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Yorodumi- PDB-6qgb: Crystal structure of Ideonella sakaiensis MHETase bound to benzoi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6qgb | ||||||
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Title | Crystal structure of Ideonella sakaiensis MHETase bound to benzoic acid | ||||||
Components | Mono(2-hydroxyethyl) terephthalate hydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Plastic-degrading hydrolase / alpha/beta hydrolase fold / I. sakaiensis catalytic triad | ||||||
Function / homology | Function and homology information mono(ethylene terephthalate) hydrolase / carboxylic ester hydrolase activity / xenobiotic catabolic process / cell outer membrane / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Ideonella sakaiensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Palm, G.J. / Reisky, L. / Boettcher, D. / Mueller, H. / Michels, E.A.P. / Walczak, C. / Berndt, L. / Weiss, M.S. / Bornscheuer, U.T. / Weber, G. | ||||||
Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2019 Title: Structure of the plastic-degrading Ideonella sakaiensis MHETase bound to a substrate. Authors: Palm, G.J. / Reisky, L. / Bottcher, D. / Muller, H. / Michels, E.A.P. / Walczak, M.C. / Berndt, L. / Weiss, M.S. / Bornscheuer, U.T. / Weber, G. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6qgb.cif.gz | 1.2 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6qgb.ent.gz | 1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6qgb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6qgb_validation.pdf.gz | 515.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6qgb_full_validation.pdf.gz | 525.5 KB | Display | |
Data in XML | 6qgb_validation.xml.gz | 146.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6qgb_validation.cif.gz | 200.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/6qgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qg/6qgb | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
#1: Protein | Mass: 62844.129 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Ideonella sakaiensis (bacteria) / Gene: ISF6_0224 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A0K8P8E7, mono(ethylene terephthalate) hydrolase |
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-Non-polymers , 6 types, 2015 molecules
#2: Chemical | ChemComp-BEZ / #3: Chemical | ChemComp-CA / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-SO4 / #6: Chemical | ChemComp-MPD / ( | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has protein modification | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.36 Å3/Da / Density % sol: 63.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 30% (v/v) 2,4-MPD and 0.12 M ammonium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.2 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 17, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.2→50 Å / Num. obs: 254053 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 4.6 % / Net I/σ(I): 6.54 |
Reflection shell | Resolution: 2.2→2.33 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.2→46.086 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.11
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→46.086 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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