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- PDB-3s8p: Crystal Structure of the SET Domain of Human Histone-Lysine N-Met... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s8p
タイトルCrystal Structure of the SET Domain of Human Histone-Lysine N-Methyltransferase SUV420H1 In Complex With S-Adenosyl-L-Methionine
要素Histone-lysine N-methyltransferase SUV420H1
キーワードTRANSFERASE / SET domain / histone methyltransferase / transcription regulation / histone lysine / SAM / methylation / nucleus / chromosome / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4K20me methyltransferase activity / [histone H4]-N-methyl-L-lysine20 N-methyltransferase / histone H4K20 monomethyltransferase activity / [histone H4]-lysine20 N-methyltransferase / histone H4K20 methyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / positive regulation of isotype switching / condensed chromosome, centromeric region / S-adenosyl-L-methionine binding / muscle organ development ...histone H4K20me methyltransferase activity / [histone H4]-N-methyl-L-lysine20 N-methyltransferase / histone H4K20 monomethyltransferase activity / [histone H4]-lysine20 N-methyltransferase / histone H4K20 methyltransferase activity / histone H4 methyltransferase activity / positive regulation of isotype switching / condensed chromosome, centromeric region / S-adenosyl-L-methionine binding / muscle organ development / histone methyltransferase activity / positive regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / PKMTs methylate histone lysines / methylation / DNA repair / chromatin binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Histone-lysine N-methyltransferase / KMT5B , SET domain / Suv4-20 family, animal / Histone-lysine N-methyltransferase Suv4-20/Set9 / Histone-lysine N-methyltransferase, N-terminal domain / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily ...Histone-lysine N-methyltransferase / KMT5B , SET domain / Suv4-20 family, animal / Histone-lysine N-methyltransferase Suv4-20/Set9 / Histone-lysine N-methyltransferase, N-terminal domain / Histone-lysine N-methyltransferase (EC 2.1.1.43) family profile. / Beta-clip-like / SET domain / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain superfamily / SET domain / SET domain profile. / SET domain / Beta Complex / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Histone-lysine N-methyltransferase KMT5B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Lam, R. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2013
タイトル: Crystal structures of the human histone H4K20 methyltransferases SUV420H1 and SUV420H2.
著者: Wu, H. / Siarheyeva, A. / Zeng, H. / Lam, R. / Dong, A. / Wu, X.H. / Li, Y. / Schapira, M. / Vedadi, M. / Min, J.
履歴
登録2011年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月15日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone-lysine N-methyltransferase SUV420H1
B: Histone-lysine N-methyltransferase SUV420H1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,6906
ポリマ－63,7622
非ポリマー9284
水4,864270
1
A: Histone-lysine N-methyltransferase SUV420H1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3453
ポリマ－31,8811
非ポリマー4642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Histone-lysine N-methyltransferase SUV420H1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3453
ポリマ－31,8811
非ポリマー4642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.424, 50.134, 74.839
Angle α, β, γ (deg.)100.990, 108.050, 89.760
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Histone-lysine N-methyltransferase SUV420H1 / Lysine N-methyltransferase 5B / Suppressor of variegation 4-20 homolog 1 / Su(var)4-20 homolog 1 / Suv4-20h1


分子量: 31881.123 Da / 分子数: 2 / 断片: SET domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGI-85, KMT5B, SUV420H1 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q4FZB7, histone-lysine N-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.0 M sodium formate, 0.1 M BisTris propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97904 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月11日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 52506 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 3.332 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.85-1.893.90.50934101.011196.8
1.89-1.943.90.35134761.06196.2
1.94-1.993.90.29834871.108197.1
1.99-2.053.90.2334291.158196.9
2.05-2.123.90.19334991.282197
2.12-2.193.90.15434991.323197.4
2.19-2.283.90.12335151.475197.6
2.28-2.393.90.10734681.656197.7
2.39-2.513.90.09435231.907197.9
2.51-2.673.90.08634932.355198.1
2.67-2.873.90.07235213198.4
2.87-3.163.90.06135434.452198.6
3.16-3.623.90.04835535.118198.9
3.62-4.563.90.04335536.346199.1
4.56-503.90.058353716.324199.3

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.85 Å / D res low: 36.86 Å / FOM acentric: 0.393 / FOM centric: 0 / Reflection acentric: 52474 / Reflection centric: 0
Phasing MAD set
IDR cullis acentricR cullis centric最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Reflection acentricReflection centric
ISO_1001.8536.86524740
ANO_10.64901.8536.86523870
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricReflection acentricReflection centric
ISO_18.08-36.86006300
ISO_15.78-8.080010990
ISO_14.74-5.780014410
ISO_14.12-4.740016640
ISO_13.69-4.120019080
ISO_13.37-3.690020790
ISO_13.12-3.370022480
ISO_12.92-3.120024330
ISO_12.75-2.920026030
ISO_12.61-2.750027280
ISO_12.49-2.610028450
ISO_12.39-2.490029790
ISO_12.29-2.390031240
ISO_12.21-2.290031630
ISO_12.14-2.210033660
ISO_12.07-2.140034510
ISO_12.01-2.070035030
ISO_11.95-2.010036290
ISO_11.9-1.950037650
ISO_11.85-1.90038160
ANO_18.08-36.860.3106180
ANO_15.78-8.080.295010970
ANO_14.74-5.780.336014410
ANO_14.12-4.740.369016630
ANO_13.69-4.120.407019070
ANO_13.37-3.690.417020780
ANO_13.12-3.370.453022440
ANO_12.92-3.120.486024300
ANO_12.75-2.920.528026020
ANO_12.61-2.750.584027250
ANO_12.49-2.610.642028430
ANO_12.39-2.490.706029750
ANO_12.29-2.390.778031220
ANO_12.21-2.290.828031600
ANO_12.14-2.210.875033620
ANO_12.07-2.140.904034430
ANO_12.01-2.070.936034980
ANO_11.95-2.010.958036200
ANO_11.9-1.950.969037570
ANO_11.85-1.90.987038020
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
10.256-0.1840.907SE25.141.67
29.70324.761-11.4SE24.891.56
34.57917.79-25.377SE32.541.52
4-7.663-7.7666.304SE36.651.37
517.55717.029-16.564SE34.831.3
625.50512.03-18.202SE38.051.01
75.62-6.93814.724SE44.531.31
8-15.698-11.7178.181SE54.20.89
91.78916.478-7.298SE40.270.79
108.105-8.716-3.053SE42.880.76
1121.473-6.376-3.012SE23.850.52
12-11.53518.85-7.743SE27.090.57
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM acentricFOM centricReflection acentricReflection centric
8.08-36.860.64206300
5.78-8.080.631010990
4.74-5.780.599014410
4.12-4.740.579016640
3.69-4.120.561019080
3.37-3.690.56020790
3.12-3.370.562022480
2.92-3.120.546024330
2.75-2.920.53026030
2.61-2.750.493027280
2.49-2.610.47028450
2.39-2.490.437029790
2.29-2.390.39031240
2.21-2.290.362031630
2.14-2.210.316033660
2.07-2.140.282034510
2.01-2.070.245035030
1.95-2.010.224036290
1.9-1.950.202037650
1.85-1.90.174038160
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 52473
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.62-10058.90.868522
6.54-8.6254.80.92680
5.48-6.5454.80.936845
4.81-5.4851.20.938987
4.33-4.8152.80.9431114
3.98-4.3353.70.951217
3.7-3.9853.70.9431309
3.47-3.754.50.9351415
3.28-3.4754.30.9361449
3.12-3.2855.60.9221566
2.98-3.1257.90.9161655
2.85-2.9855.70.9151705
2.74-2.8555.90.9111800
2.65-2.7456.80.9091842
2.56-2.6557.90.9011907
2.48-2.56580.9031996
2.41-2.48590.9032021
2.34-2.4163.90.9092069
2.28-2.3463.10.9072140
2.22-2.2864.50.9062216
2.17-2.2266.30.9072258
2.12-2.1768.40.9042287
2.08-2.1269.40.912350
2.03-2.0872.80.9092395
1.99-2.0373.20.92451
1.95-1.9976.90.92481
1.92-1.9576.10.8982504
1.88-1.9279.70.8722620
1.85-1.8881.50.7992672

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法6.1位相決定
REFMACrefmac_5.6.0081精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MxDCデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→33.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU B: 4.654 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2116 2672 5.1 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.1882 52470 97.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.67 Å2 / Biso mean: 34.4083 Å2 / Biso min: 17.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20.01 Å20.02 Å2
2---0.06 Å20.04 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→33.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3700 0 56 270 4026
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223849
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2411.9675188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7685475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.86724.55189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.04815667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4081522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2554
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022933
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 213 -
Rwork0.246 3600 -
all-3813 -
obs--96.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.252-0.3530.27350.6402-0.27110.71290.0126-0.17880.04270.00050.026-0.00090.0033-0.0154-0.03850.0327-0.0084-0.00090.0315-0.00170.01545.45844.27.46
20.9920.27040.32680.76950.63761.06060.01210.12070.0337-0.02130.006-0.0267-0.0520.0116-0.01810.0330.00760.00680.01660.00640.01055.1718.926-18.509
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A72 - 334
2X-RAY DIFFRACTION2B71 - 333

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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