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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2xiv | ||||||
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タイトル | Structure of Rv1477, hypothetical invasion protein of Mycobacterium tuberculosis | ||||||
![]() | HYPOTHETICAL INVASION PROTEIN | ||||||
![]() | STRUCTURAL PROTEIN / RESUSCITATION / CELL WALL / NLPC/P60 DOMAIN / CHAP DOMAIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() cell wall organization or biogenesis / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / cysteine-type peptidase activity / peptidoglycan-based cell wall / cell wall organization / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pogenberg, V. / Tizzano, B. / Wilmanns, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Rv1477, Hypothetical Invasion Protein of Mycobacterium Tuberculosis 著者: Tizzano, B. / Pogenberg, V. / Wilmanns, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22330.410 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 264-472 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: H37RV / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.6 詳細: 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE PH=5.6 20% ISOPROPANOL 20% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 2009年6月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9989 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→47.14 Å / Num. obs: 31067 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1.4→47.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.803 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.714 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.4→47.14 Å
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拘束条件 |
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