PDB-3sba: Zn-mediated Hexamer of T4 Lysozyme R76H/R80H by Synthetic Symmetr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sba

タイトル

Zn-mediated Hexamer of T4 Lysozyme R76H/R80H by Synthetic Symmetrization

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / metal-mediated synthetic symmetrization / synthetic symmetrization

機能・相同性

機能・相同性情報

viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Soriaga, A.B. / Laganowsky, A. / Zhao, M. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
著者: Laganowsky, A. / Zhao, M. / Soriaga, A.B. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2011年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年11月2日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sba.cif.gz	370.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sba.ent.gz	302.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sba.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/3sba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/3sba	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sb5C 3sb6C 3sb7C 3sb8C 3sb9C 3sbbC 3serC 3sesC 3setC 3seuC 3sevC 3sewC 3sexC 3seyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kl1-d 5xyt-1 5t90-d 1q5o-1 4x0z-d 3u10-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Lysozyme

B: Lysozyme

C: Lysozyme

D: Lysozyme

E: Lysozyme

F: Lysozyme

ヘテロ分子

112 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.470, 137.780, 146.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lysozyme / Endolysin / Lysis protein / Muramidase 分子量: 18574.229 Da / 分子数: 6 / 変異: C54T, R76H, R80H, C97A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: E / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P00720, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.17M Ammonium Acetate, 0.085 Sodium Acetate Trihydrate, 25.5% PEG 4000, 15% Glycerol, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97949 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97949 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.75→19.765 Å / Num. obs: 29680 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 32.343 Å² / R_merge(I) obs: 0.219 / Net I/σ(I): 5.31

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.75-2.82		0.49	1.88	9008	3619	87.9
2.82-2.9		0.422	2.26	10051	3810	92.3
2.9-2.98		0.386	2.59	10801	3694	93.6
2.98-3.07		0.354	2.92	11510	3739	96.1
3.07-3.18		0.311	3.5	12055	3600	97.5
3.18-3.29		0.276	4.06	12630	3568	98
3.29-3.41		0.265	4.74	13095	3453	99.6
3.41-3.55		0.229	5.52	13373	3313	99.1
3.55-3.71		0.213	6.21	13674	3211	99.3
3.71-3.89		0.21	6.62	13605	3053	99.8
3.89-4.1		0.203	7.09	13591	2921	99.7
4.1-4.35		0.196	7.74	13305	2775	99.9
4.35-4.65		0.195	7.82	12749	2599	99.9
4.65-5.02		0.198	7.68	11936	2407	100
5.02-5.5		0.2	7.29	10881	2218	100
5.5-6.15		0.209	7.11	10024	2018	100
6.15-7.1		0.192	7.86	9155	1756	99.9
7.1-8.7		0.195	8.87	7672	1497	99.9
8.7-12.3		0.174	9.36	5851	1150	99.4
	12.3	0.179	9.25	2380	473	75.1

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.9 Å	62.56 Å
Translation	2.9 Å	62.56 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
PHENIX	1.7_650	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.75→19.765 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8147 / SU ML: 0.4 / σ(F): 2 / 位相誤差: 25.61 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2779	1485	5 %
R_work	0.2219	-	-
obs	0.2248	29680	98.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 12.803 Å² / k_sol: 0.333 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 166.89 Å² / B_iso mean: 35.3116 Å² / B_iso min: 1.45 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.6477 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.3257 Å²	0 Å²
3-	-	-	12.9733 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→19.765 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7762	0	4	4	7770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7899
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.601	10653
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1186
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1359
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.29	2951

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.75-2.8386	0.3975	127	0.3377	2407	2534	95
2.8386-2.9397	0.3319	131	0.2831	2495	2626	97
2.9397-3.057	0.3429	133	0.2619	2526	2659	99
3.057-3.1956	0.3404	133	0.2514	2516	2649	99
3.1956-3.3633	0.3095	134	0.2341	2541	2675	99
3.3633-3.5729	0.2998	134	0.2232	2559	2693	99
3.5729-3.8469	0.2506	136	0.2119	2571	2707	100
3.8469-4.2305	0.2388	136	0.1968	2588	2724	100
4.2305-4.8349	0.2632	136	0.1749	2593	2729	100
4.8349-6.0621	0.2337	139	0.2127	2643	2782	100
6.0621-19.766	0.2278	146	0.1939	2756	2902	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -1.9424 Å / Origin y: -0.2513 Å / Origin z: -1.3333 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0043 Å²	-0.0413 Å²	0.004 Å²	-	-0.0158 Å²	0.0405 Å²	-	-	-0.0031 Å²
L	0.0442 °²	0.0335 °²	0.0181 °²	-	0.0389 °²	-0.0126 °²	-	-	0.0175 °²
S	0.0008 Å °	0.0316 Å °	-0.0069 Å °	0.0358 Å °	0.056 Å °	-0.0618 Å °	0.0365 Å °	0.0507 Å °	0.0673 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	0 - 161
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	0 - 162
3	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	C	0 - 161
4	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	D	0 - 162
5	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	E	0 - 162
6	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	F	0 - 162

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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