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- PDB-3s1x: Transaldolase from Thermoplasma acidophilum in complex with D-sed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s1x
タイトルTransaldolase from Thermoplasma acidophilum in complex with D-sedoheptulose 7-phosphate Schiff-base intermediate
要素Probable transaldolase
キーワードTRANSFERASE / ALPHA-BETA BARREL / CONFORMATIONAL SELECTION / DOMAIN SWAPPING
機能・相同性
機能・相同性情報


transaldolase / transaldolase activity / aldehyde-lyase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transaldolase type 3B, putative / Transaldolase type 3B/Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase, archaeal/bacterial / Transaldolase active site. / Transaldolase, active site / Transaldolase signature 1. / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...Transaldolase type 3B, putative / Transaldolase type 3B/Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase, archaeal/bacterial / Transaldolase active site. / Transaldolase, active site / Transaldolase signature 1. / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-ALTRO-HEPT-2-ULOSE 7-PHOSPHATE / Probable transaldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Lehwess-Litzmann, A. / Neumann, P. / Parthier, C. / Tittmann, K.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Twisted Schiff base intermediates and substrate locale revise transaldolase mechanism.
著者: Lehwess-Litzmann, A. / Neumann, P. / Parthier, C. / Ludtke, S. / Golbik, R. / Ficner, R. / Tittmann, K.
履歴
登録2011年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月7日Group: Database references
改定 1.22011年9月14日Group: Non-polymer description
改定 1.32011年10月5日Group: Database references
改定 1.42019年9月4日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: reflns / struct_conn
Item: _reflns.pdbx_Rsym_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable transaldolase
B: Probable transaldolase
C: Probable transaldolase
D: Probable transaldolase
E: Probable transaldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,92410
ポリマ－122,4735
非ポリマー1,4515
水21,7981210
1
A: Probable transaldolase
B: Probable transaldolase
C: Probable transaldolase
D: Probable transaldolase
E: Probable transaldolase
ヘテロ分子

A: Probable transaldolase
B: Probable transaldolase
C: Probable transaldolase
D: Probable transaldolase
E: Probable transaldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,84720
ポリマ－244,94510
非ポリマー2,90210
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area47650 Å2
ΔGint-283 kcal/mol
Surface area77000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)148.579, 172.802, 100.362
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-782-

HOH

21C-949-

HOH

31C-1225-

HOH

41E-386-

HOH

51E-647-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Probable transaldolase


分子量: 24494.545 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性)
株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165
遺伝子: Ta0616, tal / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: Q9HKI3, transaldolase
#2: 化合物
ChemComp-I22 / D-ALTRO-HEPT-2-ULOSE 7-PHOSPHATE / 7-O-PHOSPHONO-D-ALTRO-HEPT-2-ULOSE / SEDOHEPTULOSE 7-PHOSPHATE / セドヘプツロ-ス7-りん酸


分子量: 290.162 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H15O10P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1210 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE GENE WAS CLONED FROM AUTHENTIC DNA DERIVED FROM WILD-TYPE THERMOPLASMA ACIDOPHILUM.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 6000, GOL, pH 4.5, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→19.916 Å / Num. all: 152106 / Num. obs: 152106 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 31.346 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 26.93
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.65-1.750.5092.82902002422398
1.75-1.850.3034.66722261939998.3
1.85-1.950.1797.75582531566998.6
1.95-2.050.10812.25475481277098.5
2.05-2.540.04725.451400353771399
2.54-3.030.02445.32637101732099.3
3.03-3.520.01761.8332911899299
3.52-4.010.01475.2918857516498.9
4.01-4.50.01386.4711586316498.9
4.5-100.01290.1925609708098.5
10-200.01193.94203561290.9
20-30
30

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.5_2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3S0C

3s0c


解像度: 1.65→19.916 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.04 / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / 位相誤差: 20.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1975 7607 5 %RANDOM
Rwork0.1674 ---
obs0.1689 152094 98.63 %-
all-152094 --
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.375 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 94.65 Å2 / Biso mean: 31.8447 Å2 / Biso min: 12.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.9311 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.1296 Å2-0 Å2
3----2.8015 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.916 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8595 0 85 1210 9890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099042
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.33512322
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761497
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061556
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6733376
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.66870.32292490.26694697494698
1.6687-1.68840.28962480.25174726497498
1.6884-1.70890.24712530.2324793504698
1.7089-1.73060.25692490.22814730497998
1.7306-1.75330.24222500.22154764501498
1.7533-1.77730.27212510.21684752500399
1.7773-1.80270.26392500.21644754500498
1.8027-1.82960.24262510.20384778502998
1.8296-1.85820.21042510.1944768501998
1.8582-1.88860.24882520.19534782503499
1.8886-1.92110.2392520.18274789504199
1.9211-1.95610.21972520.18194783503599
1.9561-1.99360.21032520.18274796504899
1.9936-2.03430.23512530.17964804505799
2.0343-2.07850.20042530.17544804505799
2.0785-2.12680.22782520.17044794504699
2.1268-2.17990.21822540.16924815506999
2.1799-2.23880.21722540.1564834508899
2.2388-2.30460.20082540.16114819507399
2.3046-2.37880.19932540.16134840509499
2.3788-2.46370.19692540.16054812506699
2.4637-2.56210.18012570.15854882513999
2.5621-2.67850.21612540.15854828508299
2.6785-2.81930.19192560.1644869512599
2.8193-2.99540.19562570.15784876513399
2.9954-3.22580.17482560.15664873512999
3.2258-3.54880.19192580.15544893515199
3.5488-4.05850.15692570.13714892514999
4.0585-5.09910.15572600.12894944520499
5.0991-19.91780.17972640.17284996526097
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37420.1822-0.0220.1345-0.0180.7066-0.20020.1917-0.33280.13830.1057-0.02260.6394-0.17350.08760.3928-0.03140.04050.2172-0.09370.26666.4587-71.7563-1.5941
20.3018-0.10950.17870.31340.02950.19920.04110.1525-0.0425-0.1546-0.0771-0.0715-0.00360.20870.03780.226-0.01140.07260.34160.03480.202717.6629-30.6862-9.961
30.4776-0.0760.35890.0673-0.14860.37840.08710.16950.35760.0191-0.1069-0.3107-0.2810.05490.01430.39960.08560.07890.16990.11180.3501-10.2018-5.062310.5787
40.66570.04930.33220.14640.13030.2843-0.0107-0.21610.50840.04580.02530.2118-0.2581-0.17960.01880.16960.10230.01030.2554-0.02710.3108-38.3067-29.829632.1336
50.21840.16970.27860.42810.33710.55760.1243-0.33480.01380.2033-0.24190.53690.0215-0.38790.0780.1705-0.07120.01930.3027-0.03590.4161-28.1251-71.071324.6961
60.63150.1191-0.38280.61770.07050.6504-0.2140.4263-0.4748-0.57540.1301-0.03180.5986-0.00990.09590.58020.0330.10450.354-0.19850.368412.0456-75.6608-10.7588
71.72830.06560.08170.8412-0.34830.34070.07720.91780.007-0.4641-0.1074-0.27220.05220.36640.12050.26860.00010.11760.59290.11450.166420.7097-22.1765-17.1513
80.44030.0506-0.00670.4971-0.12950.24510.06990.01350.5314-0.3309-0.0913-0.4081-0.5967-0.14750.04470.66880.0950.00570.13490.04870.3922-17.39893.931610.8245
90.35010.33720.31430.77640.08370.47170.1512-0.5350.43640.1958-0.12070.5435-0.2212-0.49390.03070.21480.13640.00930.501-0.10620.4401-49.0387-32.545135.2144
100.51350.4638-0.56711.3326-0.16121.02170.02860.0092-0.43570.0201-0.09910.55530.2164-0.78350.08580.2565-0.1660.00670.3631-0.01720.5224-30.8702-81.841421.9566
111.0530.1306-0.29861.0899-0.35450.66240.00730.1975-0.0827-0.2371-0.0213-0.02680.10110.01320.0110.17670.01460.00060.2013-0.04260.13479.1854-56.6824-2.1393
120.8656-0.1992-0.00850.92910.08820.73920.07120.19650.1351-0.068-0.0587-0.0221-0.17910.0532-0.01560.20850.00290.02810.19820.03910.15447.3244-23.6223-0.9597
130.3982-0.0452-0.06020.7990.14980.56750.01520.00510.1271-0.0497-0.01730.0689-0.1915-0.06770.00180.23310.06950.01960.14430.02170.1896-18.4764-15.680918.3048
140.46170.17530.01430.6363-0.120.62820.0318-0.0395-0.0181-0.0412-0.00970.0842-0.0169-0.1631-0.02370.10160.0323-0.0040.20330.01440.1622-32.265-43.771828.9931
150.5932-0.3379-0.00420.67240.08780.76310.04340.0593-0.1484-0.0338-0.05720.09730.1097-0.12940.00960.1188-0.0168-0.02940.1523-0.02730.2028-15.3399-69.098516.1978
160.4947-0.17590.0660.3-0.03450.46140.2066-0.212-0.59570.2293-0.1740.29770.4691-0.1311-0.02040.3275-0.0729-0.05170.2119-0.02610.5103-14.5514-86.335521.249
170.8731-0.2822-0.29670.5527-0.15750.3963-0.060.5218-0.2109-0.1767-0.1625-0.23630.22230.18640.10090.27250.05520.10210.4203-0.10740.270624.2552-64.0699-8.0517
180.54630.2136-0.39080.7801-0.45570.5245-0.00630.20520.3379-0.1317-0.0111-0.2614-0.42160.1186-0.0630.4104-0.10590.07760.29030.12070.301319.6437-11.1308-4.2739
190.1629-0.01190.00450.1897-0.1440.13340.0009-0.1150.3606-0.1024-0.10510.1753-0.4713-0.15740.0830.48610.13370.00390.2484-0.0650.4278-21.8559-0.860726.8018
200.15050.1688-0.13840.4579-0.08880.27950.1164-0.29050.08330.1950.01070.2269-0.0218-0.5603-0.08860.17610.0220.0540.51640.02170.2732-43.1253-46.55142.7415
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 1:33)A1 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B AND (RESID 1:33)B1 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C AND (RESID 1:33)C1 - 33
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D AND (RESID 1:33)D1 - 33
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E AND (RESID 1:33)E1 - 33
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 34:55)A34 - 55
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND (RESID 34:55)B34 - 55
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN C AND (RESID 34:55)C34 - 55
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN D AND (RESID 34:55)D34 - 55
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN E AND (RESID 34:55)E34 - 55
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN A AND (RESID 56:198)A56 - 198
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 56:198)B56 - 198
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND (RESID 56:198)C56 - 198
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN D AND (RESID 56:198)D56 - 198
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN E AND (RESID 56:198)E56 - 198
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN A AND (RESID 199:230)A199 - 230
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN B AND (RESID 199:230)B199 - 230
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN C AND (RESID 199:230)C199 - 230
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN D AND (RESID 199:230)D199 - 230
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN E AND (RESID 199:230)E199 - 230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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