PDB-3s1u: Transaldolase from Thermoplasma acidophilum in complex with D-ery...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s1u

タイトル

Transaldolase from Thermoplasma acidophilum in complex with D-erythrose 4-phosphate

要素

Probable transaldolase

キーワード

TRANSFERASE / ALPHA-BETA BARREL / DOMAIN SWAPPING / PROTEIN DYNAMICS / CONFORMATIONAL SELECTION

機能・相同性

機能・相同性情報

transaldolase / transaldolase activity / aldehyde-lyase activity / pentose-phosphate shunt / carbohydrate metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoplasma acidophilum (好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Lehwess-Litzmann, A. / Neumann, P. / Parthier, C. / Tittmann, K.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Twisted Schiff base intermediates and substrate locale revise transaldolase mechanism.
著者: Lehwess-Litzmann, A. / Neumann, P. / Parthier, C. / Ludtke, S. / Golbik, R. / Ficner, R. / Tittmann, K.

履歴

登録	2011年5月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2011年10月5日	Group: Database references
改定 1.3	2019年9月4日	Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / reflns / Item: _reflns.pdbx_Rsym_value
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s1u.cif.gz	445.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s1u.ent.gz	368.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s1u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3s1u_validation.pdf.gz	483.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s1u_full_validation.pdf.gz	497.9 KB	表示
XML形式データ	3s1u_validation.xml.gz	47.5 KB	表示
CIF形式データ	3s1u_validation.cif.gz	67.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/3s1u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s1/3s1u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s0cSC 3s1vC 3s1wC 3s1xC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xz9-1 6yrh-1 6ys0-1 3s1w-1 5zol-d 6yrm-1 4rxg-d 4s1f-1 6yre-1 3s0c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Probable transaldolase

B: Probable transaldolase

C: Probable transaldolase

D: Probable transaldolase

E: Probable transaldolase

ヘテロ分子

124 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable transaldolase

B: Probable transaldolase

C: Probable transaldolase

D: Probable transaldolase

E: Probable transaldolase

ヘテロ分子

A: Probable transaldolase

B: Probable transaldolase

C: Probable transaldolase

D: Probable transaldolase

E: Probable transaldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
247 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	148.200, 171.400, 99.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-224- CL

#1: タンパク質	Probable transaldolase 分子量: 24494.545 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) 株: ATCC 25905 / DSM 1728 / JCM 9062 / NBRC 15155 / AMRC-C165 遺伝子: Ta0616, tal / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: Q9HKI3, transaldolase
#2: 糖	ChemComp-E4P / ERYTHOSE-4-PHOSPHATE / エリトロ-ス4-りん酸タイプ: saccharide / 分子量: 200.084 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₉O₇P
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 645 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE GENE WAS CLONED FROM AUTHENTIC DNA DERIVED FROM WILD-TYPE THERMOPLASMA ACIDOPHILUM.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.13 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: PEG 6000, GOL, pH 4.5, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月4日

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→19.901 Å / Num. all: 99730 / Num. obs: 99730 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.52 % / B_iso Wilson estimate: 34.677 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 31.72

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.9-2		0.449	4.97	106211	14103	100
2-2.1		0.269	8.17	87520	11595	100
2.1-2.2		0.178	11.98	72036	9533	99.9
2.2-2.3		0.136	15.54	60140	7955	99.9
2.3-2.75		0.08	24.59	176438	23308	99.9
2.75-3.2		0.039	44.95	91009	12029	99.9
3.2-3.65		0.026	63.77	51664	6854	99.9
3.65-4.1		0.022	77.35	31362	4194	99.9
4.1-4.55		0.019	85.99	20239	2725	100
4.55-10		0.019	86.95	49574	6795	99.7
10-20		0.016	95.1	4123	639	95.5
20-30
	30

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.5_2	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3S0C

3s0c

解像度: 1.9→19.852 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8648 / SU ML: 0.23 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / σ(I): 0 / 位相誤差: 20.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1992	4988	5 %	RANDOM
R_work	0.1747	-	-	-
obs	0.1759	99704	99.83 %	-
all	-	99704	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.312 Å² / k_sol: 0.375 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.93 Å² / B_iso mean: 36.863 Å² / B_iso min: 13.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.4819 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-4.1942 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.2877 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a obs: 0.23 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.852 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8473	0	61	645	9179

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	8789
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.008	11946
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	1454
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1507
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.597	3274

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9-1.9166	0.2379	165	0.2165	3114	3279	99
1.9166-1.9391	0.26	166	0.2077	3119	3285	100
1.9391-1.9627	0.2604	163	0.2137	3121	3284	100
1.9627-1.9876	0.2503	166	0.2032	3171	3337	100
1.9876-2.0137	0.2205	165	0.1981	3093	3258	100
2.0137-2.0412	0.2349	163	0.1945	3138	3301	100
2.0412-2.0704	0.2257	165	0.1835	3145	3310	100
2.0704-2.1013	0.2346	165	0.1875	3128	3293	100
2.1013-2.134	0.2104	165	0.1793	3140	3305	100
2.134-2.169	0.2404	167	0.1761	3128	3295	100
2.169-2.2063	0.2125	162	0.1672	3124	3286	100
2.2063-2.2464	0.2291	168	0.1695	3173	3341	100
2.2464-2.2896	0.2198	165	0.1719	3126	3291	100
2.2896-2.3362	0.2295	164	0.1743	3121	3285	100
2.3362-2.3869	0.22	166	0.1749	3160	3326	100
2.3869-2.4424	0.2104	165	0.1715	3136	3301	100
2.4424-2.5033	0.2113	167	0.1714	3159	3326	100
2.5033-2.5709	0.2139	164	0.1714	3133	3297	100
2.5709-2.6464	0.2114	167	0.1733	3167	3334	100
2.6464-2.7316	0.2261	165	0.179	3129	3294	100
2.7316-2.8289	0.1963	168	0.1731	3175	3343	100
2.8289-2.9419	0.1934	166	0.1662	3154	3320	100
2.9419-3.0753	0.1723	166	0.1719	3182	3348	100
3.0753-3.2368	0.1848	167	0.1677	3158	3325	100
3.2368-3.4386	0.191	168	0.1617	3197	3365	100
3.4386-3.7025	0.1564	167	0.1572	3164	3331	100
3.7025-4.0722	0.1768	169	0.1524	3202	3371	100
4.0722-4.6548	0.1559	168	0.1405	3206	3374	100
4.6548-5.8397	0.1738	172	0.1806	3251	3423	100
5.8397-19.8533	0.1984	174	0.1915	3302	3476	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.45	0.2727	-0.9126	1.0946	-0.6749	2.7177	-0.2033	0.2274	-0.3296	-0.2357	0.0029	-0.0732	0.5637	-0.1126	0.1875	0.2577	-0.0095	0.0611	0.1846	-0.104	0.2435	8.087	-60.8898	-3.8089
2	1.2088	-0.4364	-0.0622	1.8008	0.2538	0.7402	0.1231	0.2414	0.0723	-0.4493	-0.1478	-0.1036	-0.1791	0.0112	0.001	0.3163	0.0497	0.0319	0.2323	0.0155	0.1448	10.2797	-24.259	-4.439
3	0.8515	0.0428	-0.1699	0.9682	0.0578	0.7114	0.0779	0.0735	0.0895	-0.1405	-0.0173	0.0408	-0.1579	-0.0656	-0.0536	0.1988	0.0637	0.0086	0.1427	0.0261	0.1107	-16.9242	-11.7293	15.9691
4	0.9731	1.0721	0.2405	1.6722	0.0436	0.9384	0.0362	-0.0941	0.1339	0.0022	-0.0617	0.3104	-0.0223	-0.2632	0.0338	0.1103	-0.0113	-0.0111	0.2842	-0.0141	0.2363	-35.1524	-39.5317	29.335
5	1.0105	-0.649	-0.6404	1.0554	0.3356	1.6392	-0.2129	0.1571	-0.4732	0.0759	-0.0706	0.2682	0.4972	-0.327	0.2553	0.3149	-0.1426	0.0834	0.2327	-0.1056	0.4394	-19.6039	-69.8747	17.43
6	0.0283	0.0243	0.026	0.019	-0.039	0.1426	-0.1084	-0.0697	-0.345	0.2366	-0.2004	0.5254	0.6221	-0.2701	0.1401	0.6512	-0.0612	0.204	0.3799	-0.0103	0.7443	-12.5516	-84.111	22.6157
7	0.9353	-0.5821	-0.4306	0.5295	0.1347	0.3365	-0.1411	0.0879	-0.559	-0.232	-0.1222	-0.014	0.324	0.4466	0.2285	0.3854	0.1412	0.0786	0.3641	-0.085	0.4761	24.4441	-62.5361	-5.7039
8	0.4961	0.0008	0.0571	0.6071	0.1351	0.6809	0.1271	0.0521	0.0835	-0.3636	-0.1579	-0.4026	-0.6196	0.1985	-0.0554	0.5082	-0.0147	0.1286	0.256	0.061	0.2382	19.156	-10.7537	-4.5538
9	0.4134	-0.0736	-0.0241	0.5669	-0.1377	0.2962	0.0913	-0.1444	0.221	0.3194	-0.0327	0.4009	-0.6361	-0.2553	0.0062	0.4266	0.1409	0.0237	0.2612	-0.0401	0.3009	-22.1773	-0.5006	26.055
10	0.2355	0.2078	-0.1887	0.3521	-0.0203	0.5082	0.0389	-0.0621	0.1095	0.2887	-0.0889	0.3661	0.0366	-0.6388	-0.021	0.3663	-0.0887	0.0546	0.569	0.022	0.3715	-40.479	-46.2629	43.7997

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 1:198)	A	1 - 198
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND (RESID 1:198)	B	1 - 198
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C AND (RESID 1:198)	C	1 - 198
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D AND (RESID 1:198)	D	1 - 198
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E AND (RESID 1:198)	E	1 - 198
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESID 199:230)	A	199 - 230
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 199:230)	B	199 - 230
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND (RESID 199:230)	C	199 - 230
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN D AND (RESID 199:230)	D	199 - 230
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN E AND (RESID 199:230)	E	199 - 230

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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