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- PDB-3six: Crystal structure of NodZ alpha-1,6-fucosyltransferase soaked wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3six
タイトルCrystal structure of NodZ alpha-1,6-fucosyltransferase soaked with GDP-fucose
要素Nodulation fucosyltransferase NodZ
キーワードTRANSFERASE / family GT23 glycosyltransferase / GT-B fold / alfa1 / 6-fucosyltransferase / nodulation protein / chitooligosaccharide fucosylation / Nod Factor biosynthesis / nitrogen fixation / legume-rhizobium symbiosis
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide biosynthetic process / hexosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Nodulation protein Z / Nodulation protein Z (NodZ) / Glycosyltransferase family 23 (GT23) domain / Glycosyltransferase family 23 (GT23) domain profile. / Rossmann fold - #11340 / Rossmann fold - #11350 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Nodulation fucosyltransferase NodZ
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium sp. (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Brzezinski, K. / Dauter, Z. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structures of NodZ alpha-1,6-fucosyltransferase in complex with GDP and GDP-fucose
著者: Brzezinski, K. / Dauter, Z. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Acta Biochim.Pol. / 年: 2007
タイトル: High-resolution structure of NodZ fucosyltransferase involved in the biosynthesis of the nodulation factor
著者: Brzezinski, K. / Stepkowski, T. / Panjikar, S. / Bujacz, G. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structure and Mechanism of Helicobacter pylori Fucosyltransferase: A basis for lipopolysaccharide variation and inhibitor design
著者: Sun, H.Y. / Lin, S.W. / Ko, T.P. / Liu, C.L. / Wang, H.J. / Lin, C.H.
#3: ジャーナル: Glycobiology / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of human alpha 1,6-fucosyltransferase, FUT8
著者: Ihara, H. / Ikeda, Y. / Toma, S. / Wang, X. / Suzuki, T. / Gu, J. / Miyoshi, E. / Tsukihara, T. / Honke, K. / Matsumoto, A. / Nakagawa, A. / Taniguchi, N.
#4: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004
タイトル: Cloning, purification, crystallization and preliminary crystallographic studies of bradyrhizobium fucosyltransferase NodZ
著者: Brzezinski, K. / Rogozinski, B. / Stepkowski, T. / Bujacz, G. / Jaskolski, M.
#5: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997
タイトル: Bacterial nodulation protein NodZ is a chitin oligosaccharide fucosyltransferase which can also recognize related substrates of animal origin
著者: Quinto, C. / Wijfjes, A.H. / Bloemberg, G.V. / Blok-Tip, L. / Lopez-Lara, I.M. / Lugtenberg, B.J. / Thomas-Oates, J.E. / Spaink, H.P.
#6: ジャーナル: J. Bacteriol. / 年: 1997
タイトル: Rhizobium sp. strain NGR234 NodZ protein is a fucosyltransferase
著者: Quesada-Vincens, D. / Fellay, R. / Nasim, T. / Viprey, V. / Burger, U. / Prome, J.C. / Broughton, W.J. / Jabbouri, S.
履歴
登録2011年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation_author / software / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nodulation fucosyltransferase NodZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4034
ポリマ－37,8291
非ポリマー5743
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Nodulation fucosyltransferase NodZ
ヘテロ分子

A: Nodulation fucosyltransferase NodZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8058
ポリマ－75,6582
非ポリマー1,1476
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area3570 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area28050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.8, 128.8, 91.1
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Nodulation fucosyltransferase NodZ / NodZ alfa1 / 6-fucosyltransferase


分子量: 37828.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium sp. (根粒菌) / 株: WM9 / 遺伝子: nodZ / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL
参照: UniProt: Q9AQ17, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 350 mM potassium sodium tartrate 100 mM MES pH 6.5 50 mM MgCl2 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月24日
放射モノクロメーター: double crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 19194 / Num. obs: 19190 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 56.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 20.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.35-2.4310.10.6563.318780.733100
2.43-2.5310.20.4718700.812100
2.53-2.6510.20.33718720.947100
2.65-2.79100.25819021.069100
2.79-2.9610.60.18218771.089100
2.96-3.1910.90.1419041.392100
3.19-3.5110.90.11419201.115100
3.51-4.02110.10519321.168100
4.02-5.0611.60.07919551.02199.9
5.06-5010.80.04520801.02198.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SERGUIAPS beamline softwareデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HHC

2hhc


解像度: 2.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / WRfactor Rfree: 0.2731 / WRfactor Rwork: 0.22 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / FOM work R set: 0.8283 / SU B: 11.438 / SU ML: 0.144 / SU R Cruickshank DPI: 0.2828 / SU Rfree: 0.2299 / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS, U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2569 1030 5.4 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.2124 19194 --
obs0.2124 19048 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 114.08 Å2 / Biso mean: 56 Å2 / Biso min: 32.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å2-0.3 Å20 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3---0.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2345 0 34 82 2461
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222495
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021769
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4911.9673393
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8763.0014237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9785297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.44822.205127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.49315416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0941531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02561
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.861.51479
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1691.5582
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6712.52405
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.20351016
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.27910984
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.275 75
Rwork0.238 1294
all-1369
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5537-0.0605-0.01914.81721.26291.45780.0696-0.12780.17850.079-0.08140.331-0.051-0.15260.01180.00520.0072-0.02980.0881-0.03050.0571.510555.77093.2123
23.1741-2.2530.78193.9414-1.34983.2928-0.052-0.2512-0.08060.28230.0289-0.03880.0953-0.02960.0230.06030.0294-0.06630.0875-0.01230.067417.802332.13583.3641
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 149
2X-RAY DIFFRACTION2A150 - 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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