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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3s0q | ||||||
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タイトル | Peptidase module of the peptidoglycan hydrolase RipA (Rv1477) from Mycobacterium tuberculosis, catalytic site mutant (Cys383Ala) at 1.45 resolution | ||||||
![]() | INVASION PROTEIN | ||||||
![]() | HYDROLASE / NlpC/p60 module / peptidoglycan hydrolase | ||||||
機能・相同性 | ![]() cell wall organization or biogenesis / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / cysteine-type peptidase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Both, D. / Schnell, R. / Schneider, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Peptidoglycan Remodeling in Mycobacterium tuberculosis: Comparison of Structures and Catalytic Activities of RipA and RipB. 著者: Both, D. / Schneider, G. / Schnell, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 424.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22706.783 Da / 分子数: 1 / 断片: RipA peptidase module / 変異: C383A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: Rv1477 / プラスミド: pNIC28Bsa4 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 35% PEG400, 0.2M LiSO4, Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月1日 詳細: Multilayer mirror, curved to focus in the vertical (R = 400 m). |
放射 | モノクロメーター: Bent Si (111) crystal, horizontally focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→18.67 Å / Num. all: 30245 / Num. obs: 29973 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 10.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 15.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.53 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 4098 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 94.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 7.543 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error free: 0.067 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.45→18.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.449→1.487 Å / Total num. of bins used: 20
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