PDB-3s1v: Transaldolase from Thermoplasma acidophilum in complex with D-fru...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s1v

タイトル

Transaldolase from Thermoplasma acidophilum in complex with D-fructose 6-phosphate Schiff-base intermediate

要素

Probable transaldolase

キーワード

TRANSFERASE / ALPHA-BETA BARREL / CONFORMATIONAL SELECTION / DOMAIN SWAPPING

機能・相同性

機能・相同性情報

transaldolase / transaldolase activity / aldehyde-lyase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoplasma acidophilum (好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Lehwess-Litzmann, A. / Neumann, P. / Parthier, C. / Tittmann, K.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Twisted Schiff base intermediates and substrate locale revise transaldolase mechanism.
著者: Lehwess-Litzmann, A. / Neumann, P. / Parthier, C. / Ludtke, S. / Golbik, R. / Ficner, R. / Tittmann, K.

履歴

登録	2011年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2011年10月5日	Group: Database references
改定 1.3	2019年9月4日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: reflns / struct_conn Item: _reflns.pdbx_Rsym_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s1v.cif.gz	459 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s1v.ent.gz	379.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s1v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3s1v_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s1v_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	3s1v_validation.xml.gz	52.2 KB	表示
CIF形式データ	3s1v_validation.cif.gz	74 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/3s1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/3s1v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s0cSC 3s1uC 3s1wC 3s1xC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yrm-1 3s1w-1 3s1x-1 6yrh-1 6yre-1 6yrt-1 3s0c-1 6yr3-1 6ys0-1 5zol-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable transaldolase

B: Probable transaldolase

C: Probable transaldolase

D: Probable transaldolase

E: Probable transaldolase

ヘテロ分子

124 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable transaldolase

B: Probable transaldolase

C: Probable transaldolase

D: Probable transaldolase

E: Probable transaldolase

ヘテロ分子

A: Probable transaldolase

B: Probable transaldolase

C: Probable transaldolase

D: Probable transaldolase

E: Probable transaldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
248 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.617, 172.535, 100.277
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-825- HOH

#1: タンパク質	Probable transaldolase 分子量: 24494.545 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) 株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165 遺伝子: Ta0616, tal / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: Q9HKI3, transaldolase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-F6R / FRUCTOSE -6-PHOSPHATE / フルクト-ス6-りん酸分子量: 260.136 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃O₉P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 883 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE GENE WAS CLONED FROM AUTHENTIC DNA DERIVED FROM WILD-TYPE THERMOPLASMA ACIDOPHILUM.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.13 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG 6000, GOL, pH 4.5, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月13日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→19.75 Å / Num. all: 118736 / Num. obs: 118736 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.23 % / B_iso Wilson estimate: 30.598 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 20.34

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.8-1.9		0.543	4.39	147318	17640	99.9
1.9-2		0.346	6.73	118609	14308	99.9
2-2.1		0.221	10.14	96852	11700	99.9
2.1-2.2		0.149	13.69	81074	9684	99.9
2.2-2.66		0.093	20.4	233955	28197	99.9
2.66-3.12		0.057	30.06	115288	14004	99.9
3.12-3.58		0.046	36.81	62710	7774	99.9
3.58-4.04		0.041	42.76	36963	4641	99.8
4.04-4.5		0.039	45.91	23543	2951	99.9
4.5-10		0.037	47.8	55752	7170	100
10-20		0.035	46.91	4619	667	99.1
20-30
	30

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3S0C

3s0c

解像度: 1.8→19.745 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.14 / SU ML: 0.19 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / 位相誤差: 21.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2115	5938	5 %	RANDOM
R_work	0.175	-	-	-
obs	0.1768	118722	99.9 %	-
all	-	118722	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 81.192 Å² / k_sol: 0.375 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.37 Å² / B_iso mean: 31.0329 Å² / B_iso min: 11.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.3912 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.4175 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.9736 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.19 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.745 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8595	0	93	883	9571

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	9029
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.275	12287
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.087	1487
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1553
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.258	3406

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.8-1.8204	0.3152	196	0.2574	3701	3897
1.8204-1.8418	0.2719	197	0.2346	3754	3951
1.8418-1.8643	0.2677	197	0.2159	3736	3933
1.8643-1.8879	0.2466	196	0.2145	3729	3925
1.8879-1.9127	0.2569	195	0.2072	3692	3887
1.9127-1.9389	0.2634	197	0.209	3747	3944
1.9389-1.9665	0.2512	197	0.1995	3748	3945
1.9665-1.9959	0.2272	198	0.1943	3754	3952
1.9959-2.027	0.2365	194	0.1881	3691	3885
2.027-2.0602	0.2557	196	0.189	3734	3930
2.0602-2.0957	0.2348	197	0.1859	3739	3936
2.0957-2.1338	0.227	198	0.1817	3756	3954
2.1338-2.1748	0.214	195	0.1727	3706	3901
2.1748-2.2191	0.2098	198	0.1645	3764	3962
2.2191-2.2673	0.2017	198	0.1639	3751	3949
2.2673-2.3199	0.2154	196	0.1684	3733	3929
2.3199-2.3779	0.2333	197	0.1673	3742	3939
2.3779-2.4421	0.2392	197	0.1697	3746	3943
2.4421-2.5138	0.202	197	0.1687	3745	3942
2.5138-2.5947	0.2027	199	0.1584	3771	3970
2.5947-2.6873	0.2317	196	0.172	3727	3923
2.6873-2.7946	0.2248	199	0.1714	3786	3985
2.7946-2.9214	0.1888	199	0.1628	3770	3969
2.9214-3.0749	0.1924	198	0.1685	3762	3960
3.0749-3.2667	0.1925	198	0.1645	3780	3978
3.2667-3.5176	0.2121	200	0.1713	3787	3987
3.5176-3.8692	0.1921	200	0.1587	3794	3994
3.8692-4.4236	0.1684	200	0.1554	3819	4019
4.4236-5.5527	0.1939	203	0.1698	3855	4058
5.5527-19.7458	0.2245	210	0.2036	3965	4175

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3191	0.0761	-0.4658	1.0018	-0.674	1.3585	-0.0511	0.1756	-0.2585	-0.3065	-0.0214	-0.0317	0.3408	-0.0326	0.0715	0.1587	0.0102	0.0115	0.1001	-0.079	0.1613	9.0919	-60.904	-3.2634
2	1.1491	-0.2337	-0.0793	1.2015	0.1485	0.7921	0.1107	0.2309	0.1339	-0.1444	-0.0832	-0.0784	-0.1449	0.0577	-0.0295	0.1456	0.0197	0.0313	0.1489	0.0427	0.1537	10.6049	-24.409	-4.2367
3	0.705	-0.2409	0.0465	0.7564	0.2426	0.7131	0.004	0.0293	0.2398	-0.1192	-0.032	0.0471	-0.2506	-0.0404	0.0225	0.1649	0.0594	0.0071	0.0498	0.032	0.2103	-17.1312	-11.7762	16.2598
4	1.1015	0.6251	0.2872	1.2435	-0.0266	1.0066	0.0135	-0.0999	0.1782	-0.0103	-0.0306	0.3352	-0.0787	-0.2625	0.0218	0.0567	0.0373	-0.0023	0.1683	0.0028	0.2539	-35.0874	-40.2471	30.2142
5	0.7606	-0.5724	0.0267	1.1766	0.2999	1.0815	0.0091	0.0064	-0.3698	0.0292	-0.106	0.3295	0.1765	-0.248	0.0888	0.0623	-0.0439	-0.0223	0.1147	-0.0552	0.3549	-19.0474	-70.6222	18.1992
6	0.7229	-0.1668	0.0282	0.0998	-0.173	0.7032	-0.0057	-0.1635	-0.8098	0.1734	0.008	0.4018	0.4508	-0.1445	-0.0116	0.2771	-0.0773	-0.0295	0.1642	-0.0298	0.7127	-14.4282	-85.7768	21.4021
7	0.7255	-0.077	-0.2554	0.4977	-0.1408	0.6526	-0.1102	0.2363	-0.4396	0.03	-0.1758	-0.105	0.3057	0.2354	0.135	0.2352	0.0731	0.0879	0.2824	-0.0979	0.3731	24.2353	-63.5921	-7.7044
8	0.5883	-0.3198	-0.2222	0.2927	0.2054	0.356	0.119	0.0617	0.4775	-0.0783	0.0257	-0.3214	-0.5337	0.1504	-0.1418	0.3451	-0.0847	0.0881	0.2112	0.1028	0.3803	19.5908	-10.9114	-4.1704
9	0.5966	0.2465	0.3064	0.6074	-0.384	0.654	-0.1386	-0.2257	0.4485	0.1595	0.0273	0.2068	-0.5084	-0.2446	0.0965	0.3434	0.105	-0.0027	0.1852	-0.0491	0.419	-22.1708	-0.4679	26.3928
10	0.0537	-0.1337	-0.0935	1.4836	0.0224	1.172	-0.1857	-0.3721	0.166	0.3535	0.1574	0.6975	-0.1322	-0.8517	0.0294	0.1528	0.0058	0.0546	0.4762	-0.001	0.4476	-42.5886	-46.6117	42.8086

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 1:198)	A	1 - 198
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND (RESID 1:198)	B	1 - 198
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C AND (RESID 1:198)	C	1 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D AND (RESID 1:198)	D	1 - 198
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E AND (RESID 1:198)	E	1 - 198
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 199:230)	A	199 - 230
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 199:230)	B	199 - 230
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND (RESID 199:230)	C	199 - 230
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN D AND (RESID 199:230)	D	199 - 230
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN E AND (RESID 199:230)	E	199 - 230

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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