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万見
- PDB-3se8: Crystal structure of broadly and potently neutralizing antibody V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3se8
タイトルCrystal structure of broadly and potently neutralizing antibody VRC03 in complex with HIV-1 gp120
要素
  • HIV-1 Clade AE strain 93TH057 gp120
  • Heavy chain of antibody VRC03
  • Light chain of antibody VRC03
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV / GP120 / ANTIBODY / VRC03 / NEUTRALIZATION / VACCINE / ENVELOPE GLYCOPROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.895 Å
データ登録者Kwong, P.D. / Zhou, T.
引用ジャーナル: Science / 年: 2011
タイトル: Focused evolution of HIV-1 neutralizing antibodies revealed by structures and deep sequencing.
著者: Wu, X. / Zhou, T. / Zhu, J. / Zhang, B. / Georgiev, I. / Wang, C. / Chen, X. / Longo, N.S. / Louder, M. / McKee, K. / O'Dell, S. / Perfetto, S. / Schmidt, S.D. / Shi, W. / Wu, L. / Yang, Y. / ...著者: Wu, X. / Zhou, T. / Zhu, J. / Zhang, B. / Georgiev, I. / Wang, C. / Chen, X. / Longo, N.S. / Louder, M. / McKee, K. / O'Dell, S. / Perfetto, S. / Schmidt, S.D. / Shi, W. / Wu, L. / Yang, Y. / Yang, Z.Y. / Yang, Z. / Zhang, Z. / Bonsignori, M. / Crump, J.A. / Kapiga, S.H. / Sam, N.E. / Haynes, B.F. / Simek, M. / Burton, D.R. / Koff, W.C. / Doria-Rose, N.A. / Connors, M. / Mullikin, J.C. / Nabel, G.J. / Roederer, M. / Shapiro, L. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R.
履歴
登録2011年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年10月5日Group: Database references
改定 1.22012年8月15日Group: Other
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42021年4月7日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity_src_gen
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: HIV-1 Clade AE strain 93TH057 gp120
H: Heavy chain of antibody VRC03
L: Light chain of antibody VRC03
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,10125
ポリマ－87,6533
非ポリマー3,44822
水11,584643
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.010, 70.259, 217.879
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Heavy chain of antibody VRC03


分子量: 25294.525 Da / 分子数: 1 / 断片: Antigen binding fragement of antibody heavy chain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Co-transfection of both heavy and light chain plasmids
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: antibody VRC03 heavy chain / プラスミド: CMVR derived plasmids for IgG1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain of antibody VRC03


分子量: 23146.795 Da / 分子数: 1 / 断片: antibody light chain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Co-transfection of both heavy and light chain plasmids
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: antibody VRC03 light chain / プラスミド: CMVR derived plasmids for IgG1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 G

#1: タンパク質 HIV-1 Clade AE strain 93TH057 gp120


分子量: 39211.434 Da / 分子数: 1 / 断片: Core gp120 with truncations / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: 93TH057 / 遺伝子: gp120 / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q0ED31*PLUS
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 654分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 9 % PEG 4000, 200 mM Li2SO4, 100 mM Tris/Cl-, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.895→50 Å / Num. all: 76674 / Num. obs: 69237 / % possible obs: 90.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_755)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.895→37.032 Å / SU ML: 0.56 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2328 3470 5.02 %RANDOM
Rwork0.1869 ---
obs0.1893 69130 90.21 %-
all-76632 --
溶媒の処理減衰半径: 0.89 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.82 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7272 Å20 Å2-0 Å2
2--2.6955 Å2-0 Å2
3----3.4227 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.895→37.032 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6052 0 210 643 6905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056424
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9718716
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.562340
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058977
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041099
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8946-1.92060.3744630.30991452X-RAY DIFFRACTION51
1.9206-1.9480.3626850.28791706X-RAY DIFFRACTION59
1.948-1.97710.3507980.26992032X-RAY DIFFRACTION71
1.9771-2.0080.34031210.24842228X-RAY DIFFRACTION76
2.008-2.04090.30231200.23682396X-RAY DIFFRACTION84
2.0409-2.07610.30131230.23852578X-RAY DIFFRACTION88
2.0761-2.11390.28331470.23342618X-RAY DIFFRACTION92
2.1139-2.15450.27351470.22292713X-RAY DIFFRACTION95
2.1545-2.19850.30321570.21442757X-RAY DIFFRACTION95
2.1985-2.24630.30121630.21152736X-RAY DIFFRACTION97
2.2463-2.29850.23841260.1982781X-RAY DIFFRACTION95
2.2985-2.3560.28391550.19942781X-RAY DIFFRACTION97
2.356-2.41970.27811330.20472765X-RAY DIFFRACTION95
2.4197-2.49090.26341500.21692763X-RAY DIFFRACTION95
2.4909-2.57120.30291570.2122754X-RAY DIFFRACTION96
2.5712-2.66310.26061580.20032803X-RAY DIFFRACTION97
2.6631-2.76970.26561350.19472793X-RAY DIFFRACTION96
2.7697-2.89570.26761520.19372812X-RAY DIFFRACTION96
2.8957-3.04830.23481430.18352803X-RAY DIFFRACTION96
3.0483-3.23920.25231420.18982853X-RAY DIFFRACTION96
3.2392-3.48910.21581670.19322828X-RAY DIFFRACTION97
3.4891-3.83990.2061510.17822886X-RAY DIFFRACTION98
3.8399-4.39480.191520.15092910X-RAY DIFFRACTION98
4.3948-5.5340.17911590.14152939X-RAY DIFFRACTION98
5.534-37.03870.22571660.19992973X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.77610.62520.86292.6435-0.20752.9362-0.0855-0.09690.1073-0.1284-0.0748-0.0513-0.33320.03260.15960.42160.03660.02750.2920.03360.188111.746432.8725-45.5744
22.26050.30420.14432.6612-0.89711.8881-0.00040.2189-0.1441-0.7281-0.1831-0.45790.57930.46020.04610.48090.12980.13210.22950.00350.130614.597510.0052-46.7129
32.02360.596-0.28333.2854-0.20813.6885-0.11040.16050.1068-0.2138-0.0320.127-0.1098-0.17840.13770.3250.0315-0.01030.2348-0.00620.1629-6.73747.0051-29.1768
45.6716-1.3236-2.91924.33151.53725.5917-0.215-0.26940.02830.19750.13690.28520.2326-0.2470.08340.3332-0.0274-0.00990.17440.03790.2806-27.7564-8.8758-2.9054
52.41010.6991-1.30492.2758-0.0183.89460.1421-0.12730.24030.1824-0.09750.0389-0.2135-0.0393-0.04620.2701-0.0097-0.0240.1525-0.0120.1753-0.911215.5559-7.9376
61.69650.39570.20584.09620.53861.3631-0.0381-0.223-0.21270.37190.1129-0.09610.1498-0.0242-0.06940.44090.020.02860.27460.06190.2204-15.7932-12.38157.7226
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain G and (resid 44:253 or resid 476:492)
2X-RAY DIFFRACTION2chain G and resid 254:475
3X-RAY DIFFRACTION3chain H and resid 1:113
4X-RAY DIFFRACTION4chain H and resid 114:214
5X-RAY DIFFRACTION5chain L and resid 1:109
6X-RAY DIFFRACTION6chain L and resid 110:213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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