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- PDB-3rya: Lactococcal OppA complexed with SLSQLSSQS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3rya
タイトルLactococcal OppA complexed with SLSQLSSQS
要素
  • Oligopeptide
  • Oligopeptide-binding protein oppA
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Substrate-binding protein / Peptide binding / Membrane anchored
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Oligopeptide-binding protein oppA
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Berntsson, R.P.-A. / Thunnissen, A.-M.W.H. / Poolman, B. / Slotboom, D.-J.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2011
タイトル: Importance of a Hydrophobic Pocket for Peptide Binding in Lactococcal OppA.
著者: Berntsson, R.P. / Thunnissen, A.M. / Poolman, B. / Slotboom, D.J.
履歴
登録2011年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligopeptide-binding protein oppA
B: Oligopeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0812
ポリマ－66,0812
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1780 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area23220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.628, 99.555, 123.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Oligopeptide-binding protein oppA


分子量: 65144.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株: MG1363 / 遺伝子: oppA, llmg_0701 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): MG1363 / 参照: UniProt: A2RJ53
#2: タンパク質・ペプチド Oligopeptide


分子量: 935.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M NACL, 0.1M NA-HEPES, 20% PEG 6000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 70 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→38.41 Å / Num. all: 11913 / Num. obs: 11804 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.211 / Rsym value: 0.237 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.9-2.960.8052.069403201195.3
2.96-3.160.5313.29804198999.8
3.16-3.410.3634.639107185899.6
3.41-3.740.2366.968398172399.3
3.74-4.180.1839.067562155498.3
4.18-4.820.13611.556683137398.8
4.82-5.880.14310.675674119598.4
5.88-8.250.11612.75437793397.6
8.250.04526.16241056495.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 49.11 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.79 Å46.19 Å
Translation2.79 Å46.19 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3DRF, chain A

3drf


解像度: 2.9→38.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.877 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.843 / WRfactor Rfree: 0.2302 / WRfactor Rwork: 0.203 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.06 / FOM work R set: 0.8628 / SU B: 39.125 / SU ML: 0.348 / SU R Cruickshank DPI: 0.4413 / SU Rfree: 0.4805 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.48 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 590 5 %RANDOM
Rwork0.2244 ---
obs0.2261 11801 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.93 Å2 / Biso mean: 29.6917 Å2 / Biso min: 8.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.47 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.49 Å2-0 Å2
3---4.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→38.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4414 0 0 0 4414
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0224604
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9481.9526251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76637601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8865588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5925.842202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.47615788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.973159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0215215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02884
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.978 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 42 -
Rwork0.293 803 -
all-845 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.6937 Å / Origin y: 0.086 Å / Origin z: 18.6584 Å
111213212223313233
T0.0567 Å2-0.0092 Å2-0.0102 Å2-0.0664 Å2-0.0078 Å2--0.0291 Å2
L0.0963 °2-0.1228 °20.0558 °2-0.3926 °2-0.1042 °2--0.2441 °2
S0.0229 Å °-0.02 Å °-0.0297 Å °-0.0288 Å °-0.0071 Å °-0.0134 Å °-0.0232 Å °-0.0031 Å °-0.0158 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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