+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3eee | ||||||
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Title | Probing the function of heme distortion in the H-NOX family | ||||||
Components | Methyl-accepting chemotaxis protein | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / Hemoprotein | ||||||
Function / homology | Function and homology information lysozyme activity / heme binding / signal transduction / membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermoanaerobacter tengcongensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.12 Å | ||||||
Authors | Olea Jr, C. / Boon, E.M. / Pellicena, P. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A. | ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2008 Title: Probing the function of heme distortion in the H-NOX family. Authors: Olea, C. / Boon, E.M. / Pellicena, P. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3eee.cif.gz | 330.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3eee.ent.gz | 272.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3eee.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3eee_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3eee_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 3eee_validation.xml.gz | 33.5 KB | Display | |
Data in CIF | 3eee_validation.cif.gz | 43.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/3eee | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1u55S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 22021.465 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: H-NOX Domain, residues 1-188 / Mutation: P115A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermoanaerobacter tengcongensis (bacteria) Gene: Tar4 / Plasmid: pET20b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8RBX6 |
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-Non-polymers , 5 types, 189 molecules
#2: Chemical | ChemComp-HEM / #3: Chemical | ChemComp-OXY / #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.76 Å3/Da / Density % sol: 55.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / pH: 9.1 Details: 0.1 M NaSCN, 0.1 M Tris pH 9.1, 0.2 M (NH4)2(SO4), and 18% (w/v) PEG 8000 at 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Aug 28, 2005 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.12→50 Å / Num. all: 53717 / Num. obs: 53717 / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 |
Reflection shell | Resolution: 2.12→2.24 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Starting model: PDB entry 1U55 Resolution: 2.12→45.672 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / Phase error: 31.41 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 74.515 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 67.643 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.12→45.672 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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