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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3siw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NodZ alpha-1,6-fucosyltransferase co-crystallized with GDP | ||||||
![]() | Nodulation fucosyltransferase NodZ | ||||||
![]() | TRANSFERASE / family GT23 glycosyltransferase / GT-B fold / alfa1 / 6-fucosyltransferase / nodulation protein / chitooligosaccharide fucosylation / Nod Factor biosynthesis / nitrogen fixation / legume-rhizobium symbiosis | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brzezinski, K. / Dauter, Z. / Jaskolski, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of NodZ alpha-1,6-fucosyltransferase in complex with GDP and GDP-fucose 著者: Brzezinski, K. / Dauter, Z. / Jaskolski, M. #1: ![]() タイトル: High-resolution structure of NodZ fucosyltransferase involved in the biosynthesis of the nodulation factor 著者: Brzezinski, K. / Stepkowski, T. / Panjikar, S. / Bujacz, G. / Jaskolski, M. #2: ![]() タイトル: Structure and Mechanism of Helicobacter pylori Fucosyltransferase: A basis for lipopolysaccharide variation and inhibitor design 著者: Sun, H.Y. / Lin, S.W. / Ko, T.P. / Liu, C.L. / Wang, H.J. / Lin, C.H. #3: ![]() タイトル: Crystal structure of human alpha 1,6-fucosyltransferase, FUT8 著者: Ihara, H. / Ikeda, Y. / Toma, S. / Wang, X. / Suzuki, T. / Gu, J. / Miyoshi, E. / Tsukihara, T. / Honke, K. / Matsumoto, A. / Nakagawa, A. / Taniguchi, N. #4: ![]() タイトル: Cloning, purification, crystallization and preliminary crystallographic studies of bradyrhizobium fucosyltransferase NodZ 著者: Brzezinski, K. / Rogozinski, B. / Stepkowski, T. / Bujacz, G. / Jaskolski, M. #5: ![]() タイトル: Bacterial nodulation protein NodZ is a chitin oligosaccharide fucosyltransferase which can also recognize related substrates of animal origin 著者: Quinto, C. / Wijfjes, A.H. / Bloemberg, G.V. / Blok-Tip, L. / Lopez-Lara, I.M. / Lugtenberg, B.J. / Thomas-Oates, J.E. / Spaink, H.P. #6: ![]() タイトル: Rhizobium sp. strain NGR234 NodZ protein is a fucosyltransferase 著者: Quesada-Vincens, D. / Fellay, R. / Nasim, T. / Viprey, V. / Burger, U. / Prome, J.C. / Broughton, W.J. / Jabbouri, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 143 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 111.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 784.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 787.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37828.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9AQ17, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-GDP / | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.88 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 400 mM KH2PO4 100 mM MES pH 6.5 5 mM MgCl2 2 mM GDP 1 mM Chitopentaose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月1日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(220) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.98→50 Å / Num. all: 30810 / Num. obs: 30783 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Χ2: 1.121 / Net I/σ(I): 16.6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2HHC 解像度: 1.98→46.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / WRfactor Rfree: 0.2293 / WRfactor Rwork: 0.1805 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.1 / FOM work R set: 0.8736 / SU B: 5.68 / SU ML: 0.085 / SU R Cruickshank DPI: 0.1309 / SU Rfree: 0.1317 / 交差検証法: R-FREE / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS, U VALUES: WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 89.07 Å2 / Biso mean: 32.892 Å2 / Biso min: 11.49 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→46.73 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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