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- PDB-2c4w: Type II Dehydroquinase from H. pylori in complex with AH9095 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2c4w
タイトルType II Dehydroquinase from H. pylori in complex with AH9095
要素3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
キーワードLYASE / 3-DEHYDROQUINASE / SHIKIMATE PATHWAY / AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS / DEHYDROQUINATE / SULPHONAMIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-TETRAZOL-5-YL 9-OXO-9H-XANTHENE-2 SULPHONAMIDE / IMIDAZOLE / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Robinson, D.A. / Lapthorn, A.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structures of Helicobacter Pylori Type II Dehydroquinase Inhibitor Complexes: New Directions for Inhibitor Design.
著者: Robinson, D.A. / Stewart, K.A. / Price, N.C. / Chalk, P.A. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.
履歴
登録2005年10月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0566
ポリマ－19,3901
非ポリマー6665
水2,342130
1
A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子

A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,11212
ポリマ－38,7812
非ポリマー1,33110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation27_556-x+1/2,y,-z+3/21
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)131.370, 131.370, 131.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23

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要素

#1: タンパク質 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE / 3-DEHYDROQUINASE / DHQASE / TYPE II DEHYDROQUINASE


分子量: 19390.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌) / プラスミド: PET-15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q48255, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物 ChemComp-GAJ / N-TETRAZOL-5-YL 9-OXO-9H-XANTHENE-2 SULPHONAMIDE / N-(1,4-DIHYDRO-5H-TETRAZOL-5-YLIDENE)-9-OXO-9H-XANTHENE-2-SULFONAMIDE


分子量: 343.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H9N5O4S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYZES A TRANS-DEHYDRATION VIA AN ENOLATE INTERMEDIATE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.8 %
結晶化pH: 8.2
詳細: 10MG/ML PROTEIN CRYSTLLISED AGAINST 1.0M NA ACETATE, 0.1M IMIDAZOLE-HCL PH 8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2001年3月12日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 27302 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.2 % / Biso Wilson estimate: 20.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DHQ

2dhq


解像度: 1.55→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.688 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 2564 10 %RANDOM
Rwork0.152 ---
obs0.156 23103 94.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1275 0 46 130 1451
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221482
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5321.9812005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88533114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4585192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.59825.75866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.37815247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.861155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02290
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1720.21178
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.2639
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2746
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.240.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2230.295
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3010.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8781.51217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.121482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3793640
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.274.5519
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.229 144
Rwork0.175 1498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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