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万見
- PDB-3s3f: Crystal Structure of the catalytic domain of PTP10D from Drosophi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s3f
タイトルCrystal Structure of the catalytic domain of PTP10D from Drosophila melanogaster with a small molecule inhibitor Vanadate
要素Tyrosine-protein phosphatase 10D
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Differentiation / Neurogenesis / Signal transduction / Developmental Protein / Hydrolase / Protein Phosphatase / Protein Tyrosine Phosphatase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-cell signaling via exosome / branching involved in open tracheal system development / open tracheal system development / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Neutrophil degranulation / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / motor neuron axon guidance / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / long-term memory ...cell-cell signaling via exosome / branching involved in open tracheal system development / open tracheal system development / negative regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / Neutrophil degranulation / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / motor neuron axon guidance / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / long-term memory / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / axon guidance / central nervous system development / apical part of cell / axon / signal transduction / membrane
類似検索 - 分子機能
PTPRJ, transmembrane domain / TM proximal of protein tyrosine phosphatase, receptor type J / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic ...PTPRJ, transmembrane domain / TM proximal of protein tyrosine phosphatase, receptor type J / : / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-BUTANOL / 1,4-BUTANEDIOL / ISOPROPYL ALCOHOL / VANADATE ION / Tyrosine-protein phosphatase 10D
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Madan, L.L. / Gopal, B.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Conformational basis for substrate recruitment in protein tyrosine phosphatase 10D
著者: Madan, L.L. / Gopal, B.
履歴
登録2011年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月3日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein phosphatase 10D
B: Tyrosine-protein phosphatase 10D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3658
ポリマ－71,8912
非ポリマー4736
水1,62190
1
A: Tyrosine-protein phosphatase 10D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1404
ポリマ－35,9461
非ポリマー1943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Tyrosine-protein phosphatase 10D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2254
ポリマ－35,9461
非ポリマー2793
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.070, 103.070, 173.401
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 21 - 305 / Label seq-ID: 21 - 305

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tyrosine-protein phosphatase 10D / Receptor-linked protein-tyrosine phosphatase 10D / DPTP10D


分子量: 35945.633 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1250-1533 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Central Nervous System
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG1817, Ptp10D / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35992, protein-tyrosine-phosphatase

-
非ポリマー , 5種, 96分子

#2: 化合物 ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL / ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#3: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION


分子量: 114.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#5: 化合物 ChemComp-BU1 / 1,4-BUTANEDIOL / 1,4-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG 4000, 120mM Citrate, 10% iso-propanol, 10% n-Butanol, 10% 1,4-Butanediol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月29日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45 Å / Num. obs: 29943 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 44.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.435 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 25051 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3S3E

3s3e


解像度: 2.7→39.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.868 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / SU B: 21.857 / SU ML: 0.213 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.308 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27177 1514 5.1 %RANDOM
Rwork0.23813 ---
all0.23982 28357 --
obs0.23982 28357 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 38.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→39.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4684 0 29 90 4803
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224843
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2611.9276561
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8855570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.81122.731260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.8215777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1341549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2681
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3571.52864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.71124646
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.26431979
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0624.51915
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1108medium positional0.360.5
1157loose positional0.735
1108medium thermal0.452
1157loose thermal0.6810
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 114 -
Rwork0.247 2048 -
obs--99.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20740.34690.06851.0039-0.01713.2735-0.00720.05390.00020.02240.03720.01240.1267-0.1521-0.030.0164-0.0056-0.01860.00710.00010.0762-35.032613.66522.6173
21.3783-0.162-0.34841.2144-0.09262.18240.0270.1949-0.0282-0.17340.0309-0.0160.0901-0.0686-0.05780.0452-0.02030.00190.07230.00650.0711-9.695633.6193-2.3484
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A19 - 305
2X-RAY DIFFRACTION2B21 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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