mM sodium chloride, 0.1M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.1 / Wavelength: 0.97 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Apr 1, 2009 |
Radiation | Monochromator: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. all: 77333 / Num. obs: 41091 / % possible obs: 100 % |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.28 Å / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 4024 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: Used previously-determined structure Starting model: PDB entry 1L6M Resolution: 2.19→40.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.923 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 11.636 / SU ML: 0.139 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.212 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 44.53 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.19→40.66 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.186→2.243 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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