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- PDB-1br5: RICIN A CHAIN (RECOMBINANT) COMPLEX WITH NEOPTERIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1br5
タイトルRICIN A CHAIN (RECOMBINANT) COMPLEX WITH NEOPTERIN
要素PROTEIN (RICIN)
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / AMP binding / defense response / toxin activity / carbohydrate binding / killing of cells of another organism / negative regulation of translation
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Ricinus communis (トウゴマ)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Day, P. / Yan, X. / Hollis, T. / Svinth, M. / Monzingo, A.F. / Milne, G.W.A. / Robertus, J.D.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure-based identification of a ricin inhibitor.
著者: Yan, X. / Hollis, T. / Svinth, M. / Day, P. / Monzingo, A.F. / Milne, G.W. / Robertus, J.D.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993
タイトル: The Structure of Recombinant Ricin a Chain at 2.3 Angstroms
著者: Mlsna, D. / Monzingo, A.F. / Katzin, B.J. / Ernst, S. / Robertus, J.D.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1991
タイトル: Structure of Ricin A-Chain at 2.5 Angstroms
著者: Katzin, B.J. / Collins, E.J. / Robertus, J.D.
履歴
登録1998年8月26日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (RICIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1902
ポリマ－29,9371
非ポリマー2531
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.810, 68.790, 50.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.83, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (RICIN) / E.C.3.2.2.22 / RTA


分子量: 29936.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ricinus communis (トウゴマ) / 器官: SEED / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02879, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物 ChemComp-NEO / NEOPTERIN / D-モナプテリン


分子量: 253.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11N5O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化pH: 8.9 / 詳細: pH 8.9
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Robertus, J.D., (1987) J. Biol. Chem., 262, 19.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12-2.5 mg/mlprotein1drop
275 mMTris-HCl1reservoir
31 mMEDTA1reservoir
410 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年12月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→20 Å / Num. obs: 11996 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.0717 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.24→2.41 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 75

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
UCSD-systemデータ削減
UCSD-systemデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: PDB ENTRY 1RTC

1rtc


解像度: 2.5→10 Å / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.194 --
obs0.194 8854 96.3 %
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 0 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2114 0 18 55 2187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.255
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.95
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.377
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it22
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.52
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it22.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.61 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.242 1038 -
obs--91.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM.WATTOPH.WAT
X-RAY DIFFRACTION3PARAM.N2TOPH.N2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.95
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.377
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it1.52
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it22
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it22.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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