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- PDB-4xf6: myo-inositol 3-kinase bound with its products (ADP and 1D-myo-ino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xf6
タイトルmyo-inositol 3-kinase bound with its products (ADP and 1D-myo-inositol 3-phosphate)
要素Carbohydrate/pyrimidine kinase, PfkB family
キーワードTRANSFERASE / ribokinase / product complex
機能・相同性
機能・相同性情報


kinase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 1,2,3,4,5,6-HEXAHYDROXY-CYCLOHEXANE / IODIDE ION / L-MYO-INOSITOL-1-PHOSPHATE / Carbohydrate/pyrimidine kinase, PfkB family
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus kodakaraensis KOD1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Nagata, R. / Fujihashi, M. / Miki, K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure and Product Analysis of an Archaeal myo-Inositol Kinase Reveal Substrate Recognition Mode and 3-OH Phosphorylation
著者: Nagata, R. / Fujihashi, M. / Sato, T. / Atomi, H. / Miki, K.
履歴
登録2014年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22015年6月24日Group: Database references
改定 1.32018年3月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / diffrn_source / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.pdbx_collection_date ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carbohydrate/pyrimidine kinase, PfkB family
B: Carbohydrate/pyrimidine kinase, PfkB family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,42926
ポリマ－60,6842
非ポリマー3,74524
水1,06359
1
A: Carbohydrate/pyrimidine kinase, PfkB family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,69017
ポリマ－30,3421
非ポリマー2,34816
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area440 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11580 Å2
手法PISA
2
B: Carbohydrate/pyrimidine kinase, PfkB family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7399
ポリマ－30,3421
非ポリマー1,3978
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area450 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area11760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.364, 81.255, 82.046
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Carbohydrate/pyrimidine kinase, PfkB family / myo-inositol 3-kinase


分子量: 30341.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus kodakaraensis KOD1 (古細菌)
株: KOD1 / 遺伝子: TK2285 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JDA3, EC: 2.7.1.64

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非ポリマー , 7種, 83分子

#2: 化合物 ChemComp-LIP / L-MYO-INOSITOL-1-PHOSPHATE


分子量: 258.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11O9P
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-INS / 1,2,3,4,5,6-HEXAHYDROXY-CYCLOHEXANE / MYO-INOSITOL / イノシト-ル


分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O6
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, NH4I

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 31830 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 21.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3W4S

3w4s


解像度: 2.08→40.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 11.91 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2502 1587 5 %RANDOM
Rwork0.2029 30192 --
obs0.2052 30192 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.66 Å2 / Biso mean: 43.312 Å2 / Biso min: 20.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.23 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.35 Å2-0 Å2
3---1.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.08→40.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4201 0 131 59 4391
Biso mean--35.55 34.79 -
残基数----546
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194437
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6512.0116054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80439572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7835552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.44123.859184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.28815697
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7681525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214941
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02980
LS精密化 シェル解像度: 2.076→2.13 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 101 -
Rwork0.26 2166 -
all-2267 -
obs--98.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0362-1.28110.64834.96480.12682.37970.23510.0868-0.26850.3126-0.00990.06790.08830.2921-0.22520.057-0.0012-0.02560.2428-0.01720.03721.674368.25842.1846
22.92611.55711.51456.27742.70362.8686-0.1235-0.00130.27070.24460.09880.06690.18130.03750.02460.03610.008-0.02440.2537-0.00460.031713.315841.6919-18.4348
32.0973-0.5012-0.78277.17531.53734.6387-0.0496-0.0562-0.16460.7869-0.00511.05520.1137-0.33040.05480.107-0.0020.14950.26950.0070.218310.497572.74029.216
43.18840.00640.49324.96541.46374.3667-0.09730.1540.4738-0.03950.07710.3575-0.63750.05130.02020.1518-0.01170.02650.20650.04250.14416.249588.59545.3098
50-0-0000-0-0-0.0001-0-0-00.0001-000.3619-0.20460.14520.75560.09760.4423.358248.6243-34.2782
600000000000000-00.16280.0708-0.17370.3521-0.22480.541321.116158.4743-5.0539
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 76
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 273
3X-RAY DIFFRACTION2B301 - 303
4X-RAY DIFFRACTION3A77 - 161
5X-RAY DIFFRACTION3A301 - 303
6X-RAY DIFFRACTION4A162 - 273
7X-RAY DIFFRACTION5I501
8X-RAY DIFFRACTION6I505

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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