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万見
- PDB-6d8v: Methyl-accepting Chemotaxis protein X -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6d8v
タイトルMethyl-accepting Chemotaxis protein X
要素Probable chemoreceptor (Methyl-accepting chemotaxis) transmembrane protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MCP / Chemotaxis
機能・相同性
機能・相同性情報


chemotaxis / transmembrane signaling receptor activity / signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Methyl-accepting chemotaxis protein-like, first PDC sensor domain / : / Chemotaxis methyl-accepting receptor / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Methyl-accepting chemotaxis protein (MCP) signalling domain / Bacterial chemotaxis sensory transducers domain profile. / Methyl-accepting chemotaxis-like domains (chemotaxis sensory transducer). / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
1,1-DIMETHYL-PROLINIUM / Probable chemoreceptor (Methyl-accepting chemotaxis) transmembrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Shrestha, M. / Schubot, F.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1253234 米国
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Structure of the sensory domain of McpX fromSinorhizobium meliloti, the first known bacterial chemotactic sensor for quaternary ammonium compounds.
著者: Shrestha, M. / Compton, K.K. / Mancl, J.M. / Webb, B.A. / Brown, A.M. / Scharf, B.E. / Schubot, F.D.
履歴
登録2018年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable chemoreceptor (Methyl-accepting chemotaxis) transmembrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9843
ポリマ－28,7181
非ポリマー2662
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.040, 119.040, 121.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Probable chemoreceptor (Methyl-accepting chemotaxis) transmembrane protein


分子量: 28718.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (strain 1021) (根粒菌)
株: 1021 / 遺伝子: mcpX, SMc01104 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92SH9
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PBE / 1,1-DIMETHYL-PROLINIUM / PROLINE BETAINE / プロリンベタイン


分子量: 144.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H14NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.85 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.08M Sodium acetate 1.6M Ammonium sulfate 20% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→78.66 Å / Num. obs: 13433 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 15.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→78.63 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 638 5.01 %
Rwork0.2065 12088 -
obs0.2086 12726 97.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 184.79 Å2 / Biso mean: 95.5076 Å2 / Biso min: 42.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→78.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2012 0 30 2 2044
Biso mean--115.93 72.6 -
残基数----269
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052073
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7342814
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005369
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3091217
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8001-3.01630.36551260.35272382250899
3.0163-3.31980.28751250.25132390251598
3.3198-3.80020.27071270.2242399252698
3.8002-4.78780.20971270.16492423255098
4.7878-78.66070.22811330.19612494262794
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 43.8551 Å / Origin y: 55.7719 Å / Origin z: 126.2002 Å
111213212223313233
T0.2578 Å2-0.0153 Å2-0.0202 Å2-0.9854 Å2-0.0425 Å2--0.5535 Å2
L5.4596 °20.0197 °20.9705 °2-2.2136 °2-0.3566 °2--3.361 °2
S0.2491 Å °-0.8634 Å °0.3536 Å °0.1614 Å °-0.246 Å °-0.2243 Å °-0.1374 Å °0.3815 Å °0.0039 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA38 - 306
2X-RAY DIFFRACTION1allC2
3X-RAY DIFFRACTION1allB1
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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