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- PDB-3eee: Probing the function of heme distortion in the H-NOX family -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eee
タイトルProbing the function of heme distortion in the H-NOX family
要素Methyl-accepting chemotaxis proteinMethyl-accepting chemotaxis proteins
キーワードSIGNALING PROTEIN / Hemoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


heme binding / シグナル伝達 / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
H-NOX domain / H-NOX domain / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). ...H-NOX domain / H-NOX domain / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Methyl-accepting chemotaxis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Olea Jr, C. / Boon, E.M. / Pellicena, P. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2008
タイトル: Probing the function of heme distortion in the H-NOX family.
著者: Olea, C. / Boon, E.M. / Pellicena, P. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.
履歴
登録2008年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
B: Methyl-accepting chemotaxis protein
C: Methyl-accepting chemotaxis protein
D: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,03917
ポリマ－88,0864
非ポリマー2,95313
水3,171176
1
A: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7664
ポリマ－22,0211
非ポリマー7453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8015
ポリマ－22,0211
非ポリマー7804
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7054
ポリマ－22,0211
非ポリマー6843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Methyl-accepting chemotaxis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7664
ポリマ－22,0211
非ポリマー7453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.253, 124.686, 83.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 126.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Methyl-accepting chemotaxis protein / Methyl-accepting chemotaxis proteins


分子量: 22021.465 Da / 分子数: 4 / 断片: H-NOX Domain, residues 1-188 / 変異: P115A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacter tengcongensis (バクテリア)
遺伝子: Tar4 / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RBX6

-
非ポリマー , 5種, 189分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素


分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.44 %
結晶化温度: 289 K / pH: 9.1
詳細: 0.1 M NaSCN, 0.1 M Tris pH 9.1, 0.2 M (NH4)2(SO4), and 18% (w/v) PEG 8000 at 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→50 Å / Num. all: 53717 / Num. obs: 53717 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055
反射 シェル解像度: 2.12→2.24 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化開始モデル: PDB entry 1U55

1u55


解像度: 2.12→45.672 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2519 2704 5.09 %
Rwork0.2048 --
obs0.2071 53135 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 74.515 Å2 / ksol: 0.377 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 67.643 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.734 Å2-0 Å2-3.094 Å2
2---2.968 Å2-0 Å2
3----7.766 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→45.672 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6184 0 197 176 6557
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086522
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8988804
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2362444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053904
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031094
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.12-2.15830.35041250.30292211X-RAY DIFFRACTION83
2.1583-2.19980.3181310.28232710X-RAY DIFFRACTION99
2.1998-2.24470.33991510.26722673X-RAY DIFFRACTION99
2.2447-2.29350.34541390.27222655X-RAY DIFFRACTION99
2.2935-2.34690.28141550.25822667X-RAY DIFFRACTION100
2.3469-2.40550.32991500.25192687X-RAY DIFFRACTION100
2.4055-2.47060.28971760.24922635X-RAY DIFFRACTION100
2.4706-2.54330.33171270.24852740X-RAY DIFFRACTION100
2.5433-2.62540.28031430.23562688X-RAY DIFFRACTION100
2.6254-2.71920.30841430.2422688X-RAY DIFFRACTION100
2.7192-2.8280.27931510.2342682X-RAY DIFFRACTION100
2.828-2.95670.27311360.22582706X-RAY DIFFRACTION99
2.9567-3.11260.27171290.2242671X-RAY DIFFRACTION100
3.1126-3.30750.26241500.21862696X-RAY DIFFRACTION100
3.3075-3.56280.26231470.20162705X-RAY DIFFRACTION99
3.5628-3.92120.22081340.17872681X-RAY DIFFRACTION99
3.9212-4.48820.20361610.16762642X-RAY DIFFRACTION98
4.4882-5.65290.20771260.15942687X-RAY DIFFRACTION98
5.6529-45.68280.21361300.18022607X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.84820.8366-0.3563.3577-1.7203-0.0551-0.3129-1.0649-0.00590.48930.07960.04430.18020.29010.24040.65730.0248-0.00140.5510.00770.3330.9378-19.61220.4187
23.7224-0.56821.7299-1.504-1.31255.4837-0.19830.0184-0.20630.23470.0786-0.05580.59750.80810.24830.50090.0422-0.0250.40460.08740.432429.9555-19.95515.1598
32.63320.6073-0.55763.4979-0.27549.1236-0.0939-0.2328-0.3588-0.2674-0.36980.20630.83280.43120.40880.4594-0.00220.02170.3112-0.02280.350317.4134-25.92162.2653
44.7994-0.1209-2.04972.3639-2.61228.9183-0.52490.00650.3412.0671-0.15970.8608-0.5282-0.54940.49710.8560.07290.27680.5117-0.11610.400911.7462-20.8748.2734
52.11531.8113-0.01692.8639-1.88191.0357-0.07530.07670.124-0.22820.0531-0.0134-0.1801-0.09020.01780.47570.049-0.04740.3514-0.00690.300817.9441-13.3624-2.9589
62.05381.1260.781.0992-1.33881.6844-0.3362-0.6245-0.09170.42920.16420.0173-0.16850.16050.18410.64910.07810.00690.43260.0170.335711.5263-19.260356.1188
71.77520.44492.03572.6831-0.61424.77750.04830.1112-0.02240.0284-0.38940.02440.030.61480.4390.4440.0688-0.03060.41250.06020.386110.0933-20.409140.6038
81.5780.21592.13663.761-2.41310.6804-0.1343-0.1492-0.3388-0.021-0.25470.48820.4178-0.15010.37110.5105-0.02010.08060.3657-0.05350.4365-3.0061-25.22839.202
92.6732-2.04190.05574.3791-0.6993-1.06720.11890.19620.08750.071-0.26960.1235-0.3402-0.00440.1410.4990.0402-0.00770.4315-0.0150.2748-1.0031-12.81636.4643
102.8512.31690.61860.72390.84778.4196-0.17350.51080.1114-0.36590.3713-0.03650.03960.3674-0.24150.69710.2072-0.07620.471-0.01160.3677-4.3863-14.679323.7612
11-0.31332.9185-2.08125.00481.6762.167-0.29430.56230.6229-1.17630.6947-0.4154-0.42590.6151-0.44260.7481-0.0861-0.01570.80130.03091.109227.635919.302520.0719
121.31351.9365-0.82072.63142.48541.3949-0.0457-0.17390.16830.0186-0.02610.2288-0.4887-0.08570.0730.6839-0.03730.00420.32540.00190.4568.675917.842220.6794
138.97864.7757-3.3438-3.33840.3538-0.646-0.8801-0.66850.5804-0.71162.15970.05560.11180.1909-1.19670.8467-0.26660.05742.03240.03871.768114.067822.12812.4346
140.6768-0.2731.13272.87230.07491.17410.0287-0.0891-0.22270.1579-0.0907-0.30210.1350.07020.07940.6152-0.03610.10740.3647-0.01690.52534.89137.157217.059
15-1.4673-0.4269-1.97312.0165-3.3491-4.2745-0.01151.04890.3187-0.58041.2554-0.99720.0381-0.11-0.38040.71150.16330.01371.0837-0.13371.2165-16.767212.189714.3038
164.5131-0.02060.43753.6252-0.53343.16450.2880.40110.08450.1366-0.15930.2263-0.05-0.5936-0.13540.43030.00550.02580.45320.00350.39216.1063-44.875511.433
17-0.18163.14120.89982.753-0.81636.22970.6579-0.27890.65960.6102-0.1052-1.1213-1.02320.7833-0.44250.6533-0.05330.01030.45820.04570.610926.4847-43.621817.0488
180.7012-5.234-0.3448-0.12134.95842.0657-0.2469-0.2627-3.4233-0.72960.1323-0.666-0.4010.0150.16941.9107-0.06730.0981.01950.45731.717315.6988-40.253829.7751
192.9895-1.0517-0.48844.1646-0.4853.8625-0.02130.0578-0.40010.1552-0.1865-0.14710.33740.06470.190.40930.01060.03980.29330.02190.413123.3341-55.219515.6011
20-3.3315-3.4842-2.7137.5696-1.64793.9758-0.29990.14621.13730.2661-0.1678-0.804-0.50650.2238-0.06980.4235-00.07720.83810.04050.79341.605-52.511610.5862
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 1:60)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resid 61:89)
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resid 90:111)
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and resid 112:117)
5X-RAY DIFFRACTION5chain A and resid 118:188)
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resid 1:61)
7X-RAY DIFFRACTION7chain B and resid 62:89)
8X-RAY DIFFRACTION8chain B and resid 90:114)
9X-RAY DIFFRACTION9chain B and resid 115:170)
10X-RAY DIFFRACTION10chain B and resid 171:188)
11X-RAY DIFFRACTION11chain C and resid 1:60)
12X-RAY DIFFRACTION12chain C and resid 61:106)
13X-RAY DIFFRACTION13chain C and resid 107:113)
14X-RAY DIFFRACTION14chain C and resid 114:183)
15X-RAY DIFFRACTION15chain C and resid 184:188)
16X-RAY DIFFRACTION16chain D and resid 1:89)
17X-RAY DIFFRACTION17chain D and resid 90:107)
18X-RAY DIFFRACTION18chain D and resid 108:113)
19X-RAY DIFFRACTION19chain D and resid 114:178)
20X-RAY DIFFRACTION20chain D and resid 179:188)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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