PDB-3sy4: Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase Ser126Ala var...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sy4

タイトル

Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase Ser126Ala variant from Acidithiobacillus ferrooxidans

要素

Sulfide-quinone reductase, putative

キーワード

OXIDOREDUCTASE / sulfide:quinone oxidoreductase / Ser126Ala variant / integral monotopic membrane protein / complex with sulfide

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial sulfide:quinone reductase / sulfide:quinone oxidoreductase activity / aerobic electron transport chain / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / quinone binding / nucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Cherney, M.M. / Zhang, Y. / James, M.N.G. / Weiner, J.H.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Structure-activity characterization of sulfide:quinone oxidoreductase variants.
著者: Cherney, M.M. / Zhang, Y. / James, M.N. / Weiner, J.H.

履歴

登録	2011年7月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月13日	Group: Database references
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sy4.cif.gz	185.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sy4.ent.gz	146.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sy4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sy4_validation.pdf.gz	963 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sy4_full_validation.pdf.gz	971.4 KB	表示
XML形式データ	3sy4_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	3sy4_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/3sy4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sy/3sy4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sx6C 3sxiC 3syiC 3sz0C 3szcC 3szfC 3szwC 3t0kC 3t14C 3t2kC 3t2yC 3kpk 3t2z 3t31 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6k79-1 6k78-1 6zq6-2 4xwz-d 5gn5-2 3wxk-2 2v8v-2 5w33-2 5ojk-d 6zq8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (2) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Sulfide-quinone reductase, putative

ヘテロ分子

49.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sulfide-quinone reductase, putative

ヘテロ分子

A: Sulfide-quinone reductase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
98.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	149.766, 149.766, 81.730
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-613- HOH
2	1	A-737- HOH
3	1	A-752- HOH

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質	Sulfide-quinone reductase, putative 分子量: 47749.957 Da / 分子数: 1 / 変異: S126A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア) 株: ATCC 23270 / DSM 14882 / NCIB 8455 / 遺伝子: AFE_1792 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7JBP8
#3: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 301分子

#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素分子量: 34.081 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂S
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 30% PEG 600, 0.1 M bis-tris buffer,0.1 M MgSO4, 0.05% DDM, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月12日
放射	モノクロメーター: ACCEL/BRUKER double crystal monochromator (DCM), featuring indirectly cryo-cooled first crystal and sagittally focusing second crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→81.6 Å / Num. obs: 38487 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 32.3 % / R_merge(I) obs: 0.088 / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 31.4
反射シェル	解像度: 1.91→2.01 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.992 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / R_sym value: 0.992 / % possible all: 64.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.91→69.147 Å / SU ML: 0.63 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2154	3753	5.18 %
R_work	0.1727	-	-
obs	0.1748	38487	91.04 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.403 Å² / k_sol: 0.34 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.1515 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.1515 Å²	-0 Å²
3-	-	-	8.303 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→69.147 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3221	0	98	294	3613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3405
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.159	4617
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.506	1249
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	500
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	584

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.91-1.9342	0.318	70	0.3651	1508	X-RAY DIFFRACTION	53
1.9342-1.9597	0.3595	75	0.3168	1674	X-RAY DIFFRACTION	59
1.9597-1.9865	0.3551	118	0.2839	1825	X-RAY DIFFRACTION	66
1.9865-2.0149	0.3515	118	0.2715	1999	X-RAY DIFFRACTION	72
2.0149-2.045	0.2422	116	0.2508	2134	X-RAY DIFFRACTION	76
2.045-2.0769	0.2886	120	0.2374	2201	X-RAY DIFFRACTION	79
2.0769-2.111	0.2903	154	0.2094	2309	X-RAY DIFFRACTION	83
2.111-2.1474	0.2639	126	0.2014	2372	X-RAY DIFFRACTION	85
2.1474-2.1864	0.2756	138	0.2106	2568	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1864-2.2285	0.2997	128	0.1843	2635	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2285-2.274	0.2325	158	0.1871	2790	X-RAY DIFFRACTION	99
2.274-2.3234	0.2081	189	0.1841	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3234-2.3775	0.2436	156	0.1902	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3775-2.4369	0.233	156	0.2014	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4369-2.5028	0.3057	141	0.1869	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5028-2.5765	0.2447	141	0.1898	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5765-2.6596	0.2212	149	0.1811	2790	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6596-2.7547	0.2506	125	0.1886	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7547-2.865	0.1951	153	0.1886	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.865-2.9954	0.2482	150	0.1825	2813	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9954-3.1533	0.2464	181	0.1761	2762	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1533-3.3509	0.1767	156	0.1826	2781	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3509-3.6096	0.2065	156	0.1705	2786	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6096-3.9728	0.1958	134	0.1472	2820	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9728-4.5476	0.1636	138	0.1248	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5476-5.729	0.1832	141	0.13	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
5.729-69.1922	0.1789	166	0.1718	2792	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8942	0.6402	-0.2489	1.5057	-0.3297	0.3416	0.0901	-0.1888	-0.1166	0.273	-0.0666	-0.0035	-0.0041	-0.1466	-0.0059	0.2843	-0.0632	0.0267	0.3497	0.0421	0.207	40.5699	-26.7855	12.2183
2	1.4602	0.2001	-0.2041	1.7189	-0.7183	0.8809	0.0863	-0.1701	-0.0353	0.1652	-0.2334	-0.7617	-0.1097	0.1408	0.0754	0.2301	-0.0551	-0.0563	0.2381	0.0681	0.4741	64.4161	-17.1429	6.1123
3	1.9617	0.6502	0.0808	1.5211	-0.3749	0.4387	-0.0525	0.2522	-0.0428	-0.1732	0.0509	-0.1525	0.1246	-0.1419	-0.0083	0.243	-0.0423	0.0341	0.3196	0.0204	0.2132	45.7479	-25.8907	-2.5476
4	1.4995	0.2519	-0.4572	2.0129	-0.4933	1.2902	0.1632	0.0305	0.203	-0.0111	0.0732	0.196	0.0361	-0.3171	-0.1577	0.1958	-0.0178	0.0272	0.2457	0.0436	0.1905	43.6038	-10.3178	-1.9325
5	1.7228	1.2954	-1.7692	1.2068	-0.935	1.664	0.0793	0.1106	0.6108	0.453	0.1692	0.3346	-0.0347	-0.2819	-0.0081	0.3601	0.0597	0.1039	0.2648	0.0347	0.3373	41.9843	-7.3784	11.496

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:161)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 162:232)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 233:341)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 342:377)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 378:410)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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