[日本語] English
万見
- PDB-1rtv: RmlC (dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase) crystal struc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rtv
タイトルRmlC (dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase) crystal structure from Pseudomonas aeruginosa, apo structure
要素dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
キーワードISOMERASE / RmlC / main beta sheet structure
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / lipopolysaccharide core region biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S,R MESO-TARTARIC ACID / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Dong, C.J. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: RmlC (dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3,5-epimerase) crystal structure from Pseudomonas aeruginosa, apo structure
著者: Dong, C.J. / Naismith, J.H.
履歴
登録2003年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2332
ポリマ－21,0831
非ポリマー1501
水36020
1
A: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
ヘテロ分子

A: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4664
ポリマ－42,1662
非ポリマー3002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_454y-1/2,-x+1/2,z-1/41
単位格子
Length a, b, c (Å)57.833, 57.833, 161.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly is a dimer.

-
要素

#1: タンパク質 dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / RmlC / dTDP-6-deoxy-D-xylo-4-hexulose 3 / 5-epimerase


分子量: 21082.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: rmlc / プラスミド: pET23a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9HU21, dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
#2: 化合物 ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Sodium tartrate, 0.1M MOPS, 8% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAC Science DIP-2000 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40.4 Å / Num. all: 9732 / Num. obs: 9710 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2.367 / Observed criterion σ(I): 1.8 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 56.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.67 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 1298 / Rsym value: 0.419 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1DZR

1dzr


解像度: 2.5→54.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 14.086 / SU ML: 0.315 / Isotropic thermal model: overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.36 / σ(I): 1.8 / ESU R: 0.425 / ESU R Free: 0.307 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28971 485 5 %RANDOM
Rwork0.23029 ---
all0.25 9710 --
obs0.23326 9166 95.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.642 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.35 Å20 Å20 Å2
2--2.35 Å20 Å2
3----4.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→54.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1490 0 10 20 1520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0211542
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021354
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9021.9292087
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90533133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2723183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.51815262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021751
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02359
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2780.3316
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2560.31281
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1090.52
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.585
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2530.52
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2410.322
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3210.364
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.7880.58
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.1490.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6421.5917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23921467
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7963625
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0514.5620
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 9 -
Rwork0.314 240 -
obs-1298 99.4 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.482 Å / Origin y: 41.222 Å / Origin z: 28.744 Å
111213212223313233
T0.0107 Å20.0008 Å2-0.0251 Å2-0.0345 Å20.0092 Å2--0.0763 Å2
L1.2795 °2-0.1038 °20.1575 °2-2.0127 °21.7977 °2--6.9689 °2
S0.1131 Å °0.0928 Å °-0.0378 Å °-0.0978 Å °-0.1822 Å °0.1435 Å °0.2245 Å °-0.6409 Å °0.0691 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る