[日本語] English
万見
- PDB-3s42: Crystal Structure of the 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) from... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s42
タイトルCrystal Structure of the 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) from Salmonella enterica Typhimurium LT2 with Malonate and Boric Acid at the Active Site
要素3-dehydroquinate dehydratase
キーワードLYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


3,4-dihydroxybenzoate biosynthetic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
: / 3-dehydroquinate dehydratase, active site / Dehydroquinase class I active site. / 3-dehydroquinate dehydratase type I / Type I 3-dehydroquinase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BORIC ACID / IMIDAZOLE / MALONIC ACID / NICKEL (II) ION / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Light, S.H. / Minasov, G. / Duban, M.-E. / Halavaty, A.S. / Krishna, S.N. / Shuvalova, L. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) from Salmonella enterica Typhimurium LT2 with Malonate and Boric Acid at the Active Site
著者: Light, S.H. / Minasov, G. / Duban, M.-E. / Halavaty, A.S. / Krishna, S.N. / Shuvalova, L. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2011年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年10月29日Group: Structure summary
改定 1.32015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: 3-dehydroquinate dehydratase
A: 3-dehydroquinate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,06913
ポリマ－60,2032
非ポリマー86711
水10,142563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area20960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.562, 72.569, 171.353
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type I DHQase


分子量: 30101.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: aroD, STM1358 / プラスミド: MCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P58687, 3-dehydroquinate dehydratase

-
非ポリマー , 6種, 574分子

#2: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物 ChemComp-BO3 / BORIC ACID / ほう酸


分子量: 61.833 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BH3O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.85 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.5 M Sodium Chloride, 0.010 M Tris-HCl, Qiagen PACT B2, 0.1 M MIB Buffer (containing 0.025 M Sodium Malonate, 0.037 M Boric Acid, 0.025 M Imidazole), 25% (w/v) PEG 1500, pH 5.5, VAPOR ...詳細: 0.5 M Sodium Chloride, 0.010 M Tris-HCl, Qiagen PACT B2, 0.1 M MIB Buffer (containing 0.025 M Sodium Malonate, 0.037 M Boric Acid, 0.025 M Imidazole), 25% (w/v) PEG 1500, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月21日 / 詳細: Beryllium lens
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30 Å / Num. all: 81850 / Num. obs: 81850 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.276 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3L20

3l20


解像度: 1.45→28.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.035 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17527 4091 5 %RANDOM
Rwork0.14352 ---
obs0.14515 77604 99.63 %-
all-77604 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.752 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å20 Å20 Å2
2--1.49 Å20 Å2
3----0.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→28.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4026 0 48 563 4637
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0224759
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023119
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.21.9636494
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05637704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6125643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.53124.65200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.53315857
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8841529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02927
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4941.53026
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.551.51220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.29324943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.39731733
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2254.51545
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 289 -
Rwork0.179 5399 -
obs--96.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50540.15630.23380.44580.06010.5066-0.04230.03740.0693-0.0227-0.01070.0299-0.0789-0.00790.0530.0184-0.0011-0.00030.016-0.00840.03797.12379.30735.3344
20.8298-0.18580.00571.28010.12410.9283-0.0318-0.07720.00630.06050.0521-0.0234-0.02870.0703-0.02040.0064-0.0023-0.00080.0326-0.00690.027817.02424.553514.4212
30.3575-0.1005-0.14530.33040.17410.8425-0.0051-0.0018-0.00950.02730.0013-0.00630.07370.00830.00380.00770.0008-0.00020.0002-0.00060.02359.7103-8.11382.4793
40.74450.2750.08281.6782-0.23881.39080.03840.04240.0298-0.0232-0.0417-0.0898-0.03770.04090.00330.02540.00930.00490.0091-0.0020.03610.96076.3723-8.3592
50.59480.17650.21250.2398-0.24690.91650.0221-0.05150.10810.0466-0.02740.0054-0.10770.11550.00530.0945-0.00010.01450.07410.00150.092612.12917.0148-41.4054
61.6481-0.14010.34450.9057-0.12121.22280.0330.15440.06110.0104-0.00070.0574-0.0506-0.0932-0.03230.02870.02810.01750.04760.01490.02761.65315.4063-46.3481
70.4249-0.0057-0.01510.1765-0.18431.47810.0342-0.0366-0.0249-0.029-0.0035-0.00990.1283-0.004-0.03070.0187-0.0055-0.00220.00530.0030.01258.3455-6.9902-35.3454
82.63590.4221.37721.51020.19323.5379-0.08690.0043-0.0535-0.06660.09590.0611-0.3686-0.0631-0.00890.06740.01140.01450.0254-0.00880.03857.28439.5866-24.4425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-7 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2A45 - 102
3X-RAY DIFFRACTION3A103 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4A209 - 252
5X-RAY DIFFRACTION5B-23 - 47
6X-RAY DIFFRACTION6B48 - 91
7X-RAY DIFFRACTION7B92 - 228
8X-RAY DIFFRACTION8B229 - 252

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る