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- PDB-3kpk: Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase from Acidithi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kpk
タイトルCrystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase from Acidithiobacillus ferrooxidans, C160A mutant
要素Sulfide-quinone reductase, putative
キーワードOXIDOREDUCTASE / Oxidoreductases / Sulfide:quinone oxidoreductase / C160A mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial sulfide:quinone reductase / sulfide:quinone oxidoreductase activity / aerobic electron transport chain / NAD(P)H dehydrogenase (quinone) activity / quinone binding / nucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / FAD/NAD(P)-binding domain - #100 / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / HYDROSULFURIC ACID / R-1,2-PROPANEDIOL / Sulfide-quinone reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Cherney, M.M. / Zhang, Y. / Solomonson, M. / Weiner, J.H. / James, M.N.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of sulfide:quinone oxidoreductase from Acidithiobacillus ferrooxidans: insights into sulfidotrophic respiration and detoxification.
著者: Cherney, M.M. / Zhang, Y. / Solomonson, M. / Weiner, J.H. / James, M.N.
履歴
登録2009年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfide-quinone reductase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8736
ポリマ－47,4331
非ポリマー1,4405
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.080, 150.080, 81.679
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-570-

HOH

21A-592-

HOH

31A-680-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Sulfide-quinone reductase, putative


分子量: 47432.574 Da / 分子数: 1 / 変異: C160A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 (バクテリア)
株: ATCC 23270 / DSM 14882 / NCIB 8455 / 遺伝子: AFE_1792 / プラスミド: PLM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: B7JBP8
#3: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 4種, 303分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-H2S / HYDROSULFURIC ACID / HYDROGEN SULFIDE / 硫化水素


分子量: 34.081 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2S
#5: 化合物 ChemComp-PGR / R-1,2-PROPANEDIOL / (R)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 30% PEG 600, 0.1 M bis-tris buffer, 0.1M MgSO4, 0.4mM DDM, 5% ethylene glycole, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 33814 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 39.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 31.7
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.814 / Mean I/σ(I) obs: 1.55 / Num. unique all: 3367 / Rsym value: 0.814 / % possible all: 85.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.4_4)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3kpg

3kpg
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.05→34.578 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2312 1708 5.05 %
Rwork0.1845 --
obs0.1868 33789 98.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.798 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→34.578 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3200 0 95 299 3594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073381
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1834583
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2181258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005578
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.05-2.11080.32151330.28182249X-RAY DIFFRACTION84
2.1108-2.17890.29011500.25632485X-RAY DIFFRACTION94
2.1789-2.25680.28611380.23312662X-RAY DIFFRACTION100
2.2568-2.34710.26971410.2092702X-RAY DIFFRACTION100
2.3471-2.45390.25991440.1982675X-RAY DIFFRACTION100
2.4539-2.58330.2851320.19782708X-RAY DIFFRACTION100
2.5833-2.7450.27531460.2032690X-RAY DIFFRACTION100
2.745-2.95690.26291690.19582698X-RAY DIFFRACTION100
2.9569-3.25420.23691280.18852741X-RAY DIFFRACTION100
3.2542-3.72470.22251370.16762753X-RAY DIFFRACTION100
3.7247-4.69080.16951470.14312765X-RAY DIFFRACTION100
4.6908-34.58330.19381430.16662953X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined1.09781.0506-0.19343.664-0.650.54390.1127-0.0684-0.07360.2491-0.1565-0.34040.0228-0.16680.04240.1503-0.0578-0.01230.26980.04110.128933.835-2.79057.6674
20.2074-0.05740.05490.1806-0.12820.08820.40670.1160.6378-0.08480.0106-0.0675-0.2172-0.1531-0.36141.0681-0.11080.34140.93850.05171.1496
精密化 TLSグループSelection details: chain A and resid 407:418

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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