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- PDB-3sxu: Structure of the E. coli SSB-DNA polymerase III interface -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sxu
タイトルStructure of the E. coli SSB-DNA polymerase III interface
要素
  • DNA polymerase III subunit chi
  • DNA polymerase III subunit psi
  • SSB peptide
キーワードTRANSFERASE / DNA replication / Chi binds to SSB and Psi
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA-binding protein complex / DNA polymerase III, clamp loader complex / DNA polymerase III complex / SOS response / nucleoid / replisome / recombinational repair / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mismatch repair / 3'-5' exonuclease activity ...single-stranded DNA-binding protein complex / DNA polymerase III, clamp loader complex / DNA polymerase III complex / SOS response / nucleoid / replisome / recombinational repair / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mismatch repair / 3'-5' exonuclease activity / enzyme activator activity / response to radiation / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase III subunit chi / DNA polymerase III, psi subunit / DNA polymerase III chi subunit, HolC / DNA polymerase III subunit chi superfamily / DNA polymerase III chi subunit, HolC / DNA polymerase III, psi subunit / DNA polymerase III, psi subunit, subgroup / DNA polymerase III, psi subunit superfamily / DNA polymerase III psi subunit / Single-stranded DNA-binding protein ...DNA polymerase III subunit chi / DNA polymerase III, psi subunit / DNA polymerase III chi subunit, HolC / DNA polymerase III subunit chi superfamily / DNA polymerase III chi subunit, HolC / DNA polymerase III, psi subunit / DNA polymerase III, psi subunit, subgroup / DNA polymerase III, psi subunit superfamily / DNA polymerase III psi subunit / Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding, OB-fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein / DNA polymerase III subunit psi / DNA polymerase III subunit chi
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Marceau, A.H. / Keck, J.L.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2011
タイトル: Structure of the SSB-DNA polymerase III interface and its role in DNA replication.
著者: Marceau, A.H. / Bahng, S. / Massoni, S.C. / George, N.P. / Sandler, S.J. / Marians, K.J. / Keck, J.L.
履歴
登録2011年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase III subunit chi
B: DNA polymerase III subunit psi
C: SSB peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8583
ポリマ－32,8583
非ポリマー00
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.927, 79.927, 155.045
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-145-

HOH

21B-148-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase III subunit chi


分子量: 16936.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b4259, holC, JW4216 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28905, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 DNA polymerase III subunit psi


分子量: 15245.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b4372, holD, JW4334 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28632, DNA-directed DNA polymerase
#3: タンパク質・ペプチド SSB peptide


分子量: 676.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AGE0*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 25% PEG 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.12718 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月9日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 25814 / Num. obs: 25843 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 63.02
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 10.9 / Num. unique all: 1234 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EM8

1em8


解像度: 1.85→63.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.394 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20846 1292 5 %RANDOM
Rwork0.18442 ---
all0.18564 25843 --
obs0.18564 24367 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20.14 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→63.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1982 0 0 286 2268
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0261.9592916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2055273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26323.465101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.25715339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2211519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211669
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4771.51319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91622146
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4373804
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4124.5764
LS精密化 シェル解像度: 1.847→1.895 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 90 -
Rwork0.2 1683 -
obs--99.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.66430.2449-0.73741.3916-0.09741.55390.0034-0.1508-0.10330.21280.04130.10380.1016-0.0102-0.04470.04290.00210.01110.02250.02050.0237-59.4192-15.09617.973
22.0340.8379-0.18841.171-0.05720.8288-0.00780.0712-0.1217-0.10.082-0.13290.06590.2377-0.07420.01710.01590.00120.1084-0.06390.0532-34.9304-9.2911-9.9488
30.94580.2112-0.26760.784-0.01710.9357-0.001-0.0285-0.02460.0520.06210.0390.06250.039-0.0610.01020.0075-0.00530.0097-0.00030.0169-51.4323-11.30320.0543
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 147
2X-RAY DIFFRACTION1C174 - 177
3X-RAY DIFFRACTION2B33 - 134
4X-RAY DIFFRACTION3A148 - 337
5X-RAY DIFFRACTION3B138 - 286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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