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万見
- PDB-4rfr: Complex structure of AlkB/rhein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rfr
タイトルComplex structure of AlkB/rhein
要素Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / protein-inhibitor complex / demethylation / AlkB family / Jellyroll Fold / demethylase / nucleic acid binding / nucleus / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to methyl methanesulfonate / oxidative RNA demethylation / DNA oxidative demethylase / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding ...response to methyl methanesulfonate / oxidative RNA demethylation / DNA oxidative demethylase / oxidative RNA demethylase activity / broad specificity oxidative DNA demethylase activity / RNA repair / oxidative demethylation / DNA alkylation repair / dioxygenase activity / ferrous iron binding / DNA repair / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alkylated DNA repair protein AlkB / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-RHN / Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Li, Q. / Huang, Y. / Li, J.F. / Yang, C.-G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Rhein Inhibits AlkB Repair Enzymes and Sensitizes Cells to Methylated DNA Damage.
著者: Li, Q. / Huang, Y. / Liu, X. / Gan, J. / Chen, H. / Yang, C.G.
履歴
登録2014年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8963
ポリマ－22,5571
非ポリマー3392
水4,504250
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.950, 39.200, 40.521
Angle α, β, γ (deg.)77.37, 74.67, 65.47
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase AlkB / Alkylated DNA repair protein AlkB / DNA oxidative demethylase AlkB


分子量: 22556.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: alkB, aidD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05050, DNA oxidative demethylase
#2: 化合物 ChemComp-RHN / 4,5-dihydroxy-9,10-dioxo-9,10-dihydroanthracene-2-carboxylic acid / Rhein / Rhubarb Yellow / レイン


分子量: 284.220 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H8O6
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, 25% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9735 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月19日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9735 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 30221 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 2.12 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.828 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15021 1519 5 %RANDOM
Rwork0.11755 ---
obs0.11919 28702 95.68 %-
all-30221 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.897 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.47 Å20.31 Å2-0.29 Å2
2--0.1 Å2-0.85 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1571 0 22 250 1843
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021573
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1761.9692287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70833611
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7375210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.12822.59777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.94915259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3171515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02416
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.5233248
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free31.386576
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.15953370
LS精密化 シェル解像度: 1.502→1.541 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.189 100 -
Rwork0.115 2062 -
obs--92.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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