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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6qg9 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Ideonella sakaiensis MHETase | ||||||
Components | Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Plastic-degrading hydrolase / alpha/beta hydrolase fold / I. sakaiensis catalytic triad | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationmono(ethylene terephthalate) hydrolase / carboxylic ester hydrolase activity / xenobiotic catabolic process / cell outer membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Ideonella sakaiensis (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Palm, G.J. / Reisky, L. / Boettcher, D. / Mueller, H. / Michels, E.A.P. / Walczak, C. / Berndt, L. / Weiss, M.S. / Bornscheuer, U.T. / Weber, G. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2019Title: Structure of the plastic-degrading Ideonella sakaiensis MHETase bound to a substrate. Authors: Palm, G.J. / Reisky, L. / Bottcher, D. / Muller, H. / Michels, E.A.P. / Walczak, M.C. / Berndt, L. / Weiss, M.S. / Bornscheuer, U.T. / Weber, G. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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| PDBx/mmCIF format | 6qg9.cif.gz | 2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6qg9.ent.gz | 1.7 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6qg9.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6qg9_validation.pdf.gz | 549 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6qg9_full_validation.pdf.gz | 602 KB | Display | |
| Data in XML | 6qg9_validation.xml.gz | 218.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 6qg9_validation.cif.gz | 317.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/6qg9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/6qg9 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6qgaSC ![]() 6qgbC ![]() 6qgcC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
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Components
-Protein , 1 types, 10 molecules ABCDEFGHIJ
| #1: Protein | Mass: 62844.129 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ideonella sakaiensis (strain 201-F6) (bacteria)Strain: 201-F6 / Gene: ISF6_0224 Production host: ![]() References: UniProt: A0A0K8P8E7, mono(ethylene terephthalate) hydrolase |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 3469 molecules 








| #2: Chemical | ChemComp-EDO / | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.94 Å3/Da / Density % sol: 58.16 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M MES, pH 6.5, 10% (v/v) PEG8000 and 0.1 M zinc acetate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 11, 2018 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.05→40 Å / Num. obs: 408240 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 6.3 % / Rsym value: 0.219 / Net I/σ(I): 5.55 |
| Reflection shell | Resolution: 2.05→2.15 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.93 / Rsym value: 1.241 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 6QGA Resolution: 2.05→40 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / Phase error: 29.87
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→40 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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