PDB-3t0x: Fluorogen Activating Protein M8VLA4(S55P) in complex with dimethy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t0x

タイトル

Fluorogen Activating Protein M8VLA4(S55P) in complex with dimethylindole red

要素

Immunoglobulin variable lambda domain M8VLA4(S55P)

キーワード

DYE-BINDING PROTEIN / immunoglobulin fold / fluorogen activation / dimethylindole red

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Chem-DIW

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.96 Å

データ登録者

Stanfield, R. / Senutovitch, N. / Bhattacharyya, S. / Rule, G. / Wilson, I.A. / Armitage, B. / Waggoner, A.S. / Berget, P.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: A variable light domain fluorogen activating protein homodimerizes to activate dimethylindole red.
著者: Senutovitch, N. / Stanfield, R.L. / Bhattacharyya, S. / Rule, G.S. / Wilson, I.A. / Armitage, B.A. / Waggoner, A.S. / Berget, P.B.

履歴

登録	2011年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年3月28日	Group: Other
改定 1.2	2012年4月11日	Group: Database references
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t0x.cif.gz	98 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t0x.ent.gz	80.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t0x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t0x_validation.pdf.gz	873.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t0x_full_validation.pdf.gz	882.8 KB	表示
XML形式データ	3t0x_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	3t0x_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/3t0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t0/3t0x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t0vC 3t0wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3eee-2 2c4w-d 3mh9-2 3eee-1 4fdk-2 3ms6-1 3tf1-2 1u4h-1 6vi7-d 4cay-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Immunoglobulin variable lambda domain M8VLA4(S55P)

B: Immunoglobulin variable lambda domain M8VLA4(S55P)

ヘテロ分子

27.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.494, 83.494, 76.347
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: 抗体	Immunoglobulin variable lambda domain M8VLA4(S55P) 分子量: 13214.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pAK400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MachTI
#2: 化合物	ChemComp-DIW / 1-(3-sulfopropyl)-4-[(1E,3E)-3-(1,3,3-trimethyl-1,3-dihydro-2H-indol-2-ylidene)prop-1-en-1-yl]quinolinium / 1-(3-スルホナトプロピル)-4-[3-(1,3,3-トリメチルインドリン-2-イリデン)-1-プロペニル]キノリニ(以下略) 分子量: 449.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₉N₂O₃S
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.14 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.25M ammonium sulfate, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.722 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.722 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.96→37.34 Å / Num. all: 20018 / Num. obs: 20018 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / B_iso Wilson estimate: 26.6 Å² / R_sym value: 8.7 / Net I/σ(I): 35.5
反射シェル	解像度: 1.96→1.98 Å / 冗長度: 12.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 977 / R_sym value: 54.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.96→37.3 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	1048	5.25 %	random
R_work	0.209	-	-	-
obs	0.2107	19963	99.6 %	-
all	-	19963	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 56.727 Å² / k_sol: 0.373 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3927 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.3927 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.7855 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.96→37.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1662	0	65	136	1863

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	1805
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.446	2456
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.372	635
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	257
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	313

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.96-2.0597	0.2796	147	0.2662	2572	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0597-2.1887	0.2837	160	0.2417	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1887-2.3577	0.2959	129	0.2361	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3577-2.5949	0.281	170	0.2461	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5949-2.9702	0.2832	162	0.223	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9702-3.7416	0.2428	140	0.1974	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7416-37.3464	0.186	140	0.1802	2907	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0792	-0.0446	0.0346	0.2041	0.0667	0.1144	0.0245	0.0179	-0.0347	-0.0814	-0.0172	-0.009	-0.0653	-0.0771	-0.0633	0.1824	0.0102	0.0106	0.1078	-0.0512	0.1404	25.4424	7.9937	-14.2318
2	0.4199	-0.2841	-0.1073	0.6837	-0.1562	0.6713	-0.0838	-0.0347	-0.0145	0.8459	-0.4985	-0.25	0.0751	-0.0015	-0.7402	0.473	-0.0857	-0.0282	-0.1328	-0.0183	0.1294	22.0525	-12.7106	-2.2287

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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