PDB-3rvu: Structure of 4C1 Fab in C2221 space group

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3rvu

タイトル

Structure of 4C1 Fab in C2221 space group

要素

4C1 Fab - heavy chain
4C1 Fab - light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IgG / antibody / Der f 1 / Der p 1

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Chruszcz, M. / Vailes, L.D. / Chapman, M.D. / Pomes, A. / Minor, W.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Molecular determinants for antibody binding on group 1 house dust mite allergens.
著者: Chruszcz, M. / Pomes, A. / Glesner, J. / Vailes, L.D. / Osinski, T. / Porebski, P.J. / Majorek, K.A. / Heymann, P.W. / Platts-Mills, T.A. / Minor, W. / Chapman, M.D.

履歴

登録	2011年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年5月23日	Group: Database references
改定 1.2	2022年4月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2 Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3rvu.cif.gz	156.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3rvu.ent.gz	122.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3rvu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3rvu_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3rvu_full_validation.pdf.gz	438.2 KB	表示
XML形式データ	3rvu_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	3rvu_validation.cif.gz	23.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/3rvu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rv/3rvu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3rvtSC 5vpgC 5vphC 5vplC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1t04-1 6qnk-2 2gjz-1 5hdb-4 4jo1-2 1xf4-2 1lo0-1 2fx8-1 5u4r-1 6al4-2 6h0e-1 6bqb-d 4hzl-1 6i1o-d 2g5b-1 6ev2-1 6xli-3 6h0e-4 3ojd-d 2a6k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

C: 4C1 Fab - light chain

D: 4C1 Fab - heavy chain

51.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.130, 122.032, 99.703
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-265- HOH
2	1	D-268- HOH

#1: 抗体	4C1 Fab - light chain 分子量: 23937.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gm16939 / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#2: 抗体	4C1 Fab - heavy chain 分子量: 27677.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HYBRIDOMA / 発現宿主: MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M Tris-HCl, 15% w/v PEG4000, 0.1M NaCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月15日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 16631 / Num. obs: 16631 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.063 / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 35.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / R_sym value: 0.497 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
Coot		モデル構築
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3RVT

3rvt

解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 29.847 / SU ML: 0.298 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.669 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26685	836	5 %	RANDOM
R_work	0.21117	-	-	-
obs	0.21399	15774	99.83 %	-
all	-	15774	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 72.849 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3352	0	0	33	3385

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	3453
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2288
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.637	1.953	4714
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.272	3	5597
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.671	5	432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.176	23.942	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.536	15	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.769	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	530
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3826
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	692
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.707	1.5	2166
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.065	1.5	869
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.26	2	3532
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.698	3	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.647	4.5	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.453	62	-
R_work	0.336	1157	-
obs	-	-	99.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8204	0.7699	-1.1486	5.0145	-0.07	6.5223	-0.2695	-0.0378	-0.1216	-0.6008	-0.2252	-0.2342	0.3756	0.3702	0.4947	0.6625	-0.019	0.0432	0.276	0.0264	0.1788	-17.452	-10.252	-29.168
2	3.5453	0.8818	-0.5154	5.0064	0.1012	6.1343	0.5632	-0.2879	0.2184	-0.4891	-0.6671	0.2219	0.5035	-0.8065	0.1038	0.9572	-0.0224	-0.0138	0.3309	-0.0687	0.164	-32.053	-39.379	-12.187
3	1.4612	1.274	-3.8501	4.3973	-2.3454	13.355	0.4593	-0.2202	-0.1045	0.1495	-0.4144	0.3229	-2.0539	0.2217	-0.045	0.7329	0.0113	-0.0555	0.531	-0.0449	0.4573	-23.908	1.114	-12.433
4	3.0714	-2.5949	-1.0478	10.3658	1.2295	4.8994	0.3229	-0.5458	0.3721	0.4019	0.0225	-0.3076	0.1724	0.1212	-0.3454	0.6975	-0.1938	0.0422	0.2913	-0.0778	0.1799	-22.871	-34.742	-0.481

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	C	1 - 107
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	108 - 212
3	X-RAY DIFFRACTION	3	D	2 - 121
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	122 - 222

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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