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万見
- PDB-3rz9: Mouse importin alpha-Ku80 NLS peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rz9
タイトルMouse importin alpha-Ku80 NLS peptide complex
要素
  • Importin subunit alpha-2
  • Ku80 NLS peptide
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Armadillo repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


small-subunit processome assembly / Ku70:Ku80 complex / DNA-dependent protein kinase complex / negative regulation of t-circle formation / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / nonhomologous end joining complex / Sensing of DNA Double Strand Breaks / cellular response to X-ray / regulation of smooth muscle cell proliferation ...small-subunit processome assembly / Ku70:Ku80 complex / DNA-dependent protein kinase complex / negative regulation of t-circle formation / DNA end binding / DNA-dependent protein kinase-DNA ligase 4 complex / nonhomologous end joining complex / Sensing of DNA Double Strand Breaks / cellular response to X-ray / regulation of smooth muscle cell proliferation / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / positive regulation of viral life cycle / IRF3-mediated induction of type I IFN / nuclear telomere cap complex / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of catalytic activity / U3 snoRNA binding / recombinational repair / regulation of telomere maintenance / protein localization to chromosome, telomeric region / nuclear import signal receptor activity / cellular response to fatty acid / positive regulation of neurogenesis / cellular hyperosmotic salinity response / nuclear localization sequence binding / hematopoietic stem cell proliferation / NLS-bearing protein import into nucleus / telomeric DNA binding / 2-LTR circle formation / : / site of DNA damage / hematopoietic stem cell differentiation / positive regulation of protein kinase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / activation of innate immune response / enzyme activator activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / DNA helicase activity / telomere maintenance / neurogenesis / protein-DNA complex / cellular response to leukemia inhibitory factor / small-subunit processome / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / cellular response to gamma radiation / double-strand break repair via nonhomologous end joining / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / host cell / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / secretory granule lumen / DNA-binding transcription factor binding / DNA recombination / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / postsynaptic density / transcription cis-regulatory region binding / response to xenobiotic stimulus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / glutamatergic synapse / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ku, C-terminal / Ku, C-terminal domain superfamily / Ku C terminal domain like / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen ...Ku, C-terminal / Ku, C-terminal domain superfamily / Ku C terminal domain like / Ku80 / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80 C-terminal arm / Ku70/Ku80, N-terminal alpha/beta / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / Ku70/Ku80 N-terminal alpha/beta domain / Ku70 and Ku80 are 70kDa and 80kDa subunits of the Lupus Ku autoantigen / Ku70/Ku80 beta-barrel domain / SPOC-like, C-terminal domain superfamily / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
X-ray repair cross-complementing protein 5 / Importin subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Barros, A.C. / Takeda, A.A.S. / Fontes, M.R.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of importin-alpha-mediated nuclear transport for Ku70 and Ku80.
著者: Takeda, A.A. / de Barros, A.C. / Chang, C.W. / Kobe, B. / Fontes, M.R.
履歴
登録2011年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月23日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Importin subunit alpha-2
B: Ku80 NLS peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7782
ポリマ－56,7782
非ポリマー00
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area17490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.357, 88.295, 98.309
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Importin subunit alpha-2 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha


分子量: 55330.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2, Rch1 / プラスミド: PET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド Ku80 NLS peptide


分子量: 1447.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13010
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: Sodium Citrate, DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.43 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.43 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→26.49 Å / Num. all: 29010 / Num. obs: 27469 / % possible obs: 98.71 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.29→2.349 Å / % possible all: 98.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.29→26.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.11 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21797 1541 5 %RANDOM
Rwork0.17747 ---
obs0.17952 27469 98.71 %-
all-29010 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.086 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→26.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3295 0 0 216 3511
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0223356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9841.974576
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1745435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.47425.859128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.76815570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1571511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2557
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022463
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.22046
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22406
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1470.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1711.52210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.14823518
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.37731264
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.354.51058
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.349 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.516 103 -
Rwork0.344 1887 -
obs--88.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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